专利申请过程中发表论文

这没办法啊。你只能仔细研究一下权利要求和公开的论文的区别，找出理由来，说服审查员。

不会。但是申请专利不能迟于论文发出时间

由于没有看到具体核驳理由，不好明确回答楼主的问题。不过，按笔者的经验，通常都是按如下三个步骤来面对：（1）审查员的意见并非永远正确，所以，先期也抱着怀疑的态度，一个子一个字的抠，既从字面上，又从实质上，去判断权利要求中的每个技术是否真的如审查员所说被对比文件揭露了。如果所有的技术特征均被实质揭露了，则仅从权利要求着手修改或争辩，就很难成功。（2）当确认权利要求没有新颖性时，再看本发明的具体实施方式文字部分内容的每个技术特征是否完全被对比文件所揭露。若有一个或一个以上的技术特征未被对比文件揭露，且该技术特征能带来好的技术效果，则可将该技术特征并入到独立权利要求书中，以克服新颖性缺陷。（3）若具体实施方式文字任然找不到实质性的区别特征，那么再看本发明附图，看看是否与对比文件的附图相同，如果不同，那么看看是否有一些显而易见的图形区别特征，并将该特征以文字的形式并入到独立权利要求中，以克服新颖性缺陷。然而，本款修改的风险性较大，很多审查员不愿意或不敢认同这种修改法。以上，仅供参考。

专利申请前发表论文对专利申请有直接的负面影响，而申请专利并不影响申请后论文的发表。从专利新颖性的角度考虑，慎重选择论文发表的时间，确保申请专利在先论文发表在后是非常重要的，只有这样做，专利的新颖性和创造性才不受影响，使得科研论文成果得到著作权和专利权的双重保护。