既然你已经领取了工资,说明代码的所有权属于该公司,尽管也是你个人劳动成果的一部分,但要分清谁是主体,你可以引用但必须征得该公司的统一并说明应用代码的出处,对于引用的代价可以与他们沟通,部分改动的代码若是在离开后的行为,这是你的权利,但其他部分仍然是他们的,他们不追究,你就暂时没有麻烦,他们要倒闭了,也许没有人追究你的麻烦了,但是他们有一天醒过来了,并查出你引用的代码属于他们,你的麻烦就来了。虽然你的论文发表在非营利性机构,但是著作权和版权是个很严重的问题,相信你有一天发现属于你的东西被别人使用后,只要你不是无所谓,你就能理解了。好好想想如何补救吧。劳动所创造的知识也是有价的,不管有没有人过问,价值是存在的,一旦他有了归属,又没有申明可以无偿使用,随便动用总是不好的。