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ENA数据库ENA数据库:EuropeanNucleotideArchive隶属于EBI，功能上应该是与SRA类似的，但是其搜索界面更加亲民，并且对于下载fastq文件以及检查下载数据完整性更加友好，所以强烈推荐优先使用。具体优劣势详见后续说明。
分类基因组数据库：GDB、GenBank、Ensembl核酸数据库：ENA（EMBL）、GenBank、DDBJ蛋白质数据库：SWISS-PROF、PIR、PDB一个数据库记录由两部分组成：原始序列数据和描述这些数据生物学信息的注释。记录格式FASTA在生物信息...
什么，ENA和SRA数据库存放的单细胞转录组测序数据并不一致啊？但是这个两年前的系列笔记是基于V2,V3版本的cellranger，目前呢它更新到了版本4，建议大家以最新版教程为准，在《生信技能树》：cellranger更新...
该数据库整合了多个人类lncRNA数据库信息，很大程度上解决了lncRNA数据库各自为政的问题。最初发布于2013年，LNCipedia的最新版本(v5)发布于2019年。LNCipedia中的lncRNA信息来源于的数据库包括：LncRNAdb、BroadInstitute、Ensembl、Gencode、Refseq、NONCODE、FANTOM，同时包含了Hangauer、Nielsen、Sun三篇文献中发现的...
该数据库（ArabidopsisRNA-seqdatabase,ARS）整合了来自GEO、SRA、ENA和DDBJ数据库的20,068个拟南芥RNA-seq数据，提供了一个在线的“Google-style”查询工具。.该研究对所有文库进行了基因表达水平定量和共表达网络分析，并将所有文库进行分类，总共涉及1176个突变体，1102...
生物信息大数据&数据库（NCBI、EBI、UCSC、TCGA）想系统的学习生信数据库可以先看一下北大的公开课，有一章专门讲的数据库与软件：1-生物信息学：导论与方法北大\10生物信息数据库及软件资源一个优秀的生信开发者能够解决如下...
enaBrowser工具enaBrowserTools是一组脚本，可与ENAWeb服务交互以轻松从ENA下载数据，无需任何脚本知识。执照版权所有2017EMBL-欧洲生物信息学研究所根据Apache许可，2.0版（“许可”）获得许可；除非遵守许可，否则您不得使用此文件。此文件。
如何下载文章提供的测序数据导读平时看文章，特别是组学文章，作者在文末都会提供其研究材料中高通量测序数据的下载链接，如果平时想练手的话，下载这些数据是最好不过了，下面我就总结下如何从GEO和SRA中下载作者提供的数据。
省事地获取已公开测序数据的下载链接（.sra|.fastq.gz）写在前面课题需要，前述，在TBtools中开放了一个SraExperimentXML2InfoTable的功能。在这个功能的辅助下，我们较快的完成了阶段…
肠道微生物菌群与人类生活密切相关，如健康、疾病、发育以及对药物和治疗的反应等。近年来人类肠道宏基因组数据（包括16S和宏基因组测序数据）的数量快速增长，大多数原始测序数据已存放在几个通用数据库中，如NCBISequenceReadArchive(SRA，https://ncbi.nlm.nih.gov/sra)与EuropeanNucleotideArchive(ENA...
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