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论文爆料：pubpeer关于我非模式基因GO富集分析2019/9/25添加评论一般我们做GO注释要用到clusterProfiler的enrichGO函数。我们先看看函数的调用参数：在这里面我们要用到OrgDb的数据库，很多时候我们用的数据库在...
上调基因GO富集分析.2.1进入官网，点击“FunctionAnnotation”选项.2.2富集分析.1.“EnterGeneList”选项中，复制筛选过的111个上调基因的SYMBOLID作为输入文件，.2.“SelectIdentifiter”选项中，选择“OFFICIAL_GENE_SYMBOL”，作为输入基因ID名称.3.“ListType”选项中...
本文原创发布于微信公众号“数据库百科”。未经许可，禁止转载。几乎现在的套路性文章在做完差异表达分析后，都会去做GO和KEGG富集分析。那么GO和KEGG都是什么？富集分析又是个什么东西呢？1为什么做富集分析？
GO注释和富集分析概念介绍什么是富集分析？当我们获得了一批生物数据时，例如转录组的数据，蛋白质组的数据，其中必然要做不同样本之间的差异基因分析这一步，例如空白对照组与实验组的差异基因或蛋白分析。
GO功能分析同时整合了表达模式聚类分析，研究人员能方便地看到具有某一功能的所有差异转录本的表达模式。如表1establishmentoflocalization为在A_vs_B差异表达转录本中最显著富集的一个GOterm。表1.A_vs_B_PGO显著性富集分析列表3GOterm信息
富集分析产生的p-value在相同或者数量相同的基因列表中具有可比性。Linux常用基本命令Slide20DID对差异基因的GO和KEGG富集分析、基因列表(list)格式：DID对于基因列表的格式要求为每行一个基因ID或者是基因ID用逗号分隔开。
3.最后点击“FunctionAnnotationChart”选项，得到最终富集分析结果2.5下载富集分析结果点击“DownloadFile”选项2.6保存文件，作为后续可视化的输入文件复制所有富集分析结果，保存为“up_GO.txt”文件2.7可视化富集分析结果2.7.1bp,cc,mf分别提取counts
小编用样本GSE19804演示一下，倒数10min，GO富集分析，pathway分析全搞定。1、进入GCBI网站的在线实验室https://gcbi(需注册才能使用)2、建立项目——方案，在方案界面，拖动模块，修改名字和参数，并用连接线将模块连接成一个方案，小编建立了如下差异分析和GO和pathway分析方…
GO的目的geneontology.org基因本体数据库是GO组织（GeneOntologyConsortium2000年构建的一个结构化的标准生物学...partGOterms之间的关系amigo.geneontology.org/amigoebi.ac.bk/QuickGO基因功能富集分析基因本体富集分析是...
2.GO富集分析对得到的1377个DEGs进行使用DID软件进行GO分析图3a：生物过程（BP）富集分析，上调基因参与离子迁移、突触传递、光刺激的感觉感知和神经递质运输等生物过程；下调基因参与表皮细胞分化、炎症反、受伤反应、表皮发育和血小板活化
论文爆料：pubpeer关于我非模式基因GO富集分析2019/9/25添加评论一般我们做GO注释要用到clusterProfiler的enrichGO函数。我们先看看函数的调用参数：在这里面我们要用到OrgDb的数据库，很多时候我们用的数据库在...
上调基因GO富集分析.2.1进入官网，点击“FunctionAnnotation”选项.2.2富集分析.1.“EnterGeneList”选项中，复制筛选过的111个上调基因的SYMBOLID作为输入文件，.2.“SelectIdentifiter”选项中，选择“OFFICIAL_GENE_SYMBOL”，作为输入基因ID名称.3.“ListType”选项中...
本文原创发布于微信公众号“数据库百科”。未经许可，禁止转载。几乎现在的套路性文章在做完差异表达分析后，都会去做GO和KEGG富集分析。那么GO和KEGG都是什么？富集分析又是个什么东西呢？1为什么做富集分析？
GO注释和富集分析概念介绍什么是富集分析？当我们获得了一批生物数据时，例如转录组的数据，蛋白质组的数据，其中必然要做不同样本之间的差异基因分析这一步，例如空白对照组与实验组的差异基因或蛋白分析。
GO功能分析同时整合了表达模式聚类分析，研究人员能方便地看到具有某一功能的所有差异转录本的表达模式。如表1establishmentoflocalization为在A_vs_B差异表达转录本中最显著富集的一个GOterm。表1.A_vs_B_PGO显著性富集分析列表3GOterm信息
富集分析产生的p-value在相同或者数量相同的基因列表中具有可比性。Linux常用基本命令Slide20DID对差异基因的GO和KEGG富集分析、基因列表(list)格式：DID对于基因列表的格式要求为每行一个基因ID或者是基因ID用逗号分隔开。
3.最后点击“FunctionAnnotationChart”选项，得到最终富集分析结果2.5下载富集分析结果点击“DownloadFile”选项2.6保存文件，作为后续可视化的输入文件复制所有富集分析结果，保存为“up_GO.txt”文件2.7可视化富集分析结果2.7.1bp,cc,mf分别提取counts
小编用样本GSE19804演示一下，倒数10min，GO富集分析，pathway分析全搞定。1、进入GCBI网站的在线实验室https://gcbi(需注册才能使用)2、建立项目——方案，在方案界面，拖动模块，修改名字和参数，并用连接线将模块连接成一个方案，小编建立了如下差异分析和GO和pathway分析方…
GO的目的geneontology.org基因本体数据库是GO组织（GeneOntologyConsortium2000年构建的一个结构化的标准生物学...partGOterms之间的关系amigo.geneontology.org/amigoebi.ac.bk/QuickGO基因功能富集分析基因本体富集分析是...
2.GO富集分析对得到的1377个DEGs进行使用DID软件进行GO分析图3a：生物过程（BP）富集分析，上调基因参与离子迁移、突触传递、光刺激的感觉感知和神经递质运输等生物过程；下调基因参与表皮细胞分化、炎症反、受伤反应、表皮发育和血小板活化
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