查重系统会对论文中所有信息进行查重，如果用户在待检测论文中放入参考文献，那么参考文献部分也会被查重，反之则不会查重。而论文中是否需要放入参考文献进行检测需要学生查看学校的查重要求，如学校要求论文查重时放入参考文献内容，那么学生在查重时也需要放入参考文献部分，保证查重结果一致，如学校要求只检测正文，那么学生在查重时需自行删除其它部分，只留正文部分进行检测即可。
参考文献被标记为红色并不意味着参考文献被重复使用，而是意味着所提交论文的格式没有标准化和不准确。主要出现的问题还是因为所参考的相关文献的格式没有使用正确的格式。不正确的格式会使本来不需要参与查重检测的参考相关文献部分，被错误的识别以至于和正文一同参与到论文查重检测中。所以说，我们一定要对参考相关文献的写作的格式一定要规范使用。
论文的参考文献不会被列入论文查重的范围，但是如果我们的参考文献格式错误，就会出现参考文献标红的情况，所以大家在撰写论文的时候要注意参考文献的格式，避免参考文献标红。
可以放的，查重系统会识别参考文献，参考文献不参与查重。其他格式内容也是不参与查重的。
论文查重有的内容不查，有的内容查重，具体如下：
不查的内容包括：封面，授权声明，原创声明，目录，脚注，尾注，参考文献。
查重的内容包括：中英文摘要，绪论，引言，综述，正文，致谢，附录。
不查不代表不会查重，如果排版格式不规范，导致系统不能识别查重内容，不该查重的会被查重，这样查重结果就不准了。注意排版格式要规范正确。
