如果因为论文的格式出现了错误从而导致论文查重系统无法准确的识别到正确格式，可能会错误地把论文中非正文的内容，其中包含目录、参考文献等内容都误以为是正文部分进行检测，这样重复率就可能会受到影响。如果这些部分被判断为重复的话，那么我们的毕业论文的重复率肯定会增加很多很多，这样也会导致我们的论文格式出现一系列的问题。
一般来说论文格式是会影响到重复率的，如果引用格式错误，会导致知网查重系统无法识别出引用部分，并会计算引用部分的重复率；如果目录格式错误，也会导致知网查重系统对目录部分进行检测；如果内容格式排版错误，在审核老师检测环节中可能会被发现错误所在，严重的会影响论文最终评分。因此论文格式十分重要，建议学生在写作论文之前，仔细查看学校公布的格式要求。
如果论文的格式不正确，那么在我们查重论文的时候会对我们的论文查重率影响特别大。比如论文中有一些不需要查重的部分，如果在写这些部分的时候，格式是不对的，系统又不能识别出来，那么在查重时论文查重系统就可能会把这些部分的内容当作是论文的正文来查重，那么自己论文的查重率就会有大幅度的升高。所以说论文的格式会影响到论文的查重的，所以写论文的时候论文的格式也是非常重要的，是不可忽视的。
在写毕业论文之前，最好去学校网站看一看有关论文写作的通知，上面会有详细的论文写作说明，主要涉及论文内容、格式和重复率要求。那么，我们在提交论文进行查重的时候，会有格式要求吗？
学校所规定的论文文件的格式基本上都是Word格式，所以大家把论文上传到查重系统时，最好是用Word格式，这样查重系统在识别论文内容时不易出错，同时也能让查重结果更加准确。尽管有论文查重系统支持多种文档格式，如PDF、TXT等，但查重系统无法100%准确地识别这些文档的内容。如PDF格式的文件，会增加查重系统的识别困难，查重系统需要将图片转化为可识别的文本内容，从而对其进行检测，这个过程可能会产生较大的误差，甚至造成乱码，影响查重结果，所以在进行查重的时候，还是有很多需要进行检测的。
查重时，最好是提交Word文档，因为查重系统比较容易识别Word文档，这样查重系统能准确地识别论文的各个部分，排除不需要进行查重的部分，查重结果自然比其他格式的文档要准确一些。
例如，在一篇论文中，目录、脚注、尾注、参考文献和图片等通常不会被检测到计算重复率，目录部分可以在Word文档中自动生成，脚注尾注和参考文献部分被指定使用特定的符号，而引用他人著作内容的参考文献也需要在论文结尾以规范的格式标识展示，而图片本身则有特定的格式。
可见，查重工作是有格式要求的，查重系统会根据论文的格式进行重复率检测，这也是查重系统的一种原则。
一般情况下一篇论文主要包括：封面、扉页、原创性说明、摘要、英文摘要、图标及公式说明、论文正文、参考文献、附录、研究成果、致谢等。目前高校多数使用知网论文查重、维普查重、万方查重等，按照各个学院上交论文要求至查重系统，最终以各个学校的要求为准。
格式排版不标准会导致查重不能识别格式，不该参与查重的会参与查重，导致结果不准确。
现在论文查重软件都会识别排版格式，一些不必要的内容不会参与查重，但是如果格式不规范，导致查重软件不识别这种格式，不必要的内容会参与查重，这样影响查重率的客观性。
参与查重的内容包括：引言，综述，绪论，中英文摘要，正文，致谢；
不参与查重的内容包括：封面，原创声明，授权声明，目录，脚注，参考文献。
有的学校要求删除“致谢”再查，有的没有要求删除，“附录”实际一般也是没有查的必要，也可以根据学校查重要求酌定。
