分子层面对生物的研究，在个体水平上主要是看单个基因的变化以及全转录本的变化（RNA-seq）；在对个体的研究的基础上，开始了群体水平的研究。如果说常规的遗传学主要的研究对象是个体或者个体家系的话，那么群体遗传学则是主要研究由不同个体组成的群体的遗传规律。 在测序技术大力发展之前，对群体主要是依靠表型进行研究，如加拉巴哥群岛的13中鸟雀有着不同的喙，达尔文认为这是自然选择造成的后果 。达尔文的进化论对应的观点可以简单概括为“物竞天择，适者生存”，这也是最为大众所接受的一种进化学说。直到1968年，日本遗传学家提出了中性进化理论[2]，也叫中性演化理论。中性理论的提出很大程度上是基于分子生物化学的发展。可以这样理解中性理论：一群人抽奖，在没有内幕的情况下，每个人抽到一等奖的概率是相等的，这个可能性和参与抽奖的人的身高、年龄、爱好等因素都没有关系。中性理论常作为群体遗传研究中的假设理论（CK）来计算其他各种统计指标。 群体遗传学，研究的单位是群体，比如粳稻、籼稻、野生稻，就能够构成不同的群体；我们国内的各省份的水稻也可以作为一个个群体。 群体遗传学大概可以分为群体内的研究和群体间的研究。比如研究云南元阳的水稻的遗传多样性；如果研究是的云南元阳的水稻和东北的水稻，那就可以算成是群体间的研究。群体间和群体内的研究是相互的。 测序价格的急剧下降[3]使得大规模的群体测序得以实现。
常见的变异类型有SNP、IdDel、SV、CNV等。重测序中最关注的是SNP，其次是InDel。其他的几种结构变异的研究不是太多。
有参考基因组的物种的全基因组测序叫做重测序，没有参考基因组的物种的全基因组测序则需要从头组装。随着测序价格的降低，越来越多物种的参考基因组都已经测序组装完成。 plant genomes [4]网站实时显示全基因组测序已经完成的植物，其中2012年以后爆发式增长。在群体遗传学研究中更多的是有参考基因组的物种，尤其是模式物种，植物中常见的是拟南芥、水稻和玉米。
主要的分析流程见下图。现在的测序公司基本上都会帮客户完成整个的分析流程，因为主要耗费的资源是计算资源。我认为在整个分析的流程中最重要的是Linux目录的构建，混乱的目录会导致后续的分析频频出问题，重测序分析会生成很多的中间文件，良好的目录管理会使得项目分析流程井然有序。 该部分涉及到的软件的安装和基础的Linux基础知识就不详细说明了。
正选择似乎可以更好地用自然选择来解释。就是一个基因or位点能够使个体有着更强的生存力或者是育性，这样就会使得这个个体的后代更多，如此一来，这个基因or位点在群体中就越来越多。
正选择能够使有利的突变基因or位点在群体中得到传播，但是与此同时却降低了群体的多态性水平。也就是说原先该位点周围的核苷酸组成是多样性的，在经过正选择之后，这个位点周围核苷酸的多样性就渐渐的趋于同质化了。这就好比一块田，里面本来有水稻和稗草及其他杂草，由于稗草的适应性增强，稗草在逐渐增多，水稻慢慢变少，最后甚至是只剩下了稗草。 我们将这种选择之后多态性降低的情况叫做选择扫荡（Selective Sweep)。检测选择扫荡的软件有SweeD[7]。选择扫荡有可能是人工选择的结果，如2014年 Nature Genetics关于非洲栽培稻的文章就使用了SweeD来检测非洲栽培稻基因组上受人工选择的区域[8]。
负选择和正选择刚好是相反的。简单理解成群体中的某个个体出现了一个致命的突变，从而自己或者是后代从群体中被淘汰。这也导致群体中该位点的多态性的降低。就好比我有10株水稻，其中一株在成长过程中突然不见了，那么对我的这个小的水稻群体来说，这个消失的水稻的独有的位点在群体中就不见了，整体的多态性就降低了。
