1、已发表的论文，属于在先公开的内容，特别是如果上网了的话，这里面的内容就不能用来再申请专利了，属于丧失新颖性了，这里的关键就是，你的博士论文是否公开了，是否上网了
2、你的博士研究内容，其知识产权的归属是否属于你个人，是值得商榷的，也就是谁能把你的内容申请专利，是你个人，还是你们学校；一般来说，这个属于职务发明的范畴，你的研究是受到学校资金、设施、设备的资助的，你并不享有独立的知识产权
综上所述，你的论文只要没有公开上网，你就能拿来申请专利，当然最好是你作为发明人，申请人是学校，这样能确保没有纠纷
可以的，先提交专利申请，因为你文章还没写作发表，所以查新不会查到你自己的文章，然后你再写论文即可，不过一般毕业论文收入到知网都要1、2年，即使你先写再发表也没什么问题。
和参考文献一样引用，只是引用格式不一样，比如一个专利：【1】马XX. 一种XXXXXXXXXXXXXXXXX装置:, CNXXXXX[P]. 2007.
第一 论文是版权，也叫著作权。但不是专利权
第二 严格按照法律，论文版权属于作者
第三 学生不要和学校讲法律，认真你就杯具了
