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基于GEO数据库的肝癌相关差异基因生物信息学分析及初步功能研究.陈思琪.【摘要】：研究背景和目的:基因表达谱芯片技术产生了大量的基因芯片及海量的生物学信息,利用众多实验室的基因芯片数据并理解其中蕴含的生物学含义是生物学工作者的挑战及目标...
生信分析43.浸润免疫与肝癌（HCCDB+oncomine)TISIDB/TIMER分析免疫特征（机制三）。.第43篇生信论文的分享。.先不说论文思路，但是论文题目过于简单，其实可以点出与免疫浸润表型相关。.根据最新影响因子的数据，Aging-US的影响因子已经跌破5分，自...
生信论文43--肝癌--引文写作.第一段详细介绍肝癌的流行病学，预后现状和治疗情况，引出诊断和治疗的重要性。.Hepatocellularcarcinoma(HCC)isthemostcommonformoflivercancers[1],whichhasanannualincidenceofatleast6per100,000individualsandrepresentsthefastest-risingcauseofcancer...
在训练集中,我们首先采用单因素Cox回归分析选出与预后相关的基因。接着我们采用最小绝对收缩和选择算子(leastabsoluteshrinkageandselectionoperator,Lasso)-Cox惩罚回归模型筛选与预后相关的基因(在进行1000次10折交叉验证后选重复出现次数超过900次的基因)。
肝癌(HCC)是一种常见的恶性，其主要病因是慢性乙型肝炎病毒(HBV)和丙型肝炎病毒(HCV)感染，以及酗酒和代谢综合症。尽管目前的抗病毒疗法在治疗慢性丙型肝炎病毒感染方面取得了一些成功，但是对于抗HBV病毒治疗…
肝癌相关基因LPTS及其相互作用蛋白的研究.宋海.【摘要】：应用cDNA微阵列(cDNAmicroarray)技术筛选相关基因是一种快速、有效和高通量方法。.我们采用含有8,400个基因的cDNAmicroarray,筛选在肝癌(HCC)组织中差异表达的基因,获得的基因差异表达谱表明有...
生信分析43.浸润免疫与肝癌（HCCDB+oncomine)第43篇生信论文的分享。先不说论文思路，但是论文题目过于简单，其实可以点出与免疫浸润表型相关。
单变量Cox回归分析筛选出291个DEG与HCC病OS相关的基因。进一步的LASSO回归筛选出11个DEG。最后，通过多变量Cox回归确定了三个基因(PDSS1，SLC7A11，CDCA8)并构建预后模型:预后指数(PI)=(0.337*PDSS1的表达水平)+(0.383*SLC7a11的表达水平)+(0.356*CDCA8的表达水平)。
2019汇总之从4个关键词看单细胞与肝癌文献.在讲单细胞与肝癌之前，我们先去看一下单细胞揭示正常细胞特征的分析，该文章于2019年7月发表于Nature，研究团队对来自9位人类供体的正常组织中的大约10,000个细胞进行了单细胞RNA测序，以构建人类...
今天要精读的文献主要是向大家讲解下如何利用Oncomine分析基因表达，然后通过临床与生信，验证在nek2，肝癌，mir-486-5p三者关系。Title:MiR-486-5pnegativelyregulatesoncogenicNEK2inhepatocellularcarcinoma
基于GEO数据库的肝癌相关差异基因生物信息学分析及初步功能研究.陈思琪.【摘要】：研究背景和目的:基因表达谱芯片技术产生了大量的基因芯片及海量的生物学信息,利用众多实验室的基因芯片数据并理解其中蕴含的生物学含义是生物学工作者的挑战及目标...
生信分析43.浸润免疫与肝癌（HCCDB+oncomine)TISIDB/TIMER分析免疫特征（机制三）。.第43篇生信论文的分享。.先不说论文思路，但是论文题目过于简单，其实可以点出与免疫浸润表型相关。.根据最新影响因子的数据，Aging-US的影响因子已经跌破5分，自...
生信论文43--肝癌--引文写作.第一段详细介绍肝癌的流行病学，预后现状和治疗情况，引出诊断和治疗的重要性。.Hepatocellularcarcinoma(HCC)isthemostcommonformoflivercancers[1],whichhasanannualincidenceofatleast6per100,000individualsandrepresentsthefastest-risingcauseofcancer...
在训练集中,我们首先采用单因素Cox回归分析选出与预后相关的基因。接着我们采用最小绝对收缩和选择算子(leastabsoluteshrinkageandselectionoperator,Lasso)-Cox惩罚回归模型筛选与预后相关的基因(在进行1000次10折交叉验证后选重复出现次数超过900次的基因)。
肝癌(HCC)是一种常见的恶性，其主要病因是慢性乙型肝炎病毒(HBV)和丙型肝炎病毒(HCV)感染，以及酗酒和代谢综合症。尽管目前的抗病毒疗法在治疗慢性丙型肝炎病毒感染方面取得了一些成功，但是对于抗HBV病毒治疗…
肝癌相关基因LPTS及其相互作用蛋白的研究.宋海.【摘要】：应用cDNA微阵列(cDNAmicroarray)技术筛选相关基因是一种快速、有效和高通量方法。.我们采用含有8,400个基因的cDNAmicroarray,筛选在肝癌(HCC)组织中差异表达的基因,获得的基因差异表达谱表明有...
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单变量Cox回归分析筛选出291个DEG与HCC病OS相关的基因。进一步的LASSO回归筛选出11个DEG。最后，通过多变量Cox回归确定了三个基因(PDSS1，SLC7A11，CDCA8)并构建预后模型:预后指数(PI)=(0.337*PDSS1的表达水平)+(0.383*SLC7a11的表达水平)+(0.356*CDCA8的表达水平)。
2019汇总之从4个关键词看单细胞与肝癌文献.在讲单细胞与肝癌之前，我们先去看一下单细胞揭示正常细胞特征的分析，该文章于2019年7月发表于Nature，研究团队对来自9位人类供体的正常组织中的大约10,000个细胞进行了单细胞RNA测序，以构建人类...
今天要精读的文献主要是向大家讲解下如何利用Oncomine分析基因表达，然后通过临床与生信，验证在nek2，肝癌，mir-486-5p三者关系。Title:MiR-486-5pnegativelyregulatesoncogenicNEK2inhepatocellularcarcinoma
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