论文查重着重检测论文正文部分。
通常情况下论文查重检测系统就是着重检测论文正文，因为正文是论文的主体部分，文字比例是整篇论文最多的部分。有部分同学在提交学校之前自行检测的时候也是只提交论文正文内容的文档，并不是将整篇论文文档提交进行检测，当然这没什么毛病，但是将整篇论文提交检测的话论文查重的结果更加精确。
论文内容主要是包括题目、目录、摘要、引言、正文、结论、致谢、参考文献和附录等内容，很多同学只提交正文内容进行查重检测主要是为了节省查重时的费用，因为很多论文查重系统是按字数计费，只提交正文内容确实能够少很多字数从而节省查重费用。
但是论文查重的时候并不仅仅只是检测正文内容，如果论文的格式都正确，查重系统能够自动识别论文中的目录和参考文献不对其检测，其他文字部分都会进行查重检测，所以说如果想要获得最精确的查重结果，建议大家还是按格式提交整篇论文。
论文查重的官方说法是学术不端行为检测，也就是说要以严谨诚实的态度抑制抄袭、剽窃的不良行为，为社会营造积极的社会氛围。
论文查重主要检查内容是论文的摘要、正文、包括引用部分。
论文审核不通过的原因是什么？
首先，论文的写作时参考了很多文献中的重点句子、专业性的话语的次数较多，跟很多文章相似度高，容易被检测出来，导致查重率过高。如果都是自己的写的但仍出现查重结果不合格，可能是使用了敏感的语言和句子。
其次在进行查重时，查重检测系统也很重要，有的检测系统并不专业，而有的知名的检测系统又太贵了，因而我们在选择查重系统时，建议选择收费没那么高，但是专业性的检测软件，这样既可以保证质量又可以保证论文的安全。
最后毕业论文查重结果还是不合格的话，就说明有些地方可能是论文部分内容相似度过高、错误引用文献、语句逻辑错误等，导致论文查重率高了，这样论文是不会通过的。
进行论文查重时有的学校只检测正文，但有的学校却需要检测论文的所有内容的，如果学校没有规定的话，建议把论文全篇进行查重检测。毕业论文一般包括标题、目录、摘要、前言、论文正文、研究成果、致谢、参考文献、附录，因此千万不要为了省钱，只上传摘要、正文、参考文献，而把目录和致谢词去掉。
