论文中的脚注不会查重的，查重主要是针对论文的正文部分。
很多网站都可以做论文查重，但是学校一般只认可权威的知网查重。知网查重的算法一般会检测论文的目录，可以分章检测。然后就会检测论文的摘要以及正文等内容的重复度。
根据权威网站的查重算法，可以知道系统是没有检测图片和公式。一方面这些资料计算机不好进行比对，另一方面论文侧重于文字的检测。这对大多数学生来说是个好消息。
扩展资料：
1、反抄袭软件检测到13个相同的字，就以为是相似，所以连续相似的，不要超过13个字；
2、尽量用同义词代替，例如：损坏=毁坏；渠道=途径；原理=根本思绪；不可见=躲藏；优点特别突出=优势尽显无疑。
3、改动句子的主动语态，比方：数字水印为多媒体数据文件在认证、防伪、防窜改、保证数据平安和完好性等方面提供了有效的技术手腕。=在多媒体制品的认证、防伪、防修改和传送平安以及完好性保证方面，能够采用数字水印的检测作为有力的检测手腕。
参考资料来源：百度百科-查重
将论文上传到查重软件之后，查重系统就会根据论文格式对论文内容进行识别，虽然论文脚注重检测的要求并不太严格，但在格式不正确的前提下，查重系统是会进行检测的。因此，大家对于论文脚注是否参加检测还是需要了解的。
每个学校提交的查重内容是有区别的
你们要知道，有的学校只要求提交正文部分，但是有的学校需要提交论文全文（从封面到附录都需要参与检测）。每所高校所要求提交的论文内容不同，因此，论文查重系统的结果也会有一定的差别。但是论文的脚注部分在正文部分，所以一般还会进行查重检测。有些论文查重不会对脚注进行识别，有点系统会进行识别，大家需要注意自己使用的是什么查重系统。
按学校要求修改论文格式
论文的注脚是有格式要求的，如果查重系统能够识别脚注，那么，在格式正确的前提下，查重系统是直接判定这部分是脚注部分，所以这部分可能不会参与检测。在写论文之前，先把这些细节处理好，总体上不会有什么问题。学校会给出标准格式，是要根据自己学校的论文格式修改和调整，这样查重检查就不会出错。
还有很多人不知道论文格式是怎样修改和调整的，所以面对修改后的论文格式，完全不知如何处理。学校都会提供相应的论文格式，大家按照要求进行调整即可。
pdf格式论文检测脚注被标红的一般原因都是因为论文查重。
一、为什么论文查重时脚注都标红？
一般来说，系统可以识别脚注，将其视为引用，不参与查重，不做红色标记。但如果查重时提交的是PDF版本。因PDF无法识别脚注格式，会被当作正文查重。pdf格式解析中的错误会导致检测结果不准确。此外，系统无法识别wps制作的文档。
二、脚注查重被标红应该怎么办？
如果只是因为上传版本问题的话，那么上传时最好可以先将pdf格式的文档转换成word，然后上传进行查重。但如果一定有要求必须提交PDF版本的话怎么办呢？有修改空间的正常改。没有修改空间的部分删除、部分保留、部分挪到文末的参考文献。
三、脚注标红能如何修改？
如果学校要求查重率20%以内，又要求使用PDF测论文，而你论文的脚注已经占全文的重复率的10%以上，那删除部分脚注是必要的。但不能全删，全删你的导师、答辩组和盲审团都不会同意。所以要适当的保留或者挪到文末参考文献中。注：在删除脚注后，原文中的内容需要将直接引用改为间接引用。
