设有5个经济学二级学科:政治经济学(国家重点学科)、经济史(国家重点学科)、区域经济(国家重点学科)和西方经济学、产业经济学,均具有博士学位授予权,并设有经济学博士后流动站,现在站博士后研究人员8人。过去十多年间,南开经济研究所教师和研究人员共承接国家级科研课题20多项、省(部)级研究课题50余项、省以下地方或工商企业的研究课题约60项,出版专著120多部,发表论文500余篇,其中有30多项成果获得了国家或部委级奖励。围绕着以经济建设为中心,在国民经济宏观运行与调控、经济发展与收入分配、产权界定与交易、房地产经济与地价评估、区域发展与城市经济、中国近代经济史等方面取得了一系列开创性的成果。