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肿瘤的病因 etiology of tumor 多数肿瘤，尤其是恶性肿瘤的病因十分复杂。某些情况下可以是一种具体的病因在起作用，如聚氯乙烯致肝血管瘤，射线引起白血病，二乙基乙烯雌酚治疗与阴道癌的发生有关，吸烟与肺癌有关。但上前认为，肿瘤的发生发展是多因素、多阶段与多基因作用的结果。肿瘤病因指肿瘤发生的始动因素。但除病因外，肿瘤的发生尚需其他条件，这就是肿瘤的发病条件。 目前，大多数肿瘤的病因尚未完全了解，但与一些肿瘤发生有关的因素已经清楚。这些因素分为外因与内因。外因指周围环境中的致癌因素，即环境因素，包括化学、物理、生物等因素。同一种肿瘤可由不同的外因引起,有时几种因素同时起作用;同一种外因也可引起不同的肿瘤。内因如免疫、激素、代谢、遗传等因素。目前多数人认为细胞癌变与癌基因调控及突变有关。对任何一种致癌病因来说，癌变的发生都在基因水平上。在这方面有两种不同的观点:①致癌物质使细胞内DNA的结构改变,使原癌基因激活，抗癌基因丢失或功能失活,于是正常细胞转变为癌细胞，这个过程是难以恢复的。②癌瘤是细胞分化障碍引起的疾病。癌变可能是基因表现的异常，不一定需要基因的结构改变，因而是可以恢复的。实际上上述两种可能性都是存在的。 化学致癌因素 1775年，英国波特首先注意到伦敦扫烟囟工人的阴囊肿瘤发病率高，把此病归因煤焦油的作用。1916年用煤焦油成功地诱发家兔皮肤癌。1930年代以后进行了化学致癌物及其衍生物的动物实验和理论研究。实验研究并同肿瘤流行学密切结合。 化学致癌物的种类 动物实验证明致癌的化学物质有千余种，分类如下： ①烷化剂。具有烷化的性能及活泼的化学反应性。常用于化学治疗、杀菌和灭霉。有致癌作用的烷化剂包括氮芥和硫芥类、乙撑亚胺类、磺胺酯类、环氧化物、内酯类、卤醚类中的一些化合物，以及某些硫酸酯和亚硫酸酯。 ②多环芳香烃类化合物。由多个苯环缩合而成，或称稠环芳烃。小剂量就能引起局部组织的恶变。3,4-苯并芘广泛存在于煤焦油、沥青中，有致癌性。燃烧纸烟，不完全地燃烧脂肪、煤炭、石油以及用烟直接熏制鱼肉时，均能生成苯并芘。 ③芳香胺类化合物。包括芳香胺类染料，如2-萘胺是强烈的致膀胱癌物质，联苯胺也有中等强度引起膀胱癌的能力,其他致癌性芳香胺类染料有4-氨基联苯、4－硝基联苯、联甲苯胺、金胺（碱性槐黄）、邻联茴香胺等;芳香酰胺类,如N-2-乙酰胺基芴（合成杀虫剂），在多种动物可引起不同器官和部位的肿瘤。 ④氨基偶氮染料。含偶氨基团－N＝N－，因此具有颜色，曾用作纺织品、食品及饮料的染料。动物实验表明，长期大剂量喂饲氨基偶氮染料能引起远离给药途径的器官，如肝和膀胱等的癌症。 ⑤亚硝胺类化合物。一类强致癌物,有100多种亚硝胺能引起39种动物的肿瘤。许多亚硝胺类化合物既溶于水又溶于脂肪,致癌性强,对多种动物的许多种器官（包括食管、脑、鼻窦等）有致癌作用；不同结构的亚硝胺有特异的器官亲和性，如二甲基亚硝胺、二乙基亚硝胺和较高的对称衍生物引起肝癌，不对称的亚硝胺常诱发食管癌。亚硝胺的前体物硝酸盐、亚硝酸盐与二级胺普遍存在于水及食物中，在肿瘤高发区居民的膳食、胃液等中均发现亚硝胺。调查发现食管癌高发地区中国河南林县粮食和酸菜中亚硝胺的含量比食管癌低发区高，林县人从膳食摄入的中亚硝胺量多于食管癌低发区，比美国、英国、德国人高约100倍。 ⑥植物毒素。如关岛的一种旋花苏铁树果实中含苏铁素，经动物或人肠内细菌的作用，释放出致癌的产物甲基氧化偶氮甲醇；蕨含有两有毒物质：硫胺素酶（能引起维生素B1缺乏症）和致癌成分莽草酸；樟脑、月桂、生姜、樟叶的油中含黄樟素，能诱发大鼠肝癌和食管癌；南非居民常用千晨光属荚狗舌草的煎剂治病，该地区肝癌发病率高，将荚狗舌草所含植物碱喂大鼠可引起肝坏死和肝硬变，并有诱发肝癌的报道。 ⑦金属致癌。主要影响生产和使用的工人。主要接触方式为吸入及经污染的皮肤吸收。如铬（铬酸盐工厂肺癌患病率高,电镀铬的工人也较多发生肺癌）、镍(镍矿工人和炼镍工人肺癌和鼻窦癌发病率较高)及镉(可能致前列腺癌),此外，无机的三价砷化物能引起人肺癌和皮肤癌。砷是唯一已知对人类致癌，但动物实验尚未证实的化学物。 化学因素致癌性的总评价 1969年国际癌症研究中心（IARC）开始评价化学因素对人类的致癌风险性。将628 种化学因素的致癌性进行总评，并归纳分级为四大类。 ①第一类。对人类有致癌性，50种。 ②第二类。A组:对人类很可能有致癌性（证据较充分），37种；B组:对人类可能有致癌性（证据尚有限），159种。 ③第三类。对人类的致癌性尚未能进行分级评价，381种。 ④第四类。对人类很可能不是致癌物，1种。 化学致癌物的代谢 化学致癌物分直接致癌物与前致癌物两大类。烷基及酰基致癌物为直接癌物，是亲电子化合物，不需经代谢激活即具有致癌性。其他化学致癌物为前致癌物，需经代谢激活，成为最终致癌物才具备真正的始动剂作用。前致癌物可经一步反应即生成最终致癌物，或经多个过程形成低反应作用的中间体，称近似致癌物。也可产生前致癌物的无反应形式（去毒性产物）经尿排出体外。前致癌物经混合功能氧化酶的作用而变为最终致癌物，混合功能氧化酶也是体内主要的解毒霉。肝脏能把潜在的致癌物代谢成最终致癌物。最终致癌物与宿主细胞的许多大分子(DNA、RNA、蛋白质)相互作用，改变它们的调节作用或代谢特征。 化学致癌作用的生物学特征 可归纳为以下五个方面。 ①致癌作用依赖于致癌物的剂量。②致癌作用的充分表达需要相当长的时间。在细胞恶变以前，细胞存在着多阶段的癌前期变化。③致癌作用引起的细胞变化可传到子细胞。大多数致癌物是诱变剂,能与DNA等大分子起共价结合。人和动物的肿瘤常起源于单细胞(单克隆)，因此，暴露于小剂量致癌物的细胞，经过好几代后，仍存在恶性变的危险。④致癌作用可被非致癌因子所修饰。一些物质（包括促癌物）可通过改变致癌物的摄入、分布或代谢，或通过提高靶组织的敏感性，增强致癌作用，加速肿瘤前期的进程，诱导恶性表现型的表达。抗致癌物能抑制致癌作用。⑤细胞增生是细胞癌变过程中的重要阶段，细胞暴露于致癌物后逐渐发生增生性变化。增生的组织或细胞对致癌物比较敏感。 化学致癌物与癌基因 细胞原癌基因和抗癌基因的正常功能是维持细胞正常分化的重要因素。原癌基因的激活和抗癌基因的丢失与失活对肿瘤的发生和发展起决定性作用。林县食管癌高发区的调查表明：化学致癌物激活食管上皮癌基因和使抗癌基因丢失，这便是细胞癌变过程中的不可逆的始动作用。 促癌物和促癌作用 肿瘤的发生要经过两个阶段，即诱发阶段和促进阶段。化学致癌物在诱发阶段起作用。促癌物在癌变促进阶段起作用。 ①外源性促癌物。按来源分为两类：工业来源的促癌物和植物来源的促癌物。工业来源的促癌物，包括煤焦油的某种成分、酚类、不饱和脂肪酸和皮肤刺激物蒽灵的自氧化产物、石蜡等。最活跃（和最大量）的促癌物来自植物，特别是佛波－12，13－双酯，相当于大戟科热带植物巴豆种子油（巴豆油）的活性部分。来自植物的其他促癌物有婆酸、大麻的丙酮油、酸菜等。 ②内源性促癌物。可与外源性单独致癌物（如肿癌病毒和化学药物）起协同作用，或者与内源性单独致癌物（如在体内一定环境下产生的多环芳烃或亚硝胺）起协同作用。体内的激素在某个致癌因子与靶组织相互作用之前可起一种预处理的作用，与潜在的病毒一起以促癌物的方式起作用。 化学致癌的多阶段模式 从致癌物的暴露到肿瘤的发生是一个较长的过程，分为几个阶段。第一阶段从暴露化学致癌物起，称为始动作用。是不可逆的，此过程一般很快,化学致癌物使靶细胞DNA产生永久性变化。第二阶段是暴露始动剂的组织被促癌物刺激形成肿瘤，这称为促癌作用。促癌作用与始动作用相反，在第一个自主癌细胞出现前的长潜伏期中，一系列组织和细胞的变化通常是可逆的。第三阶段是发展阶段，癌组织发展为更恶性的细胞。以上化学致癌的多阶段模式已为很多动物实验所证实。 物理致癌因素 致癌的物理因素如热辐射、创伤、长期慢性刺激、纤维（如石棉、玻璃纤维）及片状异物(如人造塑料组织器官)等。