个人认为：专利数量>学位论文数量>图书期刊数量。专利是呈现逐年递增的态势，不仅评职称，还有高新技术企业评定都需要专利；学位论文是因为每个学生毕业都要写的，所以还是较多的；图书期刊因为只有毕业有要求的人才会去投稿或者写稿，而且期刊的发表数量有限，所以应该较少。当然，你如果把不入流的期刊也算上的话，那就没得分析了。
可以啊，只要是在论文中应用到的，文献符合论文参考要求，那么可以作为参考文献，在转知汇后一些专利相关的文献备案。
由于没有看到具体核驳理由，不好明确回答楼主的问题。
不过，按笔者的经验，通常都是按如下三个步骤来面对：
（1）审查员的意见并非永远正确，所以，先期也抱着怀疑的态度，一个子一个字的抠，既从字面上，又从实质上，去判断权利要求中的每个技术是否真的如审查员所说被对比文件揭露了。如果所有的技术特征均被实质揭露了，则仅从权利要求着手修改或争辩，就很难成功。
（2）当确认权利要求没有新颖性时，再看本发明的具体实施方式文字部分内容的每个技术特征是否完全被对比文件所揭露。若有一个或一个以上的技术特征未被对比文件揭露，且该技术特征能带来好的技术效果，则可将该技术特征并入到独立权利要求书中，以克服新颖性缺陷。
（3）若具体实施方式文字任然找不到实质性的区别特征，那么再看本发明附图，看看是否与对比文件的附图相同，如果不同，那么看看是否有一些显而易见的图形区别特征，并将该特征以文字的形式并入到独立权利要求中，以克服新颖性缺陷。然而，本款修改的风险性较大，很多审查员不愿意或不敢认同这种修改法。
以上，仅供参考。
1、所保护的侧重点不同
论文是某一学术课题在实验性、理论性或观测性上具有新的科学研究成果或创新见解，或是某种已知原理应用于实际中取得新进展，这些论文的目的主要是用于在学术会议上宣读、交流或讨论，或者在学术刊物予以发表，也有一些形成项目文件作为项目申报或者答辩的依据。
从这个角度来看，论文有时候完全是纯理论的东西，如一些数学公式、算法推理等等，同时，对于论文所要表达的内容并无太多限制。论文带给作者的很多时候只是荣誉以及著作权。
专利明显不同，专利可保护的内容有限制，象数学公式、科学发现、外科手术方法、克隆技术等可以用论文形式发表的，都不能用专利来保护。这些在专利法中被归结为智力活动或者治疗方法，不属于专利法保护范畴。
申请专利的重点在于知识产权保护，发表科研论文的目的在于知识传播和分享。
2、撰写方式不同
专利申请书的第一部分为背景技术介绍，要求申请人对背景技术及其不足之处进行描述和总结。论文或者项目的第一步部分和发明专利申请书很类似，也是介绍前人的研究工作及不足之处。不同之处在于论文必须引用和列出相应的参考文献，而专利申请则可以不列参考文献。
专利申请书的第二部分为技术方案。这部分和论文的方法比较类似，但不同之处居多。这部分内容中，要求申请人用文字和公式阐述发明的技术方案，而不能用图表。即使发明的技术方案用图表更容易说明问题，发明人也必须把图表内容转换成文字。
尤其是涉及到复杂装置的技术方案，用文字表述需要特殊技巧。论文的方法部分则没有多少限制，论文撰写人可以选择更容易让读者理解和明白的论文撰写方式，可以有详细的公式推导和图表，甚至可以直接插入实验器材照片，而这些在专利申请文本中是不允许的。
3、审查不同
从审查角度，专利由专利审查人审查，重点判断发明的技术方案和现有文献有无重复之处，专利检索新颖性是是否能获得授权的重要一环，专利审查员往往会从专利库、论文库以及国际专利库、论文库中进行国际性检索。
而科研论文由同行审稿，重点判断实验数据是否可靠，结论是否准确。由于专利审查员一般不是同行，发明的技术效果无法通过专利审查保证。
权利区别：论文更多的表现在科研上的实验性、理论性或观测性上具有新的科学研究成果或创新见解，主要的作用体现在学术会上宣传、交流或讨论，专利相比于论文来讲将受到更多的内容限制，像数学公式、科学发现、疾病的诊断和治疗方法、动物和植物的新品种等等都不能用专利来保护，但是这些技术都可以通过论文的方式进行发表，专利所带给申请人的是专利权。
发明专利申请流程
申请文件准备。根据《专利法》规定，申请发明专利应当提交专利请求书、说明书、说明书摘要、权利要求书等书面文件，时间一般需要10-30天。
提交申请。申请人应当将申请文件提交给国家知识产权局专利局受理处或专利局下辖的各地方代办处，时间一般需要3天。
发明专利初步审查。专利申请的各项文件符合格式要求且按照规定缴纳了申请费，则自动进入初审阶段。初审程序主要对申请是否存在明显实质性缺陷进行审查。
