保密的一般是与涉密项目有关的论文，即常规涉密内容，如：涉密的国家自然科学基金项目（以下简称“国自然”）、涉密的国家重大社会科学基金项目等；或者是其他涉密内容，如：涉密的国家重点实验室、涉密的军事院校等。
其中，涉密项目一般都有保密期，国自然一般保密期是3-5年，也有更长的，随项目时间顺延，在保密期过后会随当年硕、博士论文一同录入知网；如果是其他涉密内容，则可能只在内网交流，公开时间另行规定（或有限公开、甚至不公开）。
过了保密期后才会在网上公开，也就是说还在保密期的论文是查不到的，自然就不会和保密期的论文查重了。
学位论文查重可以使用本学校推荐的相关查重网站，维普一般就可以，paperfree和paperpass也不错，有经济能力的话，直接在知网或者万方上查重。
如何通过毕业论文查重？
由于互联网的快速发展更新，现在网上关于毕业论文模板的数量越来越多，许多大学生都会感叹为什么要写出毕业论文，而且写完之后竟然还要通过学校的审核，学校中的一个审核步骤就是查重，如何通过学校的论文查重？
仅从字面意义上来说，论文查重就是检测论文中的重复率内容，其本意也确实差不多，主要是检测论文的重复率。一般的做法是通过论文查重系统将论文和数据库资源进行比对，然后检出重复部分，从而计算论文整体重复率，即全文重复率。当今社会学术不端现象十分严重，为了营造良好的学风，许多学校都会要求对毕业论文进行查重，也就是说，所有的毕业论文都要由学校检测。
现在的毕业论文查重已经成为毕业答辩必不可少的一部分，现在在进行论文查重时发现了标红的句子，但也不能证明这句话是完全抄袭的。如今有很多毕业论文的题目，都会有相应的材料参考，即使大家没有抄袭，在检测出来之后可能还是会发现大部分的重复，这种现象其实比较正常。所以它还能提醒大家寻找更新颖的观点，导师审阅时也更能更客观地判断学术不端的本质，因此毕业论文的查重必不可少。
通常毕业论文都要查重，论文查重的主要目的就是防止学生在写论文时出现学术不端行为，是学校对毕业生检验学习成绩的一项检测项目。