电离辐射（如 X射线、γ射线）引起的肿瘤有皮肤癌、骨肉瘤、肺癌、白血病、甲状腺癌和恶性淋巴瘤等。见于放射治疗 (如60Co炮)、使用发光涂料（如夜光表面制造）、核试验及原子弹爆炸等场合紫外线辐射可致皮肤癌。中国云南锡矿的工人暴露于放射性矿，肺癌的发生率较高。多数患病矿工的暴露时间为20～50年。对于电离辐射引起癌变的原理，有以下几种看法：①电离辐射引起体细胞的遗传信息物质，如核内 DNA结核的改变；②激活潜伏的致癌病毒；③激活被抑制的癌基因。物理因素的致癌作用具有三个共同特点：致癌的潜伏期极长，癌的发生率较低；致癌的原因比较明确、防护措施容易收效。因此致癌的物理因素并不构成对人类最大的危险性。 生物致癌因素 主要指病毒。其他生物因素除埃及血吸虫病与膀胱恶性肿瘤有关外，细菌、螺旋体、真菌和立克次氏体均证明在肿瘤诱发中具有重要作用。 动物实验证明,病毒是动物肿瘤的发病因素之一,动物肿瘤病毒已可分离培养，而且能诱发动物的肿瘤，并能从诱发的肿瘤中再分离出同样的病毒，甚至还可用疫苗预防（如鸡的马力克病——由鸡疱疹病毒引起的淋巴瘤）。人类肿瘤病毒病因的研究虽有很大进展，但由于问题复杂，研究方法的困难，至今尚未得出肯定的结论。 一个人可以带有与癌症有关的病毒但不发病，但其发病的机会可能比未受感染的人高。.菲欣格尔认为，有些病毒感染确知可以导致人的癌症，如：①乙型肝炎病毒与原发性肝癌。②EB病毒与伯基特氏淋巴瘤和鼻咽癌。③人的Ⅰ型T细胞淋巴病毒与成人T细胞淋巴瘤。④人的乳头瘤病毒(HPV)与宫颈癌，这方面研究很多。HPV基因组在90％的宫颈癌前病变中都能找到。宫颈癌细胞并不产生病毒，但能合成一些病毒蛋白质，如E-6，E-7。1990年有报道E-6和E-7能很快破坏正常肿瘤抑制基因。S.詹尼森对E-6，E-7抗体作了血清学调研，发现患宫颈癌的妇女很多有这种抗体（为正常人群的307倍,而德国学者的结果则比正常高14倍）。乳头瘤病毒可能引起肛门癌。但未证实。⑤人的Ⅱ型 T细胞病毒与毛细胞白血病。⑥Ⅱ型单纯疱疹病毒与宫颈癌；约15％妇女有疱疹病毒感染，但只有少数发生宫颈癌，实际上必须有其他因素参与才能使之发生癌变。.麦克杜格尔认为，大量吸烟的妇女宫颈分泌物中可发现亚硝胺。⑦巨细胞病毒与卡波济氏肉瘤。⑧人免疫缺陷病病毒 (HIV)与肿瘤，.菲欣格尔认为，感染 HIV的人肿瘤的发生率高，其中包括淋巴瘤、鳞状细胞癌等。有人认为,与HIV感染关系密切的肿瘤是非霍奇金氏淋巴瘤。 这些病毒主要属于C型病毒、B型病毒和疱疹病毒，至于人的某些型腺病毒确可诱发动物肿瘤，并在体外使人的细胞发生转化，但从血清学和核酸杂交试验的结果来看，尚不能证明与人的肿瘤有关。 肿瘤病毒因的研究，不仅对肿瘤病因学、发病学有重要意义，并可能为防治人类的某些肿瘤提供新的途径。 埃及人的膀胱癌常与埃及血吸虫病相联系，这引起人们对寄生虫与肿瘤因果关系的注意。约十多种寄生虫与人类肿瘤共存。在日本血吸虫病流行区，结肠慢性血吸虫病患者的结肠、直肠癌发病率较高，发病年龄也较早。中华分枝睾吸虫感染可促进胆管细胞性肝癌，慢性疟疾与伯基特氏淋巴瘤的发生有一定关系。总之，寄生虫与肿瘤之间的因果关系尚未明确，但寄生虫及其虫卵的慢性刺激、炎症、损伤修复和化学性代谢产物起到促癌作用。积极预防寄生虫病，对预防这类肿瘤仍是必要的。 激素因素 内分泌失调所引起的激素不平衡能诱发甲状腺、垂体前叶、卵巢、睾丸、肾上腺皮质以及子宫体、子宫、颈道、乳腺等的肿瘤。激素引起肿瘤，常需一定的遗传背景及环境因素作为发病条件。此外，激素也能协同其他致癌因素，引起细胞癌变或作为癌瘤的发病条件。 雌激素 1944年的动物实验表明，缺乏雌激素的反馈作用导致垂体促性腺激素分泌增加，刺激卵巢发生肿瘤。人们早已注意到某些人类乳腺肿瘤受内分泌激素的影响。从那时起，许多部分切除内分泌腺的方法就用于姑息治疗转移性肿瘤。月经初潮早、第一次妊娠晚和绝经期晚亦与乳腺癌发生有关。细胞质中存在雌激素受体，受体－雌激素复合物一旦形成,就转移到胞核并与DNA相互作用。雌激素受体检测有助于预测对内分泌治疗的反应，雌激素受体缺乏表明对卵巢切除疗法的反应不佳。雌激素与肿瘤细胞结合导致细胞增殖。把抗雌激素给予体外培养的细胞，则抗雌激素与雌二醇竞争受体，因而抑制细胞生长。 催乳素 已证实，小鼠乳腺癌的前期病变（增生性腺泡结节）是垂体激素（主要是催乳素）依赖性的。长期缺乏催乳素的小鼠相对不易发生肿瘤。催乳素在人类某种乳腺癌中也可能起重要作用，但它在人类乳腺癌中的作用远没有像在啮齿动物中了解得那样清楚。 雄激素 人肝细胞肝癌(HCC)的雄性激素受体比癌周组织显著增加，在体外并能主动摄取睾酮,这表明HCC是一种雄激素依赖性肿瘤,故男性发病率高于女性。雄激素对人类也可致癌。已报告给予雄激素后可发生肝细胞癌。甚至口服雌激素避孕药伴发的肝脏肿瘤也可能与雄激素有关，因为使用的孕激素类药物一般是17位被取代的睾酮衍生物。口服避孕药引起的肝肿瘤通常为良性(腺瘤)，其主要危害为出血。雄激素也可在某些乳腺肿瘤的发病中起作用。 遗传因素 具某些基因组的人有发生肿瘤的明显倾向。常染色体显性遗传病家族性成视网膜细胞瘤患者有13号染色体长臂 1区4带（13q14）结构缺失。这组病人中骨肉瘤的发病率也增加。肾母细胞瘤患者11号染色体有缺失。着色性干皮病、布卢姆氏综合征（侏儒、面部蝶形分布的毛细血管扩张性红斑，对光敏感）、方科尼氏综合征、毛细血管扩张性共济失调症，这些病人都具有 DNA修复机制的异常，还有常见的姊妹染色体的交换异常，具有发生恶性肿瘤的遗传性素质。乳腺癌、肠癌、肝癌、食管癌、白血病等往往有家族聚集现象。林县食管癌高发地区高癌家族成员和有癌家族史的食管癌患者、淋巴细胞染色体畸变率显著高于低癌家族，高癌家族的食管癌患者的淋巴细胞染色体脆性部位频率也明显高于低癌家族食管癌患者。 免疫因素 不少肿瘤病人的细胞免疫状态（如淋巴细胞转化率）低于正常人群。先天性免疫缺陷或长期应用免疫抑制药物的人群中，恶性肿瘤发病率高于正常人群。免疫监视假说认为，正常机体的免疫系统对少数癌变细胞或癌细胞具有抑制和排斥作用。若机体免疫状态受到抑制或破坏，机体产生的某些抗体或因子封闭了癌细胞使癌细胞不受免疫监视，均可引起肿瘤。 精神因素 美国.米勒(1977)提出：个性、情绪和精神紧张等与肿瘤有关，患同一种癌，病程演变可以有很大不同，精神紧张则病情险恶，顽强和乐观则获得意外的好预后，他还发现，乳腺癌患者多为多愁善感的妇女。因此，在肿瘤病因与防治研究中心，切不应忽视精神因素的作用。 营养因素 缺乏维生素 A的动物，易被化学致癌物质诱发肿瘤，给以维生素A或维生素A酸则可减少肿瘤的发生。维生素A抑制肿瘤发生的机理可能是:①致癌物质需经代谢才具致癌活性。维生素 A及其类似物能抑制肝、肺的微粒体氧化酶的活性，从而减低了体内的致癌活性物质。②维生素 A在维持上皮细胞分化为特殊组织的过程中起重要作用，而肿瘤的生成又是分化作用遭损害的结果。维生素B2缺乏可引起一系列上皮组织的病变，提高上皮对致癌物的敏感性。但也有相反的报道。维生素C是抗氧化剂,对肿瘤的发生有一定的抑制作用。晚期癌症病人用大剂量维生素,C治疗后，可延长病人生命和改善症状。常吃富含维生素C食品的人群癌症发病率低,维生素C对物理、化学、生物致癌因子均抑制作用,使转化的细胞逆转。大量的营养调查和研究表明:膳食纤维,维生素A,E，C以及钙、微量元素硒等有助于预防肿瘤发生，而过量的热量摄取，特别是过量的脂肪膳食能促进结肠癌、直肠癌、胆囊癌、乳腺癌、卵巢癌等的发生和发展。蛋白质和某些微量元素与肿瘤的发生发展关系复杂。摄入量过多或过少都有可能促进肿瘤的发生。 肿瘤的综合病因 人类肿瘤的发生是多种因素作用的结果。多由两个或两个以上，甚至多个致癌因素与促癌因素综合起作用。其中有的是癌的发生所不能缺少的，称为致癌因素，其他对癌的发生有利的因素，称为促癌因素。致癌因素可能同时起作用，或者连续顺次起作用；可能持续地或间歇地起作用；它们的作用可能是相加的，或是协同的、互相促进的，可能直接作用到靶细胞；也可能间接作用到机体的其他组织而产生效应。 肿瘤的综合病因根据临床观察，流行学调查及动物实验的结果而提出来。在子宫颈癌的病因调查中，发现与早婚、多产、宫颈创伤、性生活频繁、包皮垢刺激及激素失调等有关。在中国肝癌高发区的调查发现，肝癌的发生与水土中的致癌物质、肝炎、霉菌毒素等致病因素的综合作用密切相关。肺癌的发生与吸烟和大气污染有关。
