医院拥有肿瘤学国家重点学科,设有肿瘤学博士点和博士后流动站。近年来,医院科研教学硕果累累,2004年,由邵志敏教授领衔的课题《乳腺癌的基础与临床》获国家科技进步二等奖。2006年共招收硕士研究生39名,博士研究生22名;毕业硕士毕业生10名,博士研究生20名。目前,在读博士生59名,硕士生97名,博士后2名。发表论文203篇,其中SCI论文23篇,中华系列69篇;出版专著4部;获1项发明专利;获上海市科技进步奖三等奖1项。1987年上海市抗癌协会成立并挂靠在医院,开始联合主办《抗癌》杂志、《抗癌动态》刊,1991年医院主办学术刊物《中国癌症杂志》。1993年将市卫生局批准医院成为上海市乳腺肿瘤防治中心。此外,分别于1994年、1999年、2006年被上海市卫生局认定为上海市临床病理质量控制中心、上海市放射治疗质量控制中心、上海市肿瘤化疗质量控制中心。1995年病理科被评为上海市领先学科。医院的肿瘤放射治疗、乳腺肿瘤分别于2001年和2002年被上海市卫生局遴选为上海市临床医学中心,2004年肿瘤病理学列为上海市卫生重点学科。大肠癌为复旦大学重点学科。为提升医院的医疗和学科建设水平,推广肿瘤疾病的先进诊疗理念,贯彻肿瘤疾病的诊疗指南,于2005年6月成立了包括肺癌和食管癌、乳腺癌、胃癌、大肠癌、淋巴瘤、鼻咽癌、甲状腺癌、头颈恶性肿瘤、前列腺癌、妇科肿瘤、肝胆胰恶性肿瘤、骨和软组织肿瘤等12个多学科综合治疗协作组,这是一个以病人为中心,以完善治疗为目的的系统化工程,各协作组分别有一位召集人,并由肿瘤外科、肿瘤内科、放疗科、肿瘤病理科、放射诊断科、核医学科、超声诊断科的教授共同参与讨论每个患者的诊治方案,力争使患者接受最正规的系统化治疗,提高肿瘤患者的疗效。医院不断拓展对外交流领域,扩大国内医疗服务覆盖范围,2006年先后在浙江温岭市第二人民医院、浙江萧山医院挂牌成立复旦大学附属肿瘤医院台州分院、萧山分院。受闵行区政府和闵行区卫生局委托,对闵行区肿瘤医院进行全面管理,成立复旦大学附属肿瘤医院闵行分院。医院期望通过分院的建设逐步将肿瘤治疗的先进理念推向华东地区乃至全国,为更多的肿瘤患者提供高质量的医疗服务。2003年9月,医院与美国德州安德森肿瘤中心(M.D.Anderson Cancer Center)正式签署协议缔结为“姐妹医院”,建立肿瘤病人远程会诊机制,为肿瘤病人提供接受国外著名医疗机构治疗的途径。2005年9月,与新加坡国立健保集团癌症中心签订合约,正式缔结为“姐妹医院”,合作进行肿瘤基础研究和临床经验的交流,同时建立肿瘤病人的互相转诊机制。外事接待工作完成出色,秉着外事无小事的原则,历年来接待了来自美国、英国、德国、法国、日本、新加坡等国家和地区的专家,与医院进行学术报告、课题合作、人才培养等各方面的交流与合作。2005年6月10日,比利时王后保拉在部分比利时大学校长、教授的陪同下访问肿瘤医院,同时保拉王后为“百万妇女乳腺普查工程”揭牌。2006年6月16日,摩洛哥国王夫人拉拉·萨尔玛公主访问肿瘤医院,在全院共同努力下,圆满完成接待任务。2006年正值复旦大学附属肿瘤医院建院75周年,也是医院的学科建设年,肿瘤医院举办了“中德放射肿瘤学研讨会”、“第二届上海国际乳腺癌论坛暨沈镇宙教授从医50年学术研讨会”、“第十三届上海—大阪病理组织学研讨会”、“第五届上海国际肿瘤放射治疗学术大会”等一系列国际性学术大会来庆祝75周年院庆。国际会议的圆满召开对于促进医院的国际交流合作,扩大国际影响等方面,起到了很大的促进提升作用。贯彻响应卫生部“以病人为中心,以提高医疗服务质量为主题”的医院管理年活动要求,不断强化医院管理,从提高信息化程度、规范收费、缩短就医流程、落实便民利民措施等方面入手,进一步缩短病人就医等候时间,认真研究解决病人“看病难、看病贵”等问题,促进医院内涵建设,进一步提高医疗服务质量,提高病人满意度,并结合社会主义荣辱观教育,全面开展“治理医药购销领域商业贿赂”专项工作,推进精神文明建设,探索建立医院规范管理和绩效评价的长效机制。