根据2015年8月学院官网，学院获得国家“973”牵头项目2项（首席），“国家杰出青年基金”项目4项，国家“973”二级课题、“863”计划10余项，国家自然科学基金重点项目、重大国际合作项目、面上项目150余项，省部级项目100 余项。2012年至2015年获得国家科技进步二等奖1项，中华医学一等奖1项，教育部自然科学/科技进步一等奖3项，江苏省科技进步奖10项；发表SCI论文300余篇，申请并获得授权专利30多项。根据国际权威基本科学指标数据库（Essential ScienceIndicators，简称ESI） 排名，2011年东南大学临床医学进入世界科研机构的前1%，排名持续上升。 滕皋军教授及其团队经过十余年的不懈努力，成功创制出第二代、第三代新型消化道支架，为消化道梗阻病人找到了更为有效的治疗方法，取得了极佳的经济效益与社会效益，成果获得了2011 年度国家科技进步二等奖。 根据2015年8月学院官网，学院拥有15个研究中心或研究所，1个教育部重点实验室，2个江苏省重点实验室。教育部重点实验室：发育与疾病相关基因教育部重点实验室江苏省重点实验室：分子影像与功能影像实验室、江苏省生物药物高技术研究重点实验室 东南大学学报（医学版）《东南大学学报（医学版）》前身为《南京铁道医学院学报》，1960年创刊，1964年停刊，1983年复刊。复刊前学报作为第1卷，复刊后从第2卷起连续出刊，为半年刊。1987年起为季刊，1989年获准公开发行。随着南京铁道医学院与东南大学合并，原刊于2001年9月更名为《东南大学学报（医学版）》，2003年改为双月刊。学报由教育部主管、东南大学主办，为综合性医学学术期刊，主要刊登基础医学、临床医学、公共卫生与预防医学、中西医结合、药学等方面的研究成果及新技术新方法，病例报告以及综述等；并以分子遗传、影像医学、心脏介入、急诊医学为办刊特色。《东南大学学报（医学版）》为中国科技论文统计源期刊，即中国科技核心期刊，该刊一直被《中国核心期刊（遴选）数据库》、《中国学术期刊综合评价数据库》、《中国科学引文数据库》、《中国期刊网》、《中国学术期刊（光盘版）》、《中文科技期刊数据库》、《万方数据资源系统》、《天元数据网》全文收录，同时被《中国药学文摘》、《中国医学文摘》各分册收录。2000年在首届《CAJ-CD规范》执行评优活动中获“执行优秀奖”。
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