癌症（cancer），医学术语亦称恶性肿瘤（malignant neoplasm），中医学中称岩，为由控制细胞生长增殖机制失常而引起的疾病。癌细胞除了生长失控外，还会局部侵入周遭正常组织甚至经由体内循环系统或淋巴系统转移到身体其他部分。命名癌症一般亦可根据组织来源命名，来源于上皮组织的统称为“癌”，如鳞状细胞癌、腺癌。来源于间叶组织称为肉瘤，如平滑肌肉瘤、纤维肉瘤。有少数肿瘤不按上述原则进行命名，如有些来源于幼稚组织和神经组织的恶性肿瘤称为母细胞瘤，如神经母细胞瘤、髓母细胞瘤、肾母细胞瘤等。但少数情况则为良性，如肌母细胞瘤、软骨母细胞瘤和骨母细胞瘤。有些恶性肿瘤由于成分复杂或由于习惯沿袭，在肿瘤的名称前加恶性，如恶性畸胎瘤、恶性脑膜瘤、恶性神经鞘瘤等。有些肿瘤冠以人名，如尤文瘤、何杰金淋巴瘤。或按肿瘤细胞的形态命名，如骨巨细胞瘤、肺燕麦细胞癌。病因人体可通过免疫系统抑制来消灭癌细胞，但是当人体内防癌能力减弱或被抑制，癌细胞就会继续增殖下去，形成临床可见的癌症。 国内外医学界已经证实，人类80%～90%以上的癌症与外部环境因素相关，也就是人类生活环境中的物理、化学和生物因素与癌症的发生密切相关。环境的不良侵害会受到人体防护系统的缓冲或抵抗，其作用能被消除或减弱。当致癌因素过强或累积效应过大，而人体存在免疫功能不足或身体修复功能有缺欠情况下，就有可能发生癌症。 当前环境污染日趋加剧，人类的生活环境不断恶化，与致癌因素的接触越来越紧密。人体细胞的稳定性只能是相对的，人体细胞基因的改变是必然的和难以避免的，但这并不意味着癌症无法克服和人们对癌症无能为力。事实上，我们每个人体内都存在着数量不一的部分癌变细胞，但是只有极少的癌变细胞能够发展成癌症，大部分癌变细胞或被机体及时清除，或没有自主分裂能力而长期潜伏，不会危害人体健康。随着医学的进步与发展，以及对癌症研究的深入，人们对癌症的病因已有空前的了解，职业性肿瘤已经基本能够预防，某些普通人群的癌症也已能预防和治愈。 现代医学已经认识到肿瘤、癌症是一种基因病，所有的细胞中都含有能够导致细胞癌变的基因，这些癌症基因代代相传。但在通常情况下它们处于被阻遏状态，只有当细胞内有关的调节机制遭到破坏的时候下，癌症基因才会“作恶”，导致癌变的发生。“激酶”的基因家族包括500多种不同的基因，它们功能的丧失是癌症的一个常见诱因，这些基因就像开关一样，控制着细胞的生长和死亡以及变异进程。
肿瘤是如何形成的？
遗传、精神因素、生活环境、饮食等等。
临床中的NGS基因检测可以设计为针对一组选定的基因，外显子组(所有已知的基因，大约2%的基因组)，或整个基因组。但无论选何种策略，对于临床来说终极目的还是预测和寻根问药（专业点说，寻找与临床表型相关的基因变异，进而指导患者使用何种化疗药、靶向药、评估预后、患病风险等），偏离这个方向对临床意义不大。
测大约30亿个碱基对的DNA序列，内含子和基因间区等大量功能未知区域均会被覆盖，获得大量未知变异信息；检测的变异类型多样，SNV、Indels、SV、CNV、基因重排等；更好的测序覆盖度和一致性；缺乏先验信息，很难确定变异是否是致病的，解读非常困难；测序费用高（测100x深度下，费用是WES的3到5倍）；数据分析，存储所需资源更多。
测大约5千万个碱基对的DNA序列，包含所有的编码区、5'UTR、及3'UTR区域（ coding exons and exon-intron boundaries），大约占基因组的的2%，大约包含人类已知的20000个基因，至少包含了基因组中致病变异的85%；实际测序时只有90-95%外显子区域被测到（二代测序也是有弊端的，不是所有都能测，见下图）、在高/低GC区域会出现GC-bias和探针捕获效率低，导致该区域出现测序深度低的现象；150X测序下，费用是panel的5到10倍，和WGS一样会测到一些VUS变异（与当前疾病无关的变异，解读如果不恰当会给病人带来心理负担，往往需要增加成本来验证这些无关变异）。
针对病人某类疾病密切关联的基因设计（这一步需要花费大量精力了解患者表型和可能的相关基因），只需要测几千到几百万个碱基，包含几个到几百个疾病已知相关基因，更经济；测序深度高，成本低；基因少且注释相对完整，解读更容易，检测更高效；相比于WGS和WES，panel不能用来发现新基因。
测定某种疾病的直接致病基因，如先天性软骨发育不全（achondroplasia, ACH, OMIM: 100800）99%是是由FGFR3基因 >A突变所致，Single gene sequencing可以很好的应对这种情况；这类测序通量低；准确率高（常作为WES和panel的验证金标准）。
并非所有的序列都能同样被NGS测序覆盖(表)，因为该技术存在局限性，使得一些突变难以被检测到 [3] 。
用于突变检测的分析软件和流程众多，常规的流程如图。以检测肿瘤突变为例，存在很多基于不同检测策略检测不同突变类型的分析流程，如基于WGS、WES和Gene Panel技术检测胚系或(和)体系突变(SNV和indel)的流程 [6-9] ，基于WGS检测CNV的流程 [10] ，基于WGS检测SV的流程 [11] ；但无论哪种分析流程，在用于临床实践之前都需要进行验证 [12] 。
肿瘤NGS基因检测， “报告解读”是关键！ 它是精准医疗的关键 “临门一脚” ！对基因检测的需求越来越多；基因检测过程和分析变得越来越复杂；需要对基因检测结果进行个体化临床解读，特别是NGS大panel或WES/WGS；基因检测报告必须写得清楚，报告解读必须通俗易懂，让非遗传学专家，如临床医生或患者也能看懂。
参考资料：
一文读懂肿瘤精准用药基因检测 根据世界卫生组织（WHO）统计数据，全世界约有60%的人死于癌症、糖尿病、心血管疾病、慢性呼吸系统疾病这4大类疾病，而癌症则是最主要的死因之一。2008年全球死于癌症的患者达760万人，占全球死亡人数的13%，我国卫生部第三次全国死因调查结果也显示，癌症已成为我国仅次于心脑血管疾病的第二大死亡原因，占死亡总数的，并成为我国城市的首位死因。 目前，恶性肿瘤逐年升高的发病率及其巨大的医疗费用等因素，使得大家“谈癌色变”。好在治疗手段发展快速，包括手术和放疗的局部治疗和抗肿瘤药物的全身治疗类。其中，药物治疗已成为当今临床治疗肿瘤的重要手段之一。而提到肿瘤药物治疗，就不免会提到基因检测技术。对于医生和患者来说，基因检测是“既熟悉又陌生”的高科技！如何能让医生或患者通俗易懂地了解肿瘤基因检测，那可真是一门技术活。 今天，我就针对肿瘤用药的相关基因检测为大家做一期干货分享。 ○ 为什么要做肿瘤基因检测？ ○ 肿瘤用药基因检测到底检测了什么？有哪些抗肿瘤药物需要做基因检测？ ○ 是不是检测的基因越多越好？ ○ 基因检测的方法有哪些？哪一种是最好的？ ○ 肿瘤基因检测选取什么样本才是最好的？ 1. 为什么要做肿瘤基因检测？ 肿瘤基因检测的主要原因在于肿瘤是一类高度异质性疾病。也就是说，哪怕患的是同一种肿瘤，不同的患者也需要根据其实际情况采用不同的治疗方案，尤其是抗肿瘤用药的选择。不同患者对不同抗肿瘤药物的敏感程度差异巨大，故肿瘤临床治疗需要制定个体化的精准方案。而基因检测是评估患者使用药物效果非常重要的一环，能从分子层面给医生用药予精确的指导。 2. 肿瘤用药基因检测到底检测了什么？有哪些抗肿瘤药物需要做基因检测？ 实际上，不同类型抗肿瘤药物的基因检测项目是不同的。所以， 首先我为大家全面介绍一下抗肿瘤药物的类别，再介绍各种类抗肿瘤药物的基因检测项目。 