平衡选择指多个等位基因在一个群体的基因库中以高于遗传漂变预期的频率被保留，如杂合子优势。
平衡选择检测的算法有BetaScan2[10]，这是个Python脚本，输入文件只需要过滤好的SNP数据即可。
计算公式为： 其中 是有效群体大小， 是每个位点的突变速率。 但是群体大小往往是无法精确知道的，需要对其进行估计。
分离位点数 是 的估计值，表示相关基因在多序列比对中表现出多态性的位置。计算公式为： 其中 为分离位点数量，比如SNP数量。 为个体数量的倒数和：
指的是核苷酸多样性，值越大说明核苷酸多样性越高。通常用于衡量群体内的核苷酸多样性，也可以用来推演进化关系[11]。计算公式为： 可以理解成现在群体内两两求 ，再计算群体的均值。计算的软件最常见的是 vcftools ，也有对应的R包 PopGenome 。通常是选定有一定的基因组区域，设定好窗口大小，然后滑动窗口进行计算。 3KRGP文章就计算了水稻不同亚群间4号染色体部分区域上的 值[12]，能够看出控制水稻籽粒落粒性的基因 Sh4 位置多态性在所有的亚群中都降低了。说明这个基因在所有的亚群中都是受到选择的，这可能是人工选择的结果。
Tajima's D是日本学者Tajima Fumio 1989年提出的一种统计检验方法，用于检验DNA序列在演化过程中是否遵循中性演化模型[14]。计算公式为： D值大小有如下三种生物学意义：
叫固定分化指数，用于估计亚群间平均多态性大小与整个种群平均多态性大小的差异，反映的是群体结构的变化。其简单估计的计算公式为： 的取值范围是[0,1]。当 时，表明亚群间有着明显的种群分化。 在中性进化条件下， 的大小主要取决于遗传漂变和迁移等因素的影响。假设种群中的某个等位基因因为对特定的生境的适应度较高而经历适应性选择，那该基因的频率在种群中会升高，种群的分化水平增大，使得种群有着较高的 值。 值可以和GWAS的结果一起进行分析， 超过一定阈值的区域往往和GWAS筛选到的位点是一致的，如2018年棉花重测序的文章[15]：
ROD可以基于野生群体和驯化群体间核苷酸多态性参数 的差异识别选择型号，也可以测量驯化群体和野生型群体相比损失的多态性。计算公式为： 和 一样，ROD也可以和GWAS结合起来：
群体结构分析可以简单理解成采样测序的这些个体可以分成几个小组，以及给每个个体之间的远近关系是怎么样的。群体结构分析三剑客， 分别是 进化树 、 PCA 和 群体结构图 。
进化树就是将个体按照远近关系分别连接起来的图。
常用的绘图软件是 Phylip 和 Snpphylo 。进化树修饰的软件有 MEGA ， ggtree 等，推荐网页版工具 iTOL ，无比强大。 外群定根法：当群体的个体的差异很小时，可以引入其他物种作为根。如在对三叶草建树时可以引入水稻的序列作为根进行建树。
PCA是很常见的降维方法，如微生物研究中常用来检验样品分群情况。PCA计算的软件很多，plink可以直接用vcf文件计算PCA，R语言也可以进行PCA计算。
PCA图在群体重测序中有如下几种作用：
进化树和PCA能够看出来群体是不是分层的，但是无法知道群体分成几个群合适，也无法看出群体间的基因交流，更无法看出个体的混血程度。这时候就需要群体分层图了。
可以将进化树和群体分层图结合进行展示，如下图：
