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4.蛋白质组学数据分析基础（1）-简书.4.蛋白质组学数据分析基础（1）.说明：此篇笔记系2016-2017年由克里克学院与康昱盛主办的蛋白质组学网络大课堂整理而成，侵删。.该课程由上海易算生物科技有限公司CEO沈诚频博士所授。.
近日，蛋白质组学研究重镇、美国系统生物学研究所在其最新论文中介绍了PTMiner，并与之做了比较(bioRxiv,10.1101/679845,2019)。AP3和LFAQ算法是与军事科学院蛋白质组学国家重点实验室贺福初院士团队合作完成的，论文发表在AnalyticalChemistry期刊。
前言之前本来打算根据自己对蛋白质组学数据分析的经验和理解写一系列相关教程出来供复习参考，没想到在网上查到别人已经做过了，而且笔记相当全面，从样本处理到质谱仪原理再到数据分析等等都有提及，虽然是2016-2017年的课程，但内容并未过时，对我自己也大有益处。
从上图我们可看出高通量蛋白质组学的研究离不开质谱仪，要想理解蛋白质组学数据分析原理，首先就要明白质谱仪的工作原理。1.质谱仪的发展质谱仪发展的几个标志性阶段：上世纪初，JJ.Thomson发明第一台质谱仪；40年代，质谱仪用于同位素测定和无机
忙忙叨叨终于把实验做完，你们是不是又迎来了另一个脱发环节——作图。优秀的作图软件千千万，找到合适的最重要。下面我们一起来看看我在文献中学习到的蛋白质组学数据呈现的小经验。火山图Origin绘制火山图火…
蛋白质组学质谱数据处理.pdf,蛋白质组学质谱数据处理一站式流程介绍2012/6/25沈诚频康昱盛信息科技有限公司2012MCP蛋白质组学数据处理策略统计研究领域质谱鉴定、定量定量方法功能分析编号癌症作用分子机制Orbi-VelosSequest/IPA...
图6部分高水平蛋白质组学文章展示今天给大家呈现了2018年蛋白相关论文发表情况，结合上篇文章”【年度总结】上篇——2018年代谢组学论文发表情况”，一起“食用”效果更好哦！PS:以上数据来源于NCBI数据库，由鹿明生物于12月下旬整理。
蛋白质组学第4期文章搜库过程复现.上周我们公布了，蛋白质组学习小组起飞啦！.短短几天就获得了250多小伙伴的支持，让我们也更有信心的带领大家掌握一个蛋白质组学数据处理的实战，前面两期我们分享的是：.1.实验样本.
mzIdentML导出：用于蛋白质组学的ProgenesisQI现在支持由Mascot和IonAccounting搜索的mzIdentML导出，这是由ProteomeXchangeConsortium开发，用于公开共享数据集。这意味着当要求研究人员将数据上传到ProteomeXchangeConsortium进行时，就能在高级期刊上发表论文。
专业:蛋白质组学引用回帖:2楼:Originallypostedbyyipanat2014-02-1814:40:54一是用流式本身自带的分析软件，输出为图表的格式。二是直接把流式实验的原始数据从硬盘上直接拷贝，将来还是用分析软件打开，也可以用Excel打开，自行生成图表...
4.蛋白质组学数据分析基础（1）-简书.4.蛋白质组学数据分析基础（1）.说明：此篇笔记系2016-2017年由克里克学院与康昱盛主办的蛋白质组学网络大课堂整理而成，侵删。.该课程由上海易算生物科技有限公司CEO沈诚频博士所授。.
近日，蛋白质组学研究重镇、美国系统生物学研究所在其最新论文中介绍了PTMiner，并与之做了比较(bioRxiv,10.1101/679845,2019)。AP3和LFAQ算法是与军事科学院蛋白质组学国家重点实验室贺福初院士团队合作完成的，论文发表在AnalyticalChemistry期刊。
前言之前本来打算根据自己对蛋白质组学数据分析的经验和理解写一系列相关教程出来供复习参考，没想到在网上查到别人已经做过了，而且笔记相当全面，从样本处理到质谱仪原理再到数据分析等等都有提及，虽然是2016-2017年的课程，但内容并未过时，对我自己也大有益处。
从上图我们可看出高通量蛋白质组学的研究离不开质谱仪，要想理解蛋白质组学数据分析原理，首先就要明白质谱仪的工作原理。1.质谱仪的发展质谱仪发展的几个标志性阶段：上世纪初，JJ.Thomson发明第一台质谱仪；40年代，质谱仪用于同位素测定和无机
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蛋白质组学第4期文章搜库过程复现.上周我们公布了，蛋白质组学习小组起飞啦！.短短几天就获得了250多小伙伴的支持，让我们也更有信心的带领大家掌握一个蛋白质组学数据处理的实战，前面两期我们分享的是：.1.实验样本.
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专业:蛋白质组学引用回帖:2楼:Originallypostedbyyipanat2014-02-1814:40:54一是用流式本身自带的分析软件，输出为图表的格式。二是直接把流式实验的原始数据从硬盘上直接拷贝，将来还是用分析软件打开，也可以用Excel打开，自行生成图表...
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