目前，国际上临床常见的抗肿瘤药物大致可分为以下六类： 细胞毒类药物、激素类药物、靶向药物、免疫检验点抑制剂、生物反应调节剂及辅助药 。 细胞毒类药物 简介： 通常被称为“化疗”药物，此类药物主要是根据癌细胞增殖过快等生长特性杀死癌细胞，因此对具有类似特性的健康细胞也会无差别攻击，种类很多包括： （1）作用于DNA化学结构的药物，如铂类化合物等； （2）影响核酸合成的药物，如甲氨蝶呤、培美曲塞等； （3）作用于核酸转录的药物，如阿霉素、表阿霉素等； （4）作用于DNA复制的拓扑异构酶Ⅰ抑制剂，如伊立替康等； （5）主要作用于有丝分裂M期干扰微管蛋白合成的药物，如紫杉醇等； （6）其他细胞毒药。 基因检测目的： 评估药物对患者的有效性或安全性（毒副作用）。 基因检测类型： 基于患者对药物的代谢相关基因的多态性，评估不同化疗药物在患者体内代谢反应情况。 基因检测必要性： ⭐⭐⭐ 【由于没有涉及对肿瘤细胞基因突变的分析，化疗药物基因检测还不能算是完全意义上的精准医疗，但在其他外界条件相同的情况下，化疗药物基因检测可为患者从药物受益或毒副作用两个方面提供选择参考。】 激素类药物 简介： 主要是与激素相关的恶性肿瘤类型（如女性的乳腺癌、男性的前列腺癌等）的激素调节药物，包括如他莫昔芬、来曲唑、阿那曲唑等； 基因检测目的： 与细胞毒类药物相同，激素类药物基因检测主要评估的也是药物对患者的有效性或安全性（毒副作用）。 基因检测类型： 同化疗药物。 基因检测必要性： ⭐⭐ 靶向药 物 简介： 针对癌细胞上特定的“靶点”，比如某个特定的基因突变，抑制癌细胞生长直至杀死癌细胞的药物。靶向药物理论上只会抑制癌细胞，而不会对正常细胞造成显著伤害，因此副作用小很多。对于此类型药物，如果患者有相应的治疗靶点，则靶向药物有效率高，而且起效快，能迅速缓解肿瘤带来的症状，提高患者的生活质量，一定时期内能显著提高存活率。 靶向药物目前主要分为两类：大分子单抗类药物和小分子靶向药物。其中小分子靶向药物主要集中在蛋白酪氨酸激酶剂、蛋白酶和其他种类，典型代表是针对白血病的格列卫（Bcr-Abl 基因突变）和针对肺癌的易瑞沙（EGFR 基因突变）。 基因检测目的： 评估靶向药物对患者的疗效或耐药情况。 基因检测类型： 由于靶向药物类型较多，通常会检测每个靶向药物对应的肿瘤信号通路中特定基因的点突变/插入缺失/拷贝数变异/融合（结构变异）等情况，这些常被统称为“基因突变”。具体到小分子靶向药物涉及的主要基因及信号通路包括： (1) 表皮生长因子受体（EGFR）； (2) 血管内表皮细胞生长因子受体（VEGFR）家族； (3) 血小板衍化生长因子受体（PDGFR）家族； (4) 成纤维细胞生长因子受体（FGFR）家族； (5) 与恶性肿瘤发生密切相关的非受体酪氨酸激酶四个家族：ABL家族、JAK家族、SRC家族以及FAK家族； (6) 与mTOR抑制剂相关的PI3K/Akt信号通路。 基因检测必要性： ⭐⭐⭐⭐⭐ 靶向药物基因检测是通过患者癌细胞基因检测，从而选择对患者有效的特定药物或方案，是真正意义上的精准医学。由于很多靶向药物有明确疗效/耐药靶点，须遵循基因检测后才可使用！不应在未做相关基因检测的情况下盲目用！ 【 由于肿瘤的异质性和进化，靶向药物使用一段时间后可能会出现抗药性，需要换药，故靶向药物基因检测配合药物疗效最好定期检测。】 免疫检验点抑制剂 简介： 目前此类药物常被简称为“免疫药物”，主要是通过抑制癌细胞的抑制免疫应答，从而激活T细胞功能，让患者自身的免疫系统杀死变异的肿瘤细胞，主要包括了近年来大火的PD-1/PD-L1抑制剂以及CTLA-4抑制剂。该类型药物的很多响应患者会长期受益，一小部分患者甚至被治愈，是目前抗肿瘤药物的重点研发方向之一。 基因检测目的： 评估患者对此类药物可能的受益。 基因检测类型： 此类药物的基因检测主要是评估受益的生物标记，包括： （1）PD-L1表达，只针对PD-1/PD-L1抑制剂药物； （2）MMR/MSI检测，患者的DNA错配功能检测，两者属于同一类型检测，微卫星不稳定性（MSI）可以侧面反应MMR系统是否工作良好； （3）肿瘤突变负荷（TMB）。 基因检测必要性： ⭐⭐⭐⭐ 目前免疫检测点抑制剂类药物最大问题是有效率不高，仅在10%~20%，加上其目前费用较高，所以，通过基因检测评估药物可能的受益还是很有必要的. 【免疫药物的以上三个类型生物标记的基因检测，目前实际应用中仅可以选择其中之一。一般来说，如果是肺癌患者，由于目前上市的针对肺癌的此类药物基本都是PD-1/PD-L1抑制剂，建议选择PD-L1表达检测；如果是结直肠癌患者，则建议选择MSI检测，当然也可以根据实际情况选择同时检测综合评估或盲用药。】 生物反应调节剂 简介 ：主要通过机体免疫功能抑制肿瘤，如干扰素、白细胞介素-2、胸腺肽类。 基因检测目的： 目前此类药物基本不需要做基因检测。 基因检测类型： 无。 基因检测必要性： 无。 辅助药 简介： 肿瘤治疗中，辅助其他药物疗效或减轻其他药物带来副作用的药物，如 （1）升血药（如G-CSF、GM-CSF、白细胞介素-11、EPO等）； （2）止呕药（如恩丹西酮、盐酸格拉司琼等）； （3）镇痛药（如阿司匹林、扑热息痛、可待因、曲马多、吗啡、芬太尼等）； （4）抑制破骨细胞药（如氯膦酸二钠、帕米磷酸二钠等）。 基因检测目的： 目前此类药物基本不需要做基因检测。 基因检测类型： 无。 基因检测必要性： 无。 3. 是不是检测的基因越多越好？ 答案是否定的，要根据实际需要评估的药物，选择相对应的基因检测项目，尤其是靶向药物，每个药物的疗效/耐药靶点基因是比较固定的。 随着高通量测序技术（NGS）技术的崛起，商业市场将几个到成百上千个基因打包检测，即测序Panel 或“基因套餐”，但是由于目前已上市的靶向药物比较固定，当测序基因数量覆盖足够靶点基因后，再增加基因数量未必能进一步提供更多的靶向药物指导，这些Panel 提供的往往是一些额外的评析，如遗传评估；此外，大Panel 基因测序还可以用来进行拟合计算TMB。但目前基于大Panel 的TMB计算方法没有统一的标准，也没有统一的定论。 此外，Panel的测序结果还和其测序覆盖度（可覆盖的目前基因区域）、测序深度（可使用测序数据量衡量）等相关。基于以上几点， 对于NGS的测序Panel 大小选择应根据实际需求判断，而非单一按照基因量多少选择。 4.基因检测的方法有哪些？ 哪一种是最好的？ 基因检测的方法是直接与基因检测类型相关联的，每种基因检测类型都有较为合适基因检测方法。由于基因检测体系比较复杂，最好的方法是根据需要评估的药物选择相应的检测项目。下面我为大家简单总结一下各个基因检测类型对应的常见检测方法： (1) 基因多态性：PCR； (2) 相对表达检测：荧光定量PCR； (3) 点突变/小片段插入缺失：PCR； (4) 大片段插入缺失/拷贝数变异/融合（结构变异）：FISH； (5) 多基因多类型突变（相对表达检测除外）：NGS； (6) 多肽和蛋白质检测：免疫组化（IHC）。 5 . 肿瘤基因检测选取 什么 样本才是最好的？ 目前对于肿瘤基因检测，组织样本仍是金标准，且部分基因检测项目仅组织样本才可以实现。因此， 有条件的情况下，应优先选择组织样本 。 若无法取得组织样本，最好是临床处于中晚期（临床III期后）的患者再选用外周血进行ctDNA基因检测 。同时，外周血靶向药物ctDNA基因检测最好是在没有经过任何治疗之前进行，因为放化疗和靶向治疗均会对外周血ctDNA检测结果产生影响。 按照检出率，新鲜组织>石蜡切片>胸腹水上清>胸腹水细胞>外周血。 