先了解下概念，此处借鉴基迪奥生物网站的解释[22]。 要理解 LD 衰减图，我们就必须先理解连锁不平衡（Linkage disequilibrium，LD）的概念。连锁不平衡是由两个名词构成，连锁 + 不平衡。前者，很容易让我们产生概念混淆；后者，让这个概念变得愈加晦涩。因此从一个类似的概念入手，大家可能更容易理解 LD 的概念，那就是基因的共表达。 基因的共表达，通常指的是两个基因的表达量呈现相关性。比较常见的例子就是：转录组因子和靶基因间的关系。因为转录因子对它的靶基因有正调控作用，所以转录因子的表达量提高会导致靶基因的表达量也上调，两者往往存在正相关关系。这个正相关关系，可以使用相关系数 来度量，这个数值在 - 1~1 之间。总而言之，相关性可以理解为两个元素共同变化，步调一致。 类似的，连锁不平衡（LD）就是度量两个分子标记的基因型变化是否步调一致，存在相关性的指标。如果两个 SNP 标记位置相邻，那么在群体中也会呈现基因型步调一致的情况。比如有两个基因座，分别对应 A/a 和 B/b 两种等位基因。如果两个基因座是相关的，我们将会看到某些基因型往往共同遗传，即某些单倍型的频率会高于期望值。 参照王荣焕等[23]的方法进行LD参数计算：
随着标记间的距离增加，平均的LD程度将降低，呈现出衰减状态，这种情况叫LD衰减。LD衰减分析的作用：
GWAS(genome-wide association study)，全基因组关联分析，常用在医学和农学领域。简单理解成将SNP等遗传标记和表型数据进行关联分析，检测和表型相关的位点，然后再倒回去找到对应的基因，研究其对表型的影响。这些被研究的表型在医学上常常是疾病的表型；在农学上常常是受关注的农艺性状，比如水稻的株高、产量、穗粒数等。GWAS思想首次提出是在心肌梗塞的治疗上[24]，首次应用是在2005年的文章上[25]。
目前使用最广泛的模型是混合线性模型[26]：
所有的参数软件（如Emmax）会自动完成计算。
GWAS结果文件通常只有两个图，一个是曼哈顿图，另外一个是Q-Q图。一般是先看Q-Q图，如果Q-Q正常，曼哈顿图的结果才有意义。
MSMC（multiple sequentially Markovian coalescent）[27]，底层算法很复杂，类似于PSMC。MSMC的主要功能是推断有效群体大小和群体分离历史。
这样看起来更直观：
LAMP(Local Ancestry in Admixed Populations，混杂群体的局部族源推断)，用于推断采用聚类的方法假设同时检测的位点间不存在重组情况，对每组相邻的 SNP 进行检测分析[28]，在运算速度和推断准确度上都有了质的飞跃。
用于推断群体分离和混合[29]。图是这样的：
测序方案关系到后续的分析，不同的样本量对应不同的测序方法和分析方法。
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radiology; body height; cervical vertebrae; linear model 2.7正文 2.7.1 医学名词和缩写 以科学出版社出版的《医学名词》和相关学科的名词为准，暂未公布者仍以人民卫生出版社编的《英汉医学词汇》为准。中文药物名称应使用《中华人民共和国药典》或卫生部药典委员会编辑的《药名词汇》 (非法定药物)中的名称，英文药物名称则采用国际非专利药名，不用商品名。非公知公用的缩写第一次在摘要和正文中出现时应以以下方式描述：中文全称（英文全称，缩写）。 2.7.2 标题 研究类文章一般分为“引言”、“材料和方法”、“结果”、“讨论”4个部分；个案报道一般分为“案例”和“讨论”两部分。各部分以下层次的标题应简短明确。标题要有标题名。采用四级标题，顶格排序，引言不排序。一级标题用1，2，…，排序；二级标题用1.1，1.2，…，排序；三级标题用1.1.1，1.1.2，…，排序；四级标题用1.1.1.1， 1.1.1.2 …，排序。其后用（1），（2）…，可无标题名，连续表述。 2.7.3 图 文中插图应具有自明性，要有图序和图题。显微照片应注明染色方法和放大倍数。