作为项目负责人,主持国家社科基金重大、重点和一般项目及国家自然科学基金项目、973计划子课题等数十项国家及省部级课题。在《脑》(Brain, SCI)、《神经语言学杂志》(Journal of Neurolinguistics, SCI, SSCI)、《中国科学(信息科学)》、《中国社会科学》、《中国语文》、《中文信息学报》、《心理学报》、《计算机科学》、《声学技术》等国内外刊物发表论文数百篇,出版著作有《杨亦鸣自选集》、《语言的神经机制与语言理论研究》、《李氏音鉴音系研究》、《音韵易通》、《教学语法新体系》、《易经对话录》等10余种。应邀赴美国哈佛大学、伯克莱加州大学、新加坡国立大学、日本爱知县立大学和香港大学、台湾辅仁大学等校访问、讲学和参加国际学术会议。