此外，由于外周血ctDNA在外周血cfDNA中的比率与肿瘤的大小和进展呈正相关，所以，ctDNA检测（肿瘤液态活检）目前在临床上除了肿瘤用药指导外，还有另一项更为重要的应用可能—— 肿瘤进展监控 ，具体的应用包括： (1) 肿瘤早诊（肿瘤早期筛查） 液体活检（包括ctDNA检测）可以通过血液等检测在健康的、无症状的人群中早期发现癌症，这是一项极具潜力的技术，可以和全基因组测序相结合，实时检测癌症的发生风险，一个可以实时的检测癌症发生的情况，一个则可以了解家族遗传和正常的癌症发生概率（比如原癌基因P53和乳腺癌BRAC基因检测等），相结合之下将会更好地预防癌症。 (2) 肿瘤治疗疗效跟踪 虽然ctDNA水平在不同的患者之间有很大的差异，但随着时间的推移，单个患者的ctDNA水平与肿瘤负荷和治疗效果的变化密切相关。一些研究表明，当肿瘤细胞死亡导致ctDNA释放增加时，ctDNA水平可能会在治疗开始后短暂升高。然而，在治疗开始1~2周后，对治疗有反应的患者的ctDNA水平急剧下降。在某些方面，ctDNA的变化在预测治疗效果方面要优于标准肿瘤标志物。这也是ctDNA可以在临床上用作癌症治疗效果长期跟踪的一个重要原因。 (3) 肿瘤复发监控 目前来说，实体瘤的主要治疗方式依旧是手术，目前还无法在手术后立即确定哪些患者含有残余病灶，而任何一个残留的微小癌细胞病灶都可能导致癌症复发。在已有的研究中，术后ctDNA检测可以预测乳腺癌、肺癌、结直肠癌和胰腺癌的残留病灶和肿瘤复发。这使得ctDNA成为很有潜力的术后管理策略。 目前来说，ctDNA检测已经可以帮助癌症患者更好地管理和治疗癌症，而在未来，ctDNA必将成为癌症治疗中不可或缺的一环。 结语 最后，我想说，肿瘤用药基因检测的核心目标是给予用药指导，且由于技术原因，医生或者患者很难直接读懂基因检测的结果，这就需要基因检测提供商提供对应的高标准解读，并根据解读结果为患者和医生提供相关用药评估。所以，医生或者患者要基于相应的目标抗肿瘤药物，合理选择相应的基因检测项目。 · END ·
一、对于健康大众而言：
可通过基因检测进行癌症早期筛查，提前了解自身是否患病，是不是高危人群，以及将来患某病的风险，指导受检者改变生活方式，降低患病率。
二、对于肿瘤患者而言：
(1)指导靶同用药：基因检测能筛选出可从靶向药物中获益的患者，让靶向治疗在特定患者群体中发挥出其疗效好、毒副作用低的优势，否则，“盲靶”很有可能让患者错过最佳的治疗时间。
(2)指导免疫治疗：基因检测可以评估指导免疫药物疗效的众多生物标志物(如MSI/TMB等)的水
平，为患者的免疫治疗方案提供可靠的参考依据。
(3)评估化疗/内分泌治疗疗效：基因检测范围可囊括与化疗及内分泌治疗相关的基因位点，提示化疗/内分泌治疗方案的有效性和毒副作用，帮助患者更加合理的选择化疗/内分泌治疗药物。
(4)提示肿瘤复发：有研究表明，基因检测可早于影像学检查数月提示肿瘤复发，可使患者尽早接受治疗。
(5)评估肿瘤的遗传性及易感性：大约10~15%的癌症是遗传造成的，其中乳腺癌、卵巢癌、胃肠道癌症的遗传性因素占重要作用，通过基因检测，可有效评估肿瘤的遗传性，指导患者及其家人提前干预治疗，为家人的健康保驾护航。
肿瘤基因检测临床意义有助于对肿瘤的诊断、肿瘤预后的判断和病情的检测和有助于指导靶向药物的使用。一、对于健康大众而言：可通过基因检测进行癌症早期筛查，提前了解自身是否患病，是不是高危人群，以及将来患某病的风险，指导受检者改变生活方式，降低患病率。二、对于肿瘤患者而言：(1)指导靶同用药：基因检测能筛选出可从靶向药物中获益的患者，让靶向治疗在特定患者群体中发挥出其疗效好、毒副作用低的优势，否则，“盲靶”很有可能让患者错过最佳的治疗时间。(2)指导免疫治疗：基因检测可以评估指导免疫药物疗效的众多生物标志物(如MSI/TMB等)的水平，为患者的免疫治疗方案提供可靠的参考依据。(3)评估化疗/内分泌治疗疗效：基因检测范围可囊括与化疗及内分泌治疗相关的基因位点，提示化疗/内分泌治疗方案的有效性和毒副作用，帮助患者更加合理的选择化疗/内分泌治疗药物。(4)提示肿瘤复发：有研究表明，基因检测可早于影像学检查数月提示肿瘤复发，可使患者尽早接受治疗。(5)评估肿瘤的遗传性及易感性：大约10~15%的癌症是遗传造成的，其中乳腺癌、卵巢癌、胃肠道癌症的遗传性因素占重要作用，通过基因检测，可有效评估肿瘤的遗传性，指导患者及其家人提前干预治疗，为家人的健康保驾护航。想要了解更多有关基因检测的相关信息，推荐咨询海普洛斯。海普洛斯是全球第二大基因测序中心。引进全球最先进的Illumina NovaSeq6000、HiSeq X Ten、NextSeq500/550系列测序平台和数字PCR平台，倾力打造全球第二大基因测序中心HGC。创始人兼CEO许明炎博士与导师全球基因测序先驱Jeremy S. Edwards共同带领中美两大研发中心，五大实验室布局全球，提供最前沿的技术支持。【● 没病有必要做基因检测吗？过来人有话说......】
组织病理学中狭义的概念是：胶质瘤是来源于各种类型胶质细胞的肿瘤。2000年世界卫生组织（WHO）根据肿瘤的组织学进行了分类，Ⅰ到Ⅳ级。其中Ⅰ级被定为良性，单纯外科手术切除后有被治愈的可能性，Ⅱ级为亚良性，单纯外科手术切除后容易复发，部分病历有向更高级别恶性度进展的倾向。你说的情况最好采用有效的传统中药保守治疗，有可能康复，许多患者康复后能够长期存活。脑瘤二级还是属于早期脑瘤。得了脑瘤并不等于死亡，只要能够做到早期发现，并采取有效合理的治疗方案，是可以做到有效控制癌症的，脑瘤患者应以一个良好的心态对待疾病，尽快接受正规的治疗。
如果是单发性的，并且积极治疗还是有治愈的希望的！洛阳通智中医脑肿瘤防治研究所
中药方 熟地黄74克 玉竹79克 北沙参78克 南沙参46克 北五味子78克 南五味子78克 菟丝子22克 上药煎水一日三次饭前服
二十多年来，发表论文近五十篇，主要代表作品：1、脑重要功能区胶质瘤的显微手术治疗中华神经外科杂志2、高位颈髓肿瘤（附8例分析）中华神经外科杂志3、颅内胰岛移植治疗Ⅰ型糖尿病中华神经外科杂志4、儿童亚急性后颅窝硬膜外血肿中华神经外科杂志5、脑血管母细胞瘤影像学特点的病理基础潍坊医学院学报6、687例垂体瘤的临床表现与诊断山东医药7、脑肿瘤贴敷化疗的临床应用研究山东医药8、高血压脑出血100例临床分析山东医药9、氟骨症性脊髓脊髓压迫症10例分析中华神经外科杂志10、神经皮肤黑变病伴恶性黑色素性脑膜瘤1例中华皮肤科杂志11、遗传性共济失调2个家系报告中国煤炭工业医学杂志12、听神经瘤的手术分级及临床意义山东医药13、脑血管畸形破裂出血的急症手术中国现代神经疾病杂志14、外伤性多发性颅内血肿的救治山东医药15、Ⅲ型颅骨缺损修补的研究治疗中华创伤杂志16、规范化脑电图在难治性癫痫术前定位中的临床价值山东医药17、脑电图对癫痫自动症的诊断价值山东医药18、颅骨缺损修补的研究与进展 中华现代外科杂志
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北京吉因加科技有限公司很好很不错的一家高新技术企业。 吉因加创立于2015年4月，在北京、苏州、深圳三地建立医学检验实验室、基因研究院、医疗器械产业化基地等多家实体机构，现有员工700多人，运营面积13000余平米。 公司拥有国家级专精特新“小巨人”企业、院士专家工作站、博士后科研工作站、北京市科技企业研发机构、国家高新技术企业等资质，已形成国产NGS检测和肿瘤基因大数据两大平台支撑临床检测、医疗器械制造、科技合作、肿瘤防治四大业务板块的业务模式，致力于成为最值得信赖的肿瘤基因大数据服务平台。 公司CEO是中国科学院北京基因组研究所博士，正高级工程师，博士生导师，从事基因组医学、转化医学领域的科研工作10余年，在肿瘤精准医疗领域深耕细作，主持完成研究项目（课题）6项，获得多项国家级人才、科技领军人才优秀称号，拥有专利49项，在Science、Nature、NG等权威期刊累计发表sci论文70多篇，影响因子超过500。
