对我国的“三农问题”起制约作用的矛盾主要是两个：一是基本国情矛盾即人地关系高度紧张；二是体制矛盾即城乡分割对立的二元社会经济结构。理解“三农问题”，不能脱离对这两个矛盾的认识。同样，一切解决三农问题的办法，也只能在深刻认识这两个矛盾的基础上提出，只有或多或少地消解这两个矛盾的政策才会有些效果。
从根本上讲，人地关系高度紧张是我国农业不发达、农民贫困的根本原因。现在，我国人口已增加到13亿，人均耕地减少到约1.2亩。而且，由于人口分布不平衡，有1／3的省市人均耕地不足1亩，有666个县低于联合国确立的0.8亩的警界线，463个县低于人均0.5亩的危险线。由于人地关系高度紧张，耕地承担的对农民人口的福利保障功能远远大于耕地的生产功能。耕地是农民的“生存资料”，是农民活命的基础，不是西方经济学里体现市场配置资源“效率”的“生产要素”，可以不断流向收益率高的行业或人手中。在耕地福利化趋势下，公平原则高于效率原则。80年代初期农村以均平地权为实质的改革推行以来，一些地方为了效率目标，强调规模经营，结果未必都理想。十多年来，实际通过转让集中的耕地面积，不到总面积的1％。规模经营的前提，是农民在非农产业上有就业机会和更大的收益，大量的农民离开耕地也能够生存，就算我国顺利地加快城市化，而且耕地保持现在的规模，人均耕地能够扩大一倍，也才达到3亩多一点，还是谈不上农业的规模经营。但农村劳力就要流出近2亿人。但实际上，耕地总面积不增加还可能减少。在未来几十年里，即便我国城市化率达到50％，仍会有8亿多农村人口，人地矛盾得不到任何缓解。因此在耕地问题上，先保障公平，再兼顾效率。只有在大量的农民离开土地，耕地的主要功能不是基本福利保障，而是土地收益率的时候，才有条件尝试那些以效率为中心的耕地分配和经营制度。当然，我国各地的情况不一样，沿海一些地区由于工商业的发展，许多农民已脱离了农业，部分耕地有条件集中经营。例如在浙江沿海，一些耕地通过转包集中到农业开发企业手中；在广东农村，在人地矛盾的压力下发展“以土地为中心的社区股份合作制”。这就在效率原则与公平原则间取得了一个平衡点。但在中国地区差异很大的情况下，没有一刀切的好办法。
在人地关系高度紧张这个内在的基本矛盾制约下，解决我国的“三农问题”，很大程度上要靠农村外部条件的改善，要让农民在耕地以外找到生存和发展的新空间。但正是城乡分割对立的二元结构，将农民封锁在了有限的耕地上。在封闭的环境中，农村人口持续增加，耕地无限细分，农业效率低下，教育落后，生态破坏，农民贫困。80年代中期以来，这个封锁圈曾经一度被打破，劳动密集型的乡镇企业和外资企业的发展，将近2亿农民带出了耕地，城市化有了迅速的发展，使我国城镇人口比例在2000年达到36.09％。但是，对农民来说，中国城市化进程中也存在一个愈来愈重的阴影，这就是城市工商业资本和技术增密排斥劳动的问题。在农村，是劳动替代资本投入，在城市，则是资本代替劳动投入。对城市而言，这是产业升级、竞争强化的表现；对农村而言，则是农民逐渐被排斥出城市就业市场。这次对农民的封锁，是由于国际资本及其技术标准所演化出来的制度的力量，主要是农民受教育不足。小生产被大生产取代，区域市场被大市场压缩，小城镇经济功能被大都市经济功能替代，资本密集结构挤垮劳动密集结构。
“十五”计划的第一条大计，是要加快城镇化步伐，并且已经列为国家的重大战略，列为农村经济的重大结构调整。建国50年，农业产值从85％降到17％，正在趋向15％。第二、三产业的产值上升到85％。但农业人口从1949年的85％降到现在的70％，只减了15％。过去85％的产值对85％的人口，这是基本吻合的。2030年中国人口高峰期大约是16亿左右的人口，我们按比过去速度增加一倍的水平来匡算，到2030年达到50％的城镇化率，8亿多人口变为城市人口，农村还有8亿多，人地关系紧张、土地承受人口过多的问题仍不能解决。而且每当我们加快城市化，都会造成土地大量减少。因此农村可能还是这样一个小农经济。
