保密的一般是与涉密项目有关的论文，即常规涉密内容，如：涉密的国家自然科学基金项目（以下简称“国自然”）、涉密的国家重大社会科学基金项目等；或者是其他涉密内容，如：涉密的国家重点实验室、涉密的军事院校等。
其中，涉密项目一般都有保密期，国自然一般保密期是3-5年，也有更长的，随项目时间顺延，在保密期过后会随当年硕、博士论文一同录入知网；如果是其他涉密内容，则可能只在内网交流，公开时间另行规定（或有限公开、甚至不公开）。
过了保密期后才会在网上公开，也就是说还在保密期的论文是查不到的，自然就不会和保密期的论文查重了。
应该会的，保密只针对的是读者，查重的范围是知网的数据库。不过如果不是知网的检测软件那就查不出来
当然啊，为了保证文章的原创性，在确定了文章的合适性之后就是要查重，而且每个出版社要求的查重率也不一样的，建议先咨询一下编辑，汉斯的期刊投稿可以咨询在线编辑