镇江市第一人民医院胸心外科创建于1955年，该科是江苏省建立最早的胸心外科专科之一，也是苏、锡、常、镇江地区开展胸心外科手术数量最多的专科之一，到目前为止已开展各类胸心外科大手术两万余例。经过几代人的不懈努力，1997年专科被镇江市卫生局确认为镇江市胸心血管外科中心，1999年被确认为镇江市重点学科，2001年被江苏省卫生厅首批确认为省级临床重点专科，2004年经江苏省卫生厅批准成立中德（江苏）心脏中心。在业务上取得了卓越的成绩，心血管外科已成为镇江市的一大特色专科，在省内具有较高的知名度，心脏瓣膜置已达800余例，单瓣置换手术成功率达，在省内处于领先水平，还开展了数百例各种复杂性心脏病的外科治疗，如法乐氏四联症根治术、右室双出口纠治术，三尖瓣闭锁的外科治疗，艾伯氏坦畸形纠治，细小主动脉根部扩大换瓣，Bentall手术治疗马凡氏综合征，IHSS外科治疗，单心房分隔术，Cox迷宫加瓣膜置换术等等，其中有30余项手术技术填补或达到省内先进水平，COX迷宫加瓣膜置换获得了江苏省政府科技成果三等奖。目前该科开展的多瓣膜置换，复杂性先天性心脏病诊治，主动脉瘤切除加人造血管置换、不停跳冠状动脉搭桥已成为常规手术。心脏移植是挽救终末期心脏病人生命的唯一有效方法，也是一个地区一个单位整体医疗实力的体现，该科开展了7例心脏移植，1例心肺联合移植，全部获得成功。该科在提高医疗技术的同时，还注意不断总结临床经验，已有130余篇论文在全国核心医学期刊上发表，其中中华级占三分之一。该科重视科学研究，近几年来有3项科研成果获省、部级科技成果奖，有9项获江苏省卫生厅新技术一、二等奖，有9项分别获镇江市科技成果一、二、三等奖。该科拥有专科病床50张，专科实验室40平方米，设备一流。现有临床医生11名，其中主任医师2名，副主任医师3名，主治医师3名，住院医师3名，硕士生导师2名，博士研究生3名，硕士研究生5名。目前带教研究生10名，另外，该科还先后派出5名医护人员在欧州一流心脏外科医院进修学习。 镇江市第一人民医院心血管内科是镇江地区最早成立的专科，作为镇江市第一人民医院重点建设的专科，经过几代人的共同努力，终于在2005年通过省卫生厅的考评，成为江苏省的重点临床专科。2008年心血管内科成为江苏省首批获得介入手术资格的科室，吸引越来越多的外地病人前来就诊。2009年门诊量达到60839人次，出院人数达到2207人次。2003年至今已完成心血管介入手术4867例。几年来，在各级领导的关心和支持下，专科建设取得了长足的进步。三来年来共引进博士3人，其中临床1人，基础科研2人，引进硕士3人。聘用来自美国学者1人，在实验室工作一年。人才培养：三年来本科室培养硕士研究生9，其中已毕业7人，在读2人。学科带头人张国辉去德国Essend的西德心脏中心进修3个月，尹春阳赴加拿大Sunybrook Hospital心内科半年，真亚赴上海中山医院和上海第一人民医院心内科各1年。共有专业医师18人，其中具有主任医师1人，副主任医师5人，主治医师7人，住院医师5人，获得博士学位者4人，硕士学位者11人，其余均为大学本科学历。三年来我科添置的设备有主动脉内球囊反搏系统、CARTO三维电生理标测系统、Maquet呼吸机和体外除颤仪。BNP和心梗三项快速床旁测定仪。另外建立了心内科实验室。现有普通床位50张，CCU监护病房5张。心内科担负全市的心血管疾病诊疗学术方面的带头工作以及危重病人的会诊工作，承担江苏大学医学院诊断学和心血管内科的教学工作，并且是心内科硕士研究生培养点，每年招收硕士研究生2到3名，并担负着全市进修医师的培训工作。目前的学科主攻方向为介入心脏病学，包括心律失常、冠心病和先天性心脏病的介入诊断和治疗，已形成了起搏与心电生理、冠状动脉疾病和先天性心脏病、心脏瓣膜病等四个介入方向的专业学组。近几年本科在介入心脏病学方面做了大量的工作，发展很快并取得了瞩目的成绩，本科在此领域跻身于省内先进行列，赢得了同道的广泛赞誉。心脏导管室条件和设备先进，拥有先进的SIMENS数字减影血管造影X线机、电生理记录分析仪、射频消融仪、心脏程序刺激仪、除颤器及CARTO标测仪，可以满足各种心脏病介入工作的需要。心脏监护病房设备精良，医护人员训练有素，是我市唯一首批获得开展心血管介入诊断和治疗资质的专科。手术数量和种类均处于江苏省先进水平，部分项目达国内先进水平。学术上，课题“心肌桥对冠状动脉血流和粥样硬化影响的研究”2003年获上海市临床成果二等奖；课题“心肌桥的临床诊断和治疗”2004年获江苏省卫生厅医学新技术引进奖二等奖；课题“心肌桥在动脉粥样硬化和缺血性心脏病中意义”2004年获国家教育部科技进步二等奖；课题“心肌桥对冠状动脉血流动力学影响的实验研究”2006年获镇江市科技进步二等奖。目前“不同组合抗RAAS药物联合使用治疗扩张型心肌病疗效及机制的研究”获镇江市卫生局重点人才培养课题。“氟伐他汀、卡维地洛对扩张型心肌病的疗效及机制研究”获江苏省人事厅“六大人才高峰”资助项目。“氯沙坦对急性冠脉综合征胰岛素抵抗及血管内皮功能的影响”为江苏省卫生厅重点实验室开放课题，第二负责人。“骨髓间充质干细胞移植对扩张型心肌病心力衰竭大鼠心肌细胞凋亡的影响及其机制研究”为镇江市科技局在研项目。“骨髓干细胞移植治疗扩张型心肌病的基础和临床研究”和“心肌桥对冠状动脉血流和粥样硬化的影响”两项课题通过市科技局组织的科研鉴定。论文“心肌桥对冠脉内皮细胞形态和粥样硬化的作用”获镇江市优秀论文一等奖。在省级以上杂志发表学术论文近30篇。在国际学术会议上发表论文10篇。参加编写专著3部。近几年组织主办市级学术活动两项，组织主办省级继续教育项目一项。对所在学科的建设、人才培养、事业发展做出突出贡献。先后带教15名硕士研究生，其中10人已获得硕士学位，多人被评为江苏大学优秀硕士研究生，2009年本人被评为“优秀研究生导师”。另外引进3名博士，2名硕士，目前所在科室已经形成以研究生为主体的高素质、高水平的学术队伍，2005年将科室建设成为了江苏省重点临床专科；2006年组建镇江市心血管研究所：2008年科室成为江苏省首批获得介入手术资格的科室。管理上，带动和引导全科医护人员共撰写发表论文近50篇，全心内科的工作业务实现了量和质的飞跃。 镇江市第一人民医院神经外科创建于1977年，经过几代人的不懈努力，于1999年被镇江市卫生局确认为镇江市重点专科，2006年被江苏省卫生厅确认为省级临床重点专科。目前该科在业务上取得了卓越的成绩，已成为镇江市的一大特色专科，在省内具有较高的知名度。其中对各种颅脑损伤的抢救水平及抢救设备在市内均处于领先水平，能开展各种颅脑及脊髓的肿瘤，除此之外，该科还开展了大量的新技术、新项目，其中填补市内空白的项目有20多项，如高位颈髓肿瘤摘除术，经口咽行齿突切除术，三叉神经面神经起始段微血管减压术，超选择性动脉插管化疗术等。该科尤其擅长于介入放射治疗，对颅脑及脊髓的血管性病变如动脉瘤、动静脉畸形、蛛网膜下腔出血等治疗达到了省内先进水平（市内仅本科开展）。另外该科还开展了大量高难度手术，多个项目在省内处于领先水平，如脑干肿瘤摘除术，舌下神经瘤摘除术，巨大脑室内肿瘤摘除术，颅鼻沟通瘤全切术、颅底肿瘤切除术、脊髓内巨大肿瘤摘除术、超选择性动脉内溶栓术等。该科在提高医疗技术的同时，还注意不断总结临床经验，开展大量科研工作。近几年来该科共开展的省、市级科研项目20多项，其中获镇江市科技进步二等奖3项，三等奖2项，另1项科技成果获2项国家专利。在省级以上杂志共发表学术论文100余篇，其中中华级杂志20余篇，3篇获全国优秀论文奖。该科现拥有专科病床40张，拥有伽吗刀治疗中心，重症监护病房和神经外科实验室。其中重症监护病房床位7张，神经外科实验室40平方米，设备一流。现有临床医师12人，包括主任医师3名（教授2名、副教授1名），副主任医师2名。主治医师4名（其中3名为研究生），住院医师3名（均为研究生），硕士生导师2人，在读博士1人，目前带教研究生5名。 镇江市第一人民医院血液科自1975年建科以来，经过几代人的不懈努力，现已能对常见、罕见及疑难血液病进行快速、准确诊断和有效治疗，多个项目处于国内先进或省内先进水平，个别项目达到国内领先水平，整体实力在镇江地区处于领先地位，在省内具有较高知名度。