如果你的参考文献格式正确那么系统会自动识别并且剔除不参与正文查重。参考文献标红就说明你的格式有误。系统把你的参考文献当正文来对比查重了。
如果是paperpass、维普、turnitin之类的系统，检测步骤是“在网页粘贴全文内容”，报告上参考文献显示重复这种情况，几乎改不了，认栽吧... 或者可以调换下参考文献顺序，比如把[1]和[2]文献对换，[3]和[4]文献对换，依此类推。这样有几率逃过查重，不过这样的坏处是和原文引用处就不对应了，不过说句实话...没人在意是不是对应...如果是知网，参考文献标红是完全可以避免的。因为知网检测是上传整篇文档，知网系统会识别格式的，参考文献重复了只能证明你格式错误！
先贴上网络到处流传的设置方法，大家先做个初步自查：（参考来源：《知网查重如何正确标明引用》）
1. 有明显的“参考文献”标记，参考文献4个字独占一行，下面是各个参考文献条目；
2. 每个参考文献有明显的标号，标号可以是以下任意一种：【Num】、[Num]、(Num)；
3. 标号可以是Word自动生成也可以手工书写；
4. 标号内不要添加标点符号，例如：不要[Num.]或(Num、)等；
5. 每个参考文献中最好有时间信息或者URL或《》书目信息；
6. 一条参考文献内及在此条参考文献没有结束时不要有手动换行或者回车符（即顺其自然，满行后会自动换行，请勿人为！）
嗯，总结得很好，但上图还是重复了怎么回事？因为没有提到一些更加重要的潜规则：
1.“参考文献”四个字设置为标题格式。
2.所有标点必须是英文格式，例如,.()[]。书名号《》基本可以直接删除
3.不要出现年月日，直接删掉即可。例如2015年5月 改为 2015.05
4.文献内容的顺序要正确。正确格式：[1]张庆洪,何清方.机动车辆保险[M].北京:机械工业出版社,2016,65.作者与作者之间是逗号，作者列完后是句号，记得是英文标点！
接着是参考文章标题→文章类型→期刊/出版社→出版年份→页码（期刊需要）其中文章类型期刊[J]，图书[M]，硕士论文[D]。
当然，知网查重时只会在意你格式对不对，而不会智能到识别你是否标错了J/M/D或作者/题目之类的细节。做到以上这些，参考文献99.9%不会再重复。该文“知网查重时参考文献被标红怎么办”由学术不端网总结，仅供那些参考文献按照网络的一些知网检测系统识别标准撰写后一样还是被知网查重标红的同学去参考，希望对同学们有所帮助，同学们可以多尝试总结。参考实践过程中一切问题本作者概不负责哦，继续探索中.....
不可以，对于维普网论文检测系统红色也是代表重复，鼠标可以点击，点击后右侧会显示重复来源，一般会给出很多条来源，来增加结果的可信度。
pdf格式论文检测脚注被标红的一般原因都是因为论文查重。
一、为什么论文查重时脚注都标红？
一般来说，系统可以识别脚注，将其视为引用，不参与查重，不做红色标记。但如果查重时提交的是PDF版本。因PDF无法识别脚注格式，会被当作正文查重。pdf格式解析中的错误会导致检测结果不准确。此外，系统无法识别wps制作的文档。
二、脚注查重被标红应该怎么办？
如果只是因为上传版本问题的话，那么上传时最好可以先将pdf格式的文档转换成word，然后上传进行查重。但如果一定有要求必须提交PDF版本的话怎么办呢？有修改空间的正常改。没有修改空间的部分删除、部分保留、部分挪到文末的参考文献。
三、脚注标红能如何修改？
如果学校要求查重率20%以内，又要求使用PDF测论文，而你论文的脚注已经占全文的重复率的10%以上，那删除部分脚注是必要的。但不能全删，全删你的导师、答辩组和盲审团都不会同意。所以要适当的保留或者挪到文末参考文献中。注：在删除脚注后，原文中的内容需要将直接引用改为间接引用。
一般连续重复13字算重复，要是一句话 一个片段有一半以上字数相同不连续也会相似度较高的，标红建议修改，只需修改标红的部分，其他没标红的尽量不要修改，重复部分要完全用个人语言去重新组织表达，只是替换同义词和打乱顺序是不佳的。
系统检测重复和你是否标注了引用是没有关系，不管标没有标注参考文献引用都是要检测的，检测系统不区分您是不是标注为引用，统统列出来。如果标注为引用就排除，那检测就没任何意义，大家随便抄，想抄多少就抄多少，只要标注引用就可以，用率不能等同于抄袭率，不能作为判断是否抄袭的依据，仅反映引用部分占整个论文的比重，但引用率过高将可能是引用过度，该行为亦是学术不端的一种。具体标准得参考学校或单位的要求。
维普查重注意事项
需要注意维普查重系统这检测中对文档格式做了说明，官网说这样写的，支持文档格式：WORD文件（.doc .docx）、文本文件（.txt）、PDF文件（.pdf）。虽然系统给出了可以上传pdf，但多种论文查重系统对该格式解析过程多少会有差异，影响检测结果准确性。
除了直接上传文档外，维普查重系统也可以复制粘帖，把word中的全部内容粘帖到检测框，和前一种方式比较，粘帖后文中的图片会不显示，表格也去除了格式，只显示表中的文本，维普查重系统已经支持图片和表格检测，并这检测结果中完整显示，方便修改和降重。
以上内容参考 维普查重-维普论文检测官网