线图和点图作图要规范，实验点要简明、准确、大小适宜、线条均匀、图中文字、符号、坐标的标值及标值线必须清晰。标目采用国家规范的物理量，物理量要列出名称、符号和单位符号。图的内容切忌与表格和文字内容重复。 2.7.4 表 采用“三线表”，必要时可加辅助线。表题和表中文字尽量使用中文，可按本刊规定使用符号和缩写。三线表具备要素表序、表题、表身、表注(必要时)。全文有1个表，表序写作“表1”。表内栏目为物理量时，应列出物理量的名称、符号和单位，例：时间 t/min；浓度 cB/（mol·L-1）。表中的单位等内容一致时，可将其用圆括号标注在表题下方表的右上端，例：（n=8，x±s）。表中数据小数点对齐或加减号对齐。表注置表下方，采用1），2）…形式，不用*、#、△、★等符号。 2.7.5 数学、物理、化学式 应编排序号，序号标注于该式所在行的最右边。圆括号形式。较长的式子在运算符号（+，-，×，÷， >，<，=）处转行，关系符号留在行末。不能在∑，∏，∫，dx/dt等这类符号后转行。 2.8 执行专项标准中注意的问题 2.8.1 标点符号 执行 GB/T 15834-1995《标点符号用法》。 注意不可出现冒号套冒号的情况，如：“病理诊断：脑：淤血、水肿；肺…”。不可将冒号（：）与比号（∶）混用。正确使用连接号，例：CAJ-CD；1 000～1 500 kg，1998—2006年。 2.8.2数字用法 执行GB/T 15835-1995《出版物上数字用法的规定》和GB 8170-87 《数值修约规则》。 凡是可以使用阿拉伯数字且得体的地方，均应使用阿拉伯数字。公历世纪、年代、年、月、日和时间，必须用阿拉伯数字。定型的词、词组、惯用语、缩略语、修辞语句、概数的临近数字、中国干支纪年和夏历月日、含月日表示时间和节日的词组、无统计意义的用汉字。数字的小数点前后，每3位一组，组间空1/4汉字空。参数和偏差范围的正确表示举例如下：（1）数值范围 5～10，3×103～8×103；（2）百分数范围 20%～30%,（30±5）%；（3）具有相同单位的量值范围 1.5～3.6mA；（4）偏差范围 （25±1）℃；（5）带尺寸单位的数值相乘 3 cm×4 cm×5 cm。 2.8.3 统计学符号 执行GB/T 3358.1～3358.3-93 《统计学术语》。 常用相应术语及符号示例：样本量 n； 样本观测值 x，y； 样本均值 x；样本相关系数 r； 样本复相关系数R；样本标准差 s；样本方差 S2； t检验 t； F检验 F； χ2分布 χ2； 自由度 v； 概率 P。 2.8.4 量和单位 执行国家标准GB3100-1993，GB3101-1993，GB3102（1～13）-1993《量和单位》的规定，正确使用量和单位的名称与符号。量符号以斜体字母表示（pH用正体除外），单位符号一律以正体字母表示。 例：血压计量单位为 kPa；时间单位为 s、min、h、d；质量单位为 kg；重量单位为 N； 分子质量单位 为 u；旋转速度正确的表示为：“离心半径10 cm,1 000 r/min,离心5 min”或“1 000×g离心10 min”； B的浓度 cB单位为mol/L、mmol/L等。质量浓度ρ单位为kg/L，g/L、mg/L等。 2.9参考文献 按照GB/T《文后参考文献著录规则》的规定,采用顺序编码制。著者为1～3位时全部写出,人名中间加逗号，3位以上时只列出前3位,后加“等”或“et al.”。中文期刊用全名,西文按《医学文献索引》(Index Medicus)格式缩写。 2.9.1参考文献标注法 （1）本刊正文中引用文献的标注方法采用顺序编码制, 即按文章正文部分引用的文献出现的先后顺序连续编码, 用阿拉伯数字加方括号标出。