1997年被评为“镇江市医学临床重点专科”，2009被评为“江苏省省级临床重点专科”；专科实验室于2003年被评为“镇江市实验血液学重点实验室”并保持至今。一、人才梯队近三年来引进硕士研究生2名，外送培养硕士、博士研究生4名、培养本院研究生8名。医师队伍中本科以上学历达100%，已形成一支由3名高级、3名中级、3名初级人员组成、平均年龄不足40岁的医师队伍，其中江苏省医学重点人才、江苏省“333工程”学术技术带头人、镇江市“169工程”学术技术带头人、江苏省和镇江市有突出贡献的中青年专家2名、市“169工程”科技骨干1名，博士生导师1名，硕士研究生导师1名。二、科研成果近三年来申报省科技厅课题2项、省卫生厅重大课题和面上课题各1项、市课题6项，与外单位合作国家自然基金课题2项；获得中国中西医结合学会科学技术三等奖1项、省卫生厅新技术引进二等奖3项、市科技进步一等奖1项、二等奖2项和三等奖4项；发表各级论文28篇，其中SCI论文8篇、中华系列论文10篇、，申报国家发明专利2项并已公布。三、诊疗特色（一）造血干细胞移植术自1998年开始，我科率先在镇江市陆续开展了近十例自体造血干细胞移植治疗恶性淋巴瘤、急性淋巴细胞白血病等恶性血液病；2004年进一步相继成功开展了亲缘间异基因干细胞移植、无关供体异基因骨髓和非清髓性异基因骨髓移植治疗白血病和淋巴瘤等6例恶性血液病患者，2006年开展了自体外周血造血干细胞移植治疗老年血液系统肿瘤患者，取得了良好效果，延长了患者的生存期，提高了患者的无病生存率及生活质量。（二）血液系统恶性肿瘤治疗在引进国外先进化疗方案治疗急性白血病、淋巴瘤、多发性骨髓瘤、慢性骨髓增殖性疾病等的同时，积极探索对患者的个体化治疗方案，根据其MICM诊断和各种预后因素制定一整套方案。目前已开展了以中、大剂量MTX和阿糖胞苷为主的联合化疗法挽救治疗难治、复发性急性白血病；小剂量诱导分化、预激方案治疗老年急性白血病和低增生性白血病，STl571（格列卫）靶向治疗慢性粒细胞白血病和Ph+急性淋巴细胞白血病，全反式维甲酸联合亚砷酸治疗急性早幼粒细胞白血病，联合或序贯应用MP、VAD、反应停、亚砷酸、万珂、骨膦等多种药物和方案治疗多发性骨髓瘤，均取得了较理想的疗效，达到了国内先进水平。（三）贫血的诊断和治疗着眼于疾病的克隆性质，通过建立染色体核型分析、荧光原位杂交、姐妹染色单体分化染色、N-ras基因突变检测等多种技术手段进行克隆性分析，对MDS患者的诊断和鉴别诊断起了重要的指导意义；根据预后积分评价，通过对雄性激素、环孢霉素A等的选择应用，使MDS的治疗效果有了较大提高。通过流式细胞仪检测CD55、CD59表达、Ham’s试验、流式细胞仪网织红细胞测定、Coomb’s试验、游离血红蛋白测定等检测手段使阵发性睡眠性血红蛋白尿、自身免疫性溶血性贫血等得以正确诊断和治疗。（四）血液病分子的诊断是较早常规开展白血病MICM诊断的省内为数不多的几个单位之一，使白血病患者的诊断准确率、对患者的治疗反应和预后判断水平大大提高，为镇江市及周边地区各级医院血液科同仁提供了良好的支撑和服务。血液科于2001年在省内首家开展了多重筑巢式RT-PCR技术同时检测急性白血病29种相关融合基因发现了多种基因异常，弥补了染色体核型分析数量少及敏感性不高的不足；同时开展了肿瘤相关基因检测如端粒酶活性、P53、P73、N-ras、Bcl-2、TCRγ、IgH、MLL 、Jak2、Flt3、C-KIT基因重排等，对白血病和淋巴瘤的诊断分型、指导治疗、判断预后具有重要意义；并且，利用FⅧ基因内微卫星CA-13、CA-22及与该基因紧密连锁的微卫星DXS15的多态性建立了血友病甲的基因诊断，使其诊断准确率大为提高。许多检测项目达到国内和省内先进水平。于2003年底在国内第一家建立带有内源性参照基因的实时定量PCR技术，现以为国内首家同时为临床提供PH染色体阳性白血病P210和P190融合基因绝对和相对定量结果的科室，结果更加科学、可靠、及时，藉此明了患者初诊时的bcr/abl转录本含量，判断患者体内肿瘤细胞负荷，并可以监测治疗后的微小残留病灶（MRD），及时调整治疗方案。该技术经专家鉴定，达国内领先水平， 2005年获得江苏省卫生厅医学新技术引进二等奖、镇江市科技进步奖三等奖并获得国家发明专利。
一文读懂肿瘤精准用药基因检测 根据世界卫生组织（WHO）统计数据，全世界约有60%的人死于癌症、糖尿病、心血管疾病、慢性呼吸系统疾病这4大类疾病，而癌症则是最主要的死因之一。2008年全球死于癌症的患者达760万人，占全球死亡人数的13%，我国卫生部第三次全国死因调查结果也显示，癌症已成为我国仅次于心脑血管疾病的第二大死亡原因，占死亡总数的，并成为我国城市的首位死因。 目前，恶性肿瘤逐年升高的发病率及其巨大的医疗费用等因素，使得大家“谈癌色变”。好在治疗手段发展快速，包括手术和放疗的局部治疗和抗肿瘤药物的全身治疗类。其中，药物治疗已成为当今临床治疗肿瘤的重要手段之一。而提到肿瘤药物治疗，就不免会提到基因检测技术。对于医生和患者来说，基因检测是“既熟悉又陌生”的高科技！如何能让医生或患者通俗易懂地了解肿瘤基因检测，那可真是一门技术活。 今天，我就针对肿瘤用药的相关基因检测为大家做一期干货分享。 ○ 为什么要做肿瘤基因检测？ ○ 肿瘤用药基因检测到底检测了什么？有哪些抗肿瘤药物需要做基因检测？ ○ 是不是检测的基因越多越好？ ○ 基因检测的方法有哪些？哪一种是最好的？ ○ 肿瘤基因检测选取什么样本才是最好的？ 1. 为什么要做肿瘤基因检测？ 肿瘤基因检测的主要原因在于肿瘤是一类高度异质性疾病。也就是说，哪怕患的是同一种肿瘤，不同的患者也需要根据其实际情况采用不同的治疗方案，尤其是抗肿瘤用药的选择。不同患者对不同抗肿瘤药物的敏感程度差异巨大，故肿瘤临床治疗需要制定个体化的精准方案。而基因检测是评估患者使用药物效果非常重要的一环，能从分子层面给医生用药予精确的指导。 2. 肿瘤用药基因检测到底检测了什么？有哪些抗肿瘤药物需要做基因检测？ 实际上，不同类型抗肿瘤药物的基因检测项目是不同的。所以， 首先我为大家全面介绍一下抗肿瘤药物的类别，再介绍各种类抗肿瘤药物的基因检测项目。 目前，国际上临床常见的抗肿瘤药物大致可分为以下六类： 细胞毒类药物、激素类药物、靶向药物、免疫检验点抑制剂、生物反应调节剂及辅助药 。 细胞毒类药物 简介： 通常被称为“化疗”药物，此类药物主要是根据癌细胞增殖过快等生长特性杀死癌细胞，因此对具有类似特性的健康细胞也会无差别攻击，种类很多包括： （1）作用于DNA化学结构的药物，如铂类化合物等； （2）影响核酸合成的药物，如甲氨蝶呤、培美曲塞等； （3）作用于核酸转录的药物，如阿霉素、表阿霉素等； （4）作用于DNA复制的拓扑异构酶Ⅰ抑制剂，如伊立替康等； （5）主要作用于有丝分裂M期干扰微管蛋白合成的药物，如紫杉醇等； （6）其他细胞毒药。 基因检测目的： 评估药物对患者的有效性或安全性（毒副作用）。 基因检测类型： 基于患者对药物的代谢相关基因的多态性，评估不同化疗药物在患者体内代谢反应情况。 基因检测必要性： ⭐⭐⭐ 【由于没有涉及对肿瘤细胞基因突变的分析，化疗药物基因检测还不能算是完全意义上的精准医疗，但在其他外界条件相同的情况下，化疗药物基因检测可为患者从药物受益或毒副作用两个方面提供选择参考。】 激素类药物 简介： 主要是与激素相关的恶性肿瘤类型（如女性的乳腺癌、男性的前列腺癌等）的激素调节药物，包括如他莫昔芬、来曲唑、阿那曲唑等； 基因检测目的： 与细胞毒类药物相同，激素类药物基因检测主要评估的也是药物对患者的有效性或安全性（毒副作用）。 基因检测类型： 同化疗药物。 基因检测必要性： ⭐⭐ 靶向药 物 简介： 针对癌细胞上特定的“靶点”，比如某个特定的基因突变，抑制癌细胞生长直至杀死癌细胞的药物。靶向药物理论上只会抑制癌细胞，而不会对正常细胞造成显著伤害，因此副作用小很多。