查重系统会对论文中所有信息进行查重，如果用户在待检测论文中放入参考文献，那么参考文献部分也会被查重，反之则不会查重。而论文中是否需要放入参考文献进行检测需要学生查看学校的查重要求，如学校要求论文查重时放入参考文献内容，那么学生在查重时也需要放入参考文献部分，保证查重结果一致，如学校要求只检测正文，那么学生在查重时需自行删除其它部分，只留正文部分进行检测即可。
参考文献被标记为红色并不意味着参考文献被重复使用，而是意味着所提交论文的格式没有标准化和不准确。主要出现的问题还是因为所参考的相关文献的格式没有使用正确的格式。不正确的格式会使本来不需要参与查重检测的参考相关文献部分，被错误的识别以至于和正文一同参与到论文查重检测中。所以说，我们一定要对参考相关文献的写作的格式一定要规范使用。
论文的参考文献不会被列入论文查重的范围，但是如果我们的参考文献格式错误，就会出现参考文献标红的情况，所以大家在撰写论文的时候要注意参考文献的格式，避免参考文献标红。
一般情况下一篇论文主要包括：封面、扉页、原创性说明、摘要、英文摘要、图标及公式说明、论文正文、参考文献、附录、研究成果、致谢等。目前高校多数使用知网论文查重、维普查重、万方查重等，按照各个学院上交论文要求至查重系统，最终以各个学校的要求为准。