对“三农”问题，我们这样强调，中国的问题是农民的问题、农村的问题和农业的问题。21世纪是农民的问题，农民的问题主要表现为就业问题。按照国家统计公布的数据，现在农村劳动年龄人口是5个亿。在这个正式公布的劳动年龄人口基础之上，恐怕还得加个30％，因为还有半劳动力，这么算下来，农村的劳动力就有6个多亿。我们的农业按照现在的生产力条件大概需要1.5亿的劳动力，也就是说，还有将近5个亿的剩余劳动力。这怎么不是就业问题呢?以前我们主要靠乡镇企业，特别是80年代和90年代上半期。就算乡镇企业还有1.2亿的就业，农业有1.5亿的就业，一共才2.7亿。所以说21世纪中国的问题仍然是农民的问题，但农民的问题将主要表现为就业的问题。
一般讲农业经济科学，都是说在市场经济条件下，市场这只看不见的手对于农业的基本生产要素即土地、劳动力、资金的配置起调节作用。当某种要素投入的边际效益递减的时候，市场这只看不见的手会发挥作用。根据边际效益递减规律，假如土地要素的边际效益递减了，那么会有劳动力来替代它。假如劳动力的投入边际效益递减了，那么会有资金来替代它。市场这只看不见的手的作用就叫做“优化要素的配置”，或者叫“优化资源配置”。这是所有经济学理论的基础，当然农业经济科学也是这样认识的。但就我国农村经济来说，相对于劳动力的无限供给，任何其他要素都是价格昂贵的，因为劳动力可以不算钱。这个世界上没有任何地方可以让中国农村的劳动力被替代出去而到那里去。拿土地要素来说，我们的土地不可能增加，还在减少。每年非农占地几百万亩，再加上沙化、盐碱化的自然减损，比那个几百万亩还要多。人口增加，二元结构又不能打破，在这种情况下，农业生产连社会平均利润都产生不了，因为劳动力生产率是下降的，劳动力投入产出是负值，那就产生不出利润来。假如认定资金按一般的规律它至少要分享社会平均利润，那么，如果农业生产产生不了社会平均利润，资金就进不来。这三个要素怎么在现在这样一个农业经济科学理论框架之内来考虑它的市场配置?更何况我们相当多的资金并不仅仅只是要求一个社会平均利润，它大量进入资本市场是要拿超额利润的。在这样一种不规范的投资条件之下，怎么可能让农业增加投资?再加上如果投资增加了，而其他要素不能相应地去优化配置，那么会导致什么呢?只会导致成本上升。90年代以来，平均每年农业硬成本上涨10％。在这种情况下，怎么进行农产品贸易呢?所以我们不能简单的照搬农业经济科学的一般原理来解释我们的农村经济现象。
对三农问题，我们所有的办法大概只能瞄准一个目标，就是如何缓解人地关系高度紧张这个“基本国情矛盾”。如果我们的政策能够有效地缓解人地关系高度紧张的状况，就有可能给我国农业的发展带来一线希望。我国最基本的国策除了计划生育之外，还应该再加上一个就是“就业最大化”。无论上什么项目，只要能够带动就业，那就是好的项目。另外，应该为农民安排必要的保障。因为人地关系高度紧张，土地承担了双重功能，既是生产资料，又是农民的社会保障依据，社会保障基础，如果不能把土地所承载的对农民的保障功能剥离掉，那么这个土地就永远得按人分配，因为城市不可能短期内解决那么多人的就业问题，每增加一个农民，他没有其他的生活来源，只能依存土地生存。
50年的中国经济的发展，部分农民生活已经得到了很好的改善，现在问题集中在那些贫困地区或者是资源相对短缺的地区，这需要采取不同的政策，如对那些资源已经短缺到不足以维持农民生存的地方，很难寄希望于推动当地经济发展来解决问题，需要异地扶贫，或者是国家有目的地上一些大型的工程项目，来带动这些资源短缺地区的农民就业，以提高他们的生活水平；而在中部那些传统农业地区，就是以粮食生产、粮棉油生产为主的传统农业地区，则要通过改变现在的农村经济的结构来解决问题。
