两个或者多个分子对接就是两个或多个分子之间通过几何匹配和能量匹配相互识别找到最佳匹配模式的过程。配体和受体在对接过程中会由于相互适应而产生构象的变化
分子对接是通过受体的特征以及受体和药物分子之间的相互作用方式来进行药物设计的方法。主要研究分子间(如配体和受体)相互作用,并预测其结合模式和亲合力的一种理论模拟方法.近年来,分子对接方法已成为计算机辅助药物研究领域的一项重要技术1。
分子对接的打分代表的意义是对特定分子的结合能力进行评估的能力。打分并非只是对接程序给出的一个数值，意义应当建立在正确的结合模式基础上，打分高低应当在结合模式上找到合理解释。分子对接方法在药物设计中取得巨大的成功，已经成为基于结构药物设计的最重要的方法之一，分子对接的最初思想起源于FisherE提出的锁和钥匙模型。
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