发表论文里的系统发育树

1． 准备序列文件

准备fasta格式序列文件（fasta格式：大于号>后紧跟序列名，换行后是序列。举例如下）。每条序列可以单独为一个文件，也可以把所有序列放在同一文件内。

核酸序列：

>sequence1_name

CCTGGCTCAGGATGAACGCT

氨基酸序列：

>sequence2_name

MQSPINSFKKALAEGRTQIGF

2． 多序列比对

打开MEGA 5，点击Align，选择Edit/Build Alignment，选择Create a new alignment，点击OK。

→

这时需要选择序列类型，核酸（DNA）或氨基酸（Protein）

选择之后，在弹出的窗口中直接Ctrl + V粘贴序列（如果所有序列在同一个文件中，即可全选序列，复制）。也可以：点击Edit，选择Insert Sequence From File，选择序列文件（可多选）。

序列文件加载之后，呈蓝色背景（为选中状态）。点击按钮 ，选择Align DNA（如果是氨基酸序列，则会出现Align Protein）。弹出的窗口中设置比对参数，一般都是采用默认参数即可。点击OK，开始多序列比对。

比对完成后，呈现以下状态。

这时需要截齐两端含有---的序列：选中含有---的序列，按键Delete删除（注意：两端都需要截齐）。截齐之后，保存文件为：filename.mas

↓

3． 构建系统进化树

多序列比对窗口，点击Data，选择Phylogenetic Analysis，弹出窗口询问：所用序列是否编码蛋白质，根据实际情况选择Yes或No。此时，多序列比对文件就激活了，可以返回MEGA 5主界面建树了。

EGA 5主界面。点击Phylogeny，选择Construct/Test Neighbor-Joining Tree…弹出的对话框询问：是否使用当前激活的数据，选择Yes。这时弹出建树参数设置对话框，更改No. of Bootstrap Replications为1000，其他参数默认即可，点击Compute。

这里解释一下，Construct/Test Maximum Likelihood Tree…（ML）或Construct/Test Neighbor-Joining Tree…（NJ）或Construct/Test Minimum-Evolution Tree…（ME）为三种不同的建树方法，NJ方法最常用。

建树完成，效果如下所示。注意，要点击Bootstrap consensus tree查看树形。保存文件为filename.mts(可以用MEGA 5打开)。

无论是基于距离的系统发生树重建方法，还是基于特征的系统发生树重建方法，都不能保证一定能够得到一棵描述比对序列进化历史的真实的树。

一般地，对于某个数据集，如果用一种方法能推断出正确的系统发生关系，则用其它流行的方法也能得到较好的结果。但是，如果模拟数据集中序列的变化很大，或不同的分支变化速率不同，则没有一种方法是十分可靠的。

扩展资料：

系统树是一种分支图（英文cladogram）。在树中，每个节点代表其各分支的近共同祖先，而节点间的线段长度对应演化距离（如估计的演化时间）。

系统发生树有时也称系统树图，它是由一系列节点和分支组成的。其中每一个节点代表一个分类单元，分支末端的节点对应 一个基因或者生物体。与外部节点对应，内部节点代表一个推断出的共同祖先。系统发生树结构的基本信息在计算机程序中常常用一组嵌套的圆括号表示，成为newick格式。

参考资料来源：百度百科-系统发生树

系统发育树的分析及解读如下：

一、要点

系统发育树是表示生物体之间进化关系的图表。系统发育树是假设的，而不是确定的事实。系统发育树中的分支模式反映了物种或其他群体如何从一系列共同祖先进化而来的关系。

在树中，如果两个物种有一个更近的共同祖先，则它们之间的关系就更近；如果它们有一个更远的共同祖先，则它们之间的关系就更远。系统发育树可以用各种样式绘制。围绕其分支点旋转一棵树不会改变其携带的信息。

二、引言

大多数现代分类系统都是基于生物体之间的进化关系——即生物体的系统发育。基于系统发育的分类系统以反映我们对它们如何从共同祖先进化而来的理解的方式组织物种或其他群体。

我们将了解系统发育树，即表示生物体之间进化关系的图表。我们将确切地看到我们可以从系统发育树中推断出什么，以及在这些树的背景下物种或多或少相关意味着什么。

三、树的剖析

绘制系统发育树时，我们代表了关于一组物种（或其他群体）如何从共同祖先进化而来的最佳假设。在系统发育树中，感兴趣的物种或群体位于被称为树枝的线的顶端。

树枝连接的模式代表了我们对树中物种如何从一系列共同祖先进化而来的理解。每个分支点 代表一个分歧事件，或将一个组分裂成两个后代组。在每个分支点处都有从该分支点派生的所有组的最近的共同祖先。

四、物种关系判断

在系统发育树中，两个物种的相关性具有特定的含义。如果两个物种有更近的共同祖先，则它们之间的关系更近；如果它们的共同祖先更远，则它们之间的关系更远。

可以使用一种非常简单的方法来找到任何一对或一组物种的最近共同祖先。在这种方法中，我们从带有两个感兴趣物种的分支末端开始，然后在树中“向后走”，直到我们找到物种线会聚的点。

五、树的来源

为了生成系统发育树，经常比较和分析所涉及的物种或其他群体的许多特征。这些特征可以包括外部形态（形状、外观）、内部解剖结构、行为、生化途径、DNA 和蛋白质序列，甚至化石的特征。

为了构建准确、有意义的树，生物学家通常会使用许多不同的特征。尽管如此，系统发育树仍然是假设，而不是确定的答案。随着新数据可用并可以添加到分析中，树会随着时间的推移进行修订和更新。因为DNA测序提高了我们比较物种间关系的能力。

1、获得序列将克隆扩增测序得到的基因进行测序。2、NCBI上做BL AST比对找到相似度最高的几个基因，将这几个基因的序列(FASTA格式文件)下载下来，或点击GENBANK登录号，复制FSATA格式，整合在一个*.TXT文档中。3、比对序列，比对结果转化为*.MEG格式用MEGA 5.0的CLUSTALW做多序列联配，比对结果用*.MEG格式保存。或者用CLUSTAL X软件进行比对，比对结果保存为*.ALN,再用MEGA 5.0转化为* MEG格式。4、构建系统进化树打开保存的*.MEG格式文件，选择邻接法构建系统发育进化树。