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GEO数据库全称GENEEXPRESSIONOMNIBUS，是由美国国立生物技术信息中心NCBI创建并维护的基因表达数据库。它创建于2000年，收录了世界各国研究机构提交的高通量基因表达数据，也就是说只要是目前已经发表的论文，论…
生物信息学在生物学医学研究中的应用.生物信息学研究特点及其与传统生命科学研究的关系个共同的目标,就是揭示生命的奥秘,探索生命现象中的规律它的研究手段全然不同于传统生物学实验,而是从大量不连贯的生物学验数据中发现有用的生物学信息生物...
数据分析，变异检测.mapping&calling【nextSV2】.基本上是两个比对软件+snifflescalling算法，两个流程，生成两个vcf文件.常用的长序列比对软件有ngmlr和minimap2，不同的mapping软件得到结果略有差别，我尝试了4个样本都是minimap2…
16S从实验到数据分析最全流程文中会对遇到的问题进行解答，图表部分也做了比较详细的说明，对初学者比较友好，当然知道实验部分会让你对数据如何得来的有一个整体的把握，知其然而知其所以然，分析和解释数据起来会更加的得心应手。
RPKM、FPKM、TPM详解简写RPKM:ReadsPerKilobaseofexonmodelperMillionmappedreads(每千个碱基的转录每百万映射读取的reads)FPKM:FragmentsPerKilobaseofexonmodelperMillionmappedfragments(每千个碱基的转录每百万映射读取的fragments)...
limma差异分析透彻讲解基因表达差异分析是我们做转录组最关键根本的一步，edgeR+limma是目前最为推荐的方式。本文结合示例数据，将对这个过程进行梳理，让你明白limma包的why，what，how。
rawdata数据上传NCBI的SRA数据库流程(FTP传输）.在有些科技论文中需要注明转录组测序的原始数据上传到NCBI的SRA数据库后获得的SRP号，以下是一个总体的流程，根据本人的数据上传经验整理，仅供参考.注册NCBI账号,首页Submit→QuickStart选择NucleotideSequence下的...
这周我们有个老师特地给我们推荐了一个专门针对GEO数据分析的综合在线工具--BART，这个工具最近发表在BMCBioinformatics上，是一个从CELL或expression表达矩阵输入到可视化分析、富集分析的综合分析平台。对于那些生信还没入门的同学来说，该工具的...
我测了几个转录组样品，测序公司把“rawdata”和“cleandata”，都给我了，都是fq格式的文件，每个大概5个G。我打开发现里面全都是100bp的序列，请问这正常吗？QC和拼接都是用这些100bp的序…
[论文投稿]有没有无机粉体适合的比较快的外文杂志，求推荐+3oooobama2021-10-256/3002021-10-2614:48by咔咔小小编[硕博家园]我该不该赌一把呢？读博，大家给给意见。+26蘇蘇772021-10-2233/16502021-10-2611:41by傻猪咪[论文投稿]爱思唯
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