本科论文查重查的是论文的摘要、正文和结尾等文字部分。
很多网站都可以做论文查重，但是学校一般只认可权威的知网查重。知网查重的算法一般会检测论文的目录，可以分章检测。一篇论文它的组成是由封面、目录、前言、正文、参考文献、附录、页眉页脚等几个部分。知网本科论文主要查重包括摘要、正文内容、参考文献，并且摘要和参考文献可以不查，总结来说知网查重主要是查重正文的部分其他的部分可以不查重。
本科毕业论文查重是查论文正文内容。
查重的实质就是把论文和数据库的论文进行比对。有些学校不检测声明和标题，只检测正文部分，而有些学校是检测所有内容。有些学校只看毕业论文的总重复率，而有些学校除了总体重复率之外，还会看每一章的重复率。有些学校要求论文的重复率要小于30%，而有些学校则要求论文重复率必须要低于20%。
目前的本科论文查重知网pmlc的数据库有：中国学术期刊网络出版总库、中国博士学位论文全文数据库/中国优秀硕士学位论文全文数据库、中国重要会议论文全文数据库、中国重要报纸全文数据库、中国专利全文数据库、大学生论文联合比对库、互联网资源、英文数据库、港澳台学术文献库、优先出版文献库、互联网文档资源、图书资源、CNKI大成编客-原创作品库、个人比对库。
大部分论文查重系统主要是根据论文的格式自动识别出论文的各部分内容，一般是根据Word文档的格式，不会检测论文中的题目、目录、致谢和参考文献等内容，通常是主要查重论文摘要、关键词、论文正文和附录等内容，而除论文正文之外，其他检测部分所占篇幅比重比较少，所以本科论文最主要查重的内容是论文正文内容。
参考资料：《本科论文查重查哪些内容？》
一般情况下一篇论文主要包括：封面、扉页、原创性说明、摘要、英文摘要、图标及公式说明、论文正文、参考文献、附录、研究成果、致谢等。目前高校多数使用知网论文查重、维普查重、万方查重等，按照各个学院上交论文要求至查重系统，最终以各个学校的要求为准。