根据情况可按下述3 种格式之一标注。 薛社普,等[1]指出棉酚从体内排泄缓慢。 棉酚对人类的抗生育效果达99%[1-2,4]。 cAMP 含量测定方法见文献[1]。 （2）图中引用参考文献,按其在全文中出现的次序编号,标注写在图的说明和注释中,图中不应出现引文标注。 （3）表中引用参考文献,按其在全文中出现的次序编号,在表注中依次标注; 若必须在表中标注,可采用另列一栏并将引文 序码置于方括号中,以避免与表中其他数字相混淆。 2.9.2 文后参考文献类型 根据GB 3469规定，以单字母方式标识以下各种参考文献类型：普通图书-M,会议论文-C,报纸文章-N,期刊文章-J,学位论文-D,报告-R,标准-S,专利-P,汇编-G,参考工具-K,其他-Z。 对于数据库、计算机程序及电子公告等电子文献类型的参考文献，以双字母作为标志：数据库-DB，计算机程序-CP，电子公告-EB。 对于非纸张型载体的电子文献，采用双字母表示电子文献载体类型：磁带-MT，磁盘-DK，光盘-CD，联机网络-OL，并以[文献类型标志/载体类型标志]表示包括了文献载体类型的参考文献类型标志。例： [M/CD]—光盘图书；[DB/MT]—磁带数据库；[CP/DK]—磁盘软件；[J/OL]—网上期刊；[DB/OL]—网上数据库；[EB/OL]—网上电子公告。以纸张为载体的传统文献在引做参考文献时不必注明其载体类型。
刊名 级别 刊期 发表周期
《医学信息上》 国家级 旬刊 3个月左右
《医学信息下》 国家级 旬刊 2个月左右
《中国社区医师》 国家级 旬刊 3-4个月
《按摩与康复医学》 国家级 旬刊 1-2个月
《内蒙古中医药》 省级 半月刊 2-3个月
《健康必读》 省级 月刊 20之前当月
《中外健康文摘》 国家级 旬刊 2-3个月
《临床合理用药》 省级 半月刊 1-2个月
《中外妇儿健康》 省级 月刊 2-3个月
《实用心脑肺血管病》 省级 月刊 2-3个月
《中国民族民间医药》 省级 半月刊 2-3个月
《中国医药指南》* 国家级 半月刊 1-2个月
《中国卫生产业》 国家级 月刊 1-2个月
《健康研究》 省级 双月刊 2-3个月
《医药前沿》 省级 半月刊 2-3个月
《检验医学与临床》 省级 半月刊
《中国伤残医学》* 国家级 双月刊 2-3月
《亚太传统医药》 国家级（不收护理） 月刊 4个月
《上海医药》* 省级 月刊 3-4个月
《北方药学》 省级 月刊
《哈尔滨医药》 省级 月刊 5-6个月
《中国医学工程》 国家级 月刊 1-2个月
一、济宁医学院教务处登录入口 济宁医学院教务处登录入口为 ，学生可以复制该网址到浏览器地址进入登录页面。
二、济宁医学院简介
济宁医学院创建于1952年，是山东省属普通本科高等医科院校。学校现有济宁太白湖校区、任城校区和日照校区，占地总面积115万平方米，建筑面积67万平方米，与济宁国家高新区共建教学科技园。学校固定资产总值17.3亿元，其中教学科研仪器设备总值2.5亿元，馆藏图书总量为360余万册。
学校建有2所直属附属医院，17所非隶属附属医院，170余个实践教学医院。济宁医学院附属医院为山东省区域医疗中心，固定资产总值20亿元，编制床位3100张，通过国际医院信息化（HIMSS）六级认证。附属山东省精神卫生中心为山东省唯一一家省级三级甲等精神卫生专科医院，编制床位750张。学校建有山东省医学院校唯一一个省高校司法鉴定中心，并通过国家实验认证和资质认定二合一评审。
