查重系统会对论文中所有信息进行查重，如果用户在待检测论文中放入参考文献，那么参考文献部分也会被查重，反之则不会查重。而论文中是否需要放入参考文献进行检测需要学生查看学校的查重要求，如学校要求论文查重时放入参考文献内容，那么学生在查重时也需要放入参考文献部分，保证查重结果一致，如学校要求只检测正文，那么学生在查重时需自行删除其它部分，只留正文部分进行检测即可。
参考文献被标记为红色并不意味着参考文献被重复使用，而是意味着所提交论文的格式没有标准化和不准确。主要出现的问题还是因为所参考的相关文献的格式没有使用正确的格式。不正确的格式会使本来不需要参与查重检测的参考相关文献部分，被错误的识别以至于和正文一同参与到论文查重检测中。所以说，我们一定要对参考相关文献的写作的格式一定要规范使用。
论文的参考文献不会被列入论文查重的范围，但是如果我们的参考文献格式错误，就会出现参考文献标红的情况，所以大家在撰写论文的时候要注意参考文献的格式，避免参考文献标红。
论文查重不检测论文封面、目录、参考文献、引用等内容的。因为参考文献是你在写论文的过程当中参考其中的一些论据，但是论文查重只是用来查找你论文的重复率是多少，一般重复率过高的话是不能通过论文答辩的。
论文常用来指进行各个学术领域的研究和描述学术研究成果的文章，简称之为论文。它既是探讨问题进行学术研究的一种手段，又是描述学术研究成果进行学术交流的一种工具。它包括学年论文、毕业论文、学位论文、科技论文、成果论文等。
自愿登记制度：
论文著作权实行自愿登记，论文不论是否登记，作者或其他著作权人依法取得的著作权不受影响。我国实行作品自愿登记制度的在于维护作者或其他著作权人和作品使用者的合法权益，有助于解决因著作权归属造成的著作权纠纷，并为解决著作权纠纷提供初步证据。
发表论文作用
论文 是指进行各个学术领域在经过研究后描述学术研究成果的文章。它既是对研究的学术问题进行探讨的一种手段，又是对学术研究成果进行交流的一种工具。不同的人发表论文的作用也不同：
1、评职称（晋升职称）：研究生毕业需要；教师、医护人员、科研院所的人员、企业员工等晋升高一级的职称时，发表期刊论文是作为一项必须的参考指标。
2、申报基金、课题：教育、科技、卫生系统 每年申报的国家自然科学基金项目、其它各种基金项目、各种研究课题时，发表论文是作为基金或课题完成的一种研究成果的结论性展示。
3、世界性基础领域的研究，比如在医学、数学、物理、化学、生命科学等领域开展的基础性研究，公开发表论文是对最新科技科学研究成果、研究方法的一种展示和报道。以推动整个社会的科技进步等。
参考文献不查重。一般参考文献需要进行标注，放在正文后面，但是，如果学校需要查重论文的参考文献，那么在检测论文时，一起上传到论文查重系统进行重复检测就足够了。
但是写论文的时候一定要注意参考文献的格式。如果格式不正确，查重系统不会自动检测出来，所以会作为查重的正文部分来检测。
论文查重注意事项：
1、学校会统一进行查重
很多大学考试时对论文比较严格，对论文查重的要求很严格，所以学生为了通过学校的认可都要进行查重，这样做是正确的，但是怎样对论文进行检测呢，高校学生一般都会有自己规定的论文检测系统，学生可以了解学校需要进行论文查重的部分，这样你就不用花一大笔钱，就能得到校方一致认可的结果。
2、通过其他渠道查重
假如我们高校的学生没有办法多次进行免费论文查重，此时学校为了能提高教学论文的质量，还是会有很多人到查重网站外面去找查重网站，这样的心理可以理解，但是不能自己选择一些免费的查重网站，这样才能提高教学论文的质量。
不算参与查重的。
格式正确的情况下，参考文献是不参与查重的，不会被标红，也就是不算重复的。
但是知网根据参考文献来判别引用，也就是说如果你的检测论文没有包含参考文献，那么知网就不会判为引用。相较于这点，维普做得比较人性化，其引用识别功能深受广大论文写作者的欢迎。