对于此类型药物，如果患者有相应的治疗靶点，则靶向药物有效率高，而且起效快，能迅速缓解肿瘤带来的症状，提高患者的生活质量，一定时期内能显著提高存活率。 靶向药物目前主要分为两类：大分子单抗类药物和小分子靶向药物。其中小分子靶向药物主要集中在蛋白酪氨酸激酶剂、蛋白酶和其他种类，典型代表是针对白血病的格列卫（Bcr-Abl 基因突变）和针对肺癌的易瑞沙（EGFR 基因突变）。 基因检测目的： 评估靶向药物对患者的疗效或耐药情况。 基因检测类型： 由于靶向药物类型较多，通常会检测每个靶向药物对应的肿瘤信号通路中特定基因的点突变/插入缺失/拷贝数变异/融合（结构变异）等情况，这些常被统称为“基因突变”。具体到小分子靶向药物涉及的主要基因及信号通路包括： (1) 表皮生长因子受体（EGFR）； (2) 血管内表皮细胞生长因子受体（VEGFR）家族； (3) 血小板衍化生长因子受体（PDGFR）家族； (4) 成纤维细胞生长因子受体（FGFR）家族； (5) 与恶性肿瘤发生密切相关的非受体酪氨酸激酶四个家族：ABL家族、JAK家族、SRC家族以及FAK家族； (6) 与mTOR抑制剂相关的PI3K/Akt信号通路。 基因检测必要性： ⭐⭐⭐⭐⭐ 靶向药物基因检测是通过患者癌细胞基因检测，从而选择对患者有效的特定药物或方案，是真正意义上的精准医学。由于很多靶向药物有明确疗效/耐药靶点，须遵循基因检测后才可使用！不应在未做相关基因检测的情况下盲目用！ 【 由于肿瘤的异质性和进化，靶向药物使用一段时间后可能会出现抗药性，需要换药，故靶向药物基因检测配合药物疗效最好定期检测。】 免疫检验点抑制剂 简介： 目前此类药物常被简称为“免疫药物”，主要是通过抑制癌细胞的抑制免疫应答，从而激活T细胞功能，让患者自身的免疫系统杀死变异的肿瘤细胞，主要包括了近年来大火的PD-1/PD-L1抑制剂以及CTLA-4抑制剂。该类型药物的很多响应患者会长期受益，一小部分患者甚至被治愈，是目前抗肿瘤药物的重点研发方向之一。 基因检测目的： 评估患者对此类药物可能的受益。 基因检测类型： 此类药物的基因检测主要是评估受益的生物标记，包括： （1）PD-L1表达，只针对PD-1/PD-L1抑制剂药物； （2）MMR/MSI检测，患者的DNA错配功能检测，两者属于同一类型检测，微卫星不稳定性（MSI）可以侧面反应MMR系统是否工作良好； （3）肿瘤突变负荷（TMB）。 基因检测必要性： ⭐⭐⭐⭐ 目前免疫检测点抑制剂类药物最大问题是有效率不高，仅在10%~20%，加上其目前费用较高，所以，通过基因检测评估药物可能的受益还是很有必要的. 【免疫药物的以上三个类型生物标记的基因检测，目前实际应用中仅可以选择其中之一。一般来说，如果是肺癌患者，由于目前上市的针对肺癌的此类药物基本都是PD-1/PD-L1抑制剂，建议选择PD-L1表达检测；如果是结直肠癌患者，则建议选择MSI检测，当然也可以根据实际情况选择同时检测综合评估或盲用药。】 生物反应调节剂 简介 ：主要通过机体免疫功能抑制肿瘤，如干扰素、白细胞介素-2、胸腺肽类。 基因检测目的： 目前此类药物基本不需要做基因检测。 基因检测类型： 无。 基因检测必要性： 无。 辅助药 简介： 肿瘤治疗中，辅助其他药物疗效或减轻其他药物带来副作用的药物，如 （1）升血药（如G-CSF、GM-CSF、白细胞介素-11、EPO等）； （2）止呕药（如恩丹西酮、盐酸格拉司琼等）； （3）镇痛药（如阿司匹林、扑热息痛、可待因、曲马多、吗啡、芬太尼等）； （4）抑制破骨细胞药（如氯膦酸二钠、帕米磷酸二钠等）。 基因检测目的： 目前此类药物基本不需要做基因检测。 基因检测类型： 无。 基因检测必要性： 无。 3. 是不是检测的基因越多越好？ 答案是否定的，要根据实际需要评估的药物，选择相对应的基因检测项目，尤其是靶向药物，每个药物的疗效/耐药靶点基因是比较固定的。 随着高通量测序技术（NGS）技术的崛起，商业市场将几个到成百上千个基因打包检测，即测序Panel 或“基因套餐”，但是由于目前已上市的靶向药物比较固定，当测序基因数量覆盖足够靶点基因后，再增加基因数量未必能进一步提供更多的靶向药物指导，这些Panel 提供的往往是一些额外的评析，如遗传评估；此外，大Panel 基因测序还可以用来进行拟合计算TMB。但目前基于大Panel 的TMB计算方法没有统一的标准，也没有统一的定论。 此外，Panel的测序结果还和其测序覆盖度（可覆盖的目前基因区域）、测序深度（可使用测序数据量衡量）等相关。基于以上几点， 对于NGS的测序Panel 大小选择应根据实际需求判断，而非单一按照基因量多少选择。 4.基因检测的方法有哪些？ 哪一种是最好的？ 基因检测的方法是直接与基因检测类型相关联的，每种基因检测类型都有较为合适基因检测方法。由于基因检测体系比较复杂，最好的方法是根据需要评估的药物选择相应的检测项目。下面我为大家简单总结一下各个基因检测类型对应的常见检测方法： (1) 基因多态性：PCR； (2) 相对表达检测：荧光定量PCR； (3) 点突变/小片段插入缺失：PCR； (4) 大片段插入缺失/拷贝数变异/融合（结构变异）：FISH； (5) 多基因多类型突变（相对表达检测除外）：NGS； (6) 多肽和蛋白质检测：免疫组化（IHC）。 5 . 肿瘤基因检测选取 什么 样本才是最好的？ 目前对于肿瘤基因检测，组织样本仍是金标准，且部分基因检测项目仅组织样本才可以实现。因此， 有条件的情况下，应优先选择组织样本 。 若无法取得组织样本，最好是临床处于中晚期（临床III期后）的患者再选用外周血进行ctDNA基因检测 。同时，外周血靶向药物ctDNA基因检测最好是在没有经过任何治疗之前进行，因为放化疗和靶向治疗均会对外周血ctDNA检测结果产生影响。 按照检出率，新鲜组织>石蜡切片>胸腹水上清>胸腹水细胞>外周血。 此外，由于外周血ctDNA在外周血cfDNA中的比率与肿瘤的大小和进展呈正相关，所以，ctDNA检测（肿瘤液态活检）目前在临床上除了肿瘤用药指导外，还有另一项更为重要的应用可能—— 肿瘤进展监控 ，具体的应用包括： (1) 肿瘤早诊（肿瘤早期筛查） 液体活检（包括ctDNA检测）可以通过血液等检测在健康的、无症状的人群中早期发现癌症，这是一项极具潜力的技术，可以和全基因组测序相结合，实时检测癌症的发生风险，一个可以实时的检测癌症发生的情况，一个则可以了解家族遗传和正常的癌症发生概率（比如原癌基因P53和乳腺癌BRAC基因检测等），相结合之下将会更好地预防癌症。 (2) 肿瘤治疗疗效跟踪 虽然ctDNA水平在不同的患者之间有很大的差异，但随着时间的推移，单个患者的ctDNA水平与肿瘤负荷和治疗效果的变化密切相关。一些研究表明，当肿瘤细胞死亡导致ctDNA释放增加时，ctDNA水平可能会在治疗开始后短暂升高。然而，在治疗开始1~2周后，对治疗有反应的患者的ctDNA水平急剧下降。在某些方面，ctDNA的变化在预测治疗效果方面要优于标准肿瘤标志物。这也是ctDNA可以在临床上用作癌症治疗效果长期跟踪的一个重要原因。 (3) 肿瘤复发监控 目前来说，实体瘤的主要治疗方式依旧是手术，目前还无法在手术后立即确定哪些患者含有残余病灶，而任何一个残留的微小癌细胞病灶都可能导致癌症复发。在已有的研究中，术后ctDNA检测可以预测乳腺癌、肺癌、结直肠癌和胰腺癌的残留病灶和肿瘤复发。这使得ctDNA成为很有潜力的术后管理策略。 目前来说，ctDNA检测已经可以帮助癌症患者更好地管理和治疗癌症，而在未来，ctDNA必将成为癌症治疗中不可或缺的一环。 结语 最后，我想说，肿瘤用药基因检测的核心目标是给予用药指导，且由于技术原因，医生或者患者很难直接读懂基因检测的结果，这就需要基因检测提供商提供对应的高标准解读，并根据解读结果为患者和医生提供相关用药评估。所以，医生或者患者要基于相应的目标抗肿瘤药物，合理选择相应的基因检测项目。 · END ·