主要有以下几种原因：
1.无学术编辑愿意处理，稿件拒稿
如果学术编辑最近真的很忙，即使这个稿件适合自己处理，也可以拒绝处理。另外，这样的稿件不在自己的熟悉领域内，也可以拒稿处理该稿件。对于一篇学术论文，即使写得最好，如果编辑部联系了好几个学术编辑，都没有人愿意处理，编辑部会认为这篇学术论文不在期刊规定的内容内，并作出拒稿决定。
2.直接被学术编辑拒稿
这个是可以的，而且好的期刊直接拒稿率非常的高。直接拒稿的原因很多。第一条，稿件质量差。对于这样的稿件，要求严一点的编辑会直接拒稿的。第二条，类似的稿件很多。一个学术期刊，不可能只发表一个研究方向的内容。如果同一时间段类似的论文投了很多，编辑很有可能直接拒掉一部分。第三条，论文不符合期刊的范围。对于这样的拒稿，申诉的机会都没有。当然最后应该能够有一个期刊录用的。
3.看外审建议后拒稿
通常情况下，编辑安排外审了，说明编辑对论文的初印象还不错。当外审建议回来之后，学术编辑会根据外审意见重新作出自己的判断。理论上讲，好的学术编辑只会参考审稿人的建议，而不会完全按照审稿人的意见作出最终决定。当然，如果有外审意见都非常差，直接了当拒稿。
然而，如果两个审稿人都要求Major Revision，这个时候就取决于目前向该期刊投稿的稿件数量了。如果稿件数量庞大，学术编辑认为比这篇稿件优秀的稿件太多，也可以作出拒稿的决定。然而，由于审稿人写的“正面评论”会让很多作者不服，也因此，有时候他们会删掉那些积极的评论，而只给作者负面的评论。不是你的论文不好，而是你的论文没有其他人的优秀。对于优秀的期刊，论文都是“优中选优”的。
可以试想，Nature、Science的稿件录用率只有5%左右，然而鼓着勇气向这些期刊投稿的作者基本上都认为自己的结果是非常好的。但是，又有谁抱怨这些期刊要求高呢?
4. 审稿人审稿时不够公正所致拒稿（更多发表经验请点击注册名）
审稿人有时也会犯错误，并非源于专业知识，而是因为有些时候期刊的编辑找的审稿人未必是作者这个领域的专家。即便他们的审稿意见看似不够专业，我们也要礼貌地申辩。如果作者对否定有异议，可以向编辑或主编提出自己的意见。只要自己是正确的就应该坚持，这就是学术本身的意义所在。在回复中要委婉地表达自己的意见。如果编辑同意作者的意见，论文可以重新进入到新的一轮审稿程度。
1、选择其他渠道投稿。拒稿原因分有很多种，首先是没有通过外审。这通常是因为论文文稿不佳或者是不符合期刊的类型。如果是质量不佳那就可以尝试更低影响因子的期刊投稿，通常会回复“很抱歉，本刊物录用率在10%-25%左右，您的稿件不能被录用”而拒稿。而如果是不符合期刊类型，那可以选择合适的其他期刊进行投稿。
2、对于数据分析有缺陷的不妨将论文放一放，等找到更靠谱的数据支撑或有了更加清晰的结论后再补充进去，这样你的论文就焕然一新了，再投稿被受理的机会会很大。
3、修改论文结构。结构是论文的组织安排，其好坏程度直接关系到论文表达结果，所以整篇文章一定要做好布局和安排。开头、结尾、段落划分、内容衔接是否顺畅等一定要注意，确保通篇是一个完整的严密整体。
论文还没被录用就得提交保密证明是该论文有保密文件内容。不是所有的期刊都要求，只有设计到需要保密的文件或者期刊才需要保密审查证明，毕业论文的一些数据、研究成果等还没有公开发表，需要保密。
