论文引用文献的上标应该放在句号前。
参考文献的上标，即引用脚注或尾注，是对文本的补充说明。脚注一般位于页面的底部，可以作为文档某处内容的注释；尾注一般位于文档的末尾，列出引文的出处等。既然作为对文本的说明，则应该放在所说明文本处，即在句号前。
按照字面的意思，参考文献是文章或著作等写作过程中参考过的文献。然而，按照GB/T 7714-2015《信息与文献 参考文献著录规则》”的定义，文后参考文献是指：“为撰写或编辑论文和著作而引用的有关文献信息资源。根据《中国学术期刊（光盘版）检索与评价数据规范（试行）》和《中国高等学校社会科学学报编排规范（修订版）》的要求，很多刊物对参考文献和注释作出区分，将注释规定为“对正文中某一内容作进一步解释或补充说明的文字”，列于文末并与参考文献分列或置于当页脚地。交叉引用于文中时置于句号前。
论文一般由题名、作者、摘要、关键词、正文、参考文献和附录等部分组成，其中部分组成（例如附录）可有可无。
一篇论文的参考文献是将论文在研究和写作中可参考或引证的主要文献资料，列于论文的末尾。参考文献应另起一页，标注方式按《GB7714-87文后参考文献著录规则》进行。
参考资料：百度百科-论文
论文中插入参考文献的方法如下：
工具：机械革命S3 Pro、Windows10、Wordoffice2016。
1、定位到参考文献前，找到编号库并点击。
2、在弹出的窗口点击定义新编号格式。
3、在弹出的窗口中修改编号格式，此处按照一般的参考文献编号格式进行修改，改为“[1]”。修改完成后点击确定。
4、将将光标放置在论文中要插入文献的位置，点击交叉引用。
5、选中要插入的文献，点击确定。
紧跟文章，中间可以留两行。论文中的参考文献标注在文档结尾。格式为：
[序号]主要责任者.文献题名[文献类型标识].出版地：出版者，出版年.起止页码（任选）.
例：
1、张筑生. 微分半动力系统的不变集[D]. 北京：北京大学数学系数学研究所，1983.
2、我国文化体制改革的理论分期与深化文化体制改革的策略问题[J]. 霍步刚,傅才武. 中国软科学. 2007(08)
参考文献类型及文献类型以单字母方式标识：
专著M ； 报纸N ；期刊J ；专利文献P；汇编G ；古籍O；技术标准S ；
学位论文D ；科技报告R；参考工具K ；检索工具W；档案B ；录音带A ；
图表Q；唱片L；产品样本X；录相带V；会议录C；中译文T；
乐谱I； 电影片Y；手稿H；微缩胶卷U ；幻灯片Z；微缩平片F；其他E。