学校现有教职工6165人。有国家级和省级教学名师、优秀教师、“泰山学者”海外特聘专家、享受国务院政府特殊津贴专家、劳动模范、五一劳动奖章获得者、有突出贡献的中青年专家等90余人；有中华医学会行为医学分会主任委员、中国行为医学领域首席科学传播专家、“国际行为医学会终身成就奖”获得者、山东省法医专业委员会主任委员、山东省医学会行为医学分会主任委员、教育部教学指导委员会委员等8人；有博士、硕士研究生导师170余人。
学校面向全国28个省（市、区）招生。现有全日制在校生16732人。普通本专科毕业生就业率保持在96 %以上，研究生考取率位于同类院校前列。
学校有基础医学院、临床医学院等19个教学单位，设有临床医学、预防医学、法医学等33个本科专业，已形成以医学教育为主体，涵盖医、理、工、管、文五个学科门类，本科教育、研究生教育、继续教育、留学生教育、中外合作办学协调发展的多层次办学格局。
学校有国家级特色专业建设点、综合改革试点项目、卓越医生教育培养计划4项；省级特色专业、应用型人才培养专业发展支持计划项目、高水平应用型重点建设专业、卓越工程师教育培养计划等项目12项；有国家级示范中心、国际合作实验室4个；省级重点学科和重点实验室、实验教学示范中心、人才培养模式创新实验区、教学团队等23个；国家级精品课程、精品资源共享课、省级精品课程等34门；拥有临床医学硕士专业学位授权点。
中华医学会行为医学分会和山东省行为医学专业委员会挂靠学校，主办《中华行为医学与脑科学杂志》《中华诊断学电子杂志》《精神医学杂志》和《济宁医学院学报》，均向国内外公开发行。《中华行为医学与脑科学杂志》为中国权威学术期刊，名列基础医学类期刊第一名，并入选“中国科协精品科技期刊工程项目”。
学校坚持“为国家育人才，为大众谋健康”的办学宗旨，秉承“明德、仁爱、博学、至善”的校训，弘扬“求精、求是”的校风，薪火相传，矢志不渝，不懈奋斗，形成了“诲人不倦”的教风和“学而不厌”的学风。紧紧围绕建设“特色鲜明、国内知名的应用型现代医药科技大学”的宏伟目标，致力于培养“品德高尚、业务精湛、身心健康”的应用型人才，为国家和社会输送了大批专门人才。
医学论文在哪个网站查介绍如下：
知网：国内最大文献库，涉及学科全面。
万方医学网：网拥有220多种中文独家医学期刊全文、1000多种中文医学期刊全文、4100多种国外医学期刊文摘（全文以电子邮件原文传递方式获得，核心期刊全部收齐）包括中华医学会、中国医师协的文献。
中国生物医学文献数据库（CBM）：学科涉及基础医学、临床医学、预防医学、药学、中医学以及中药学等生物医学领域的各个方面，是目前国内医学文献的重要检索工具。
PubMed ：是一个提供生物医学方面的论文搜寻以及摘要，并且免费搜寻的数据库。PubMed 的资讯并不包括期刊论文的全文，但可能提供指向全文提供者（付费或免费）的链接。
seek68：中外文献汇总，覆盖领域全面涵盖大量医学数据库。
Embase：是爱思唯尔（Elsevier）推出的针对生物医学和药理学领域信息所提供的基于网络的数据检索服务。内容涉及药学、临床医学、基础医学、预防医学、法医学和生物医学工程等。除了可以检索丰富的医学文献外，还支持药物和疾病检索。
The Cochrane Library(考克兰图书馆)：是the Cochrane Collaboration 的主要产品，汇集了关于医疗保健治疗和干预有效性的研究。它是循证医学的黄金标准，并且提供有关最新医疗的最客观信息。
ClinicalKey临床精钥：是信息分析公司爱思唯尔（Elsevier）推出的一个临床决策支持工具，帮助医生快速获取准确、简洁、世界前沿的循证医学知识。ClinicalKey拥有全球最大的医学信息资源库，涵盖所有医学专科。
Karger医学电子期刊：是由瑞士Karger出版社出版，每年出版约80余种高质量的学术期刊，大部分以英文出版，内容涵盖了整个生物医学领域，包括传统医学以及最新的医学热门课题。
