两者之间还是有点联系的，就拿知网检测来个，在论文格式正确的前提下，才能够正确识别参考文献、目录以及脚注。
如果你的脚注，目录与其他人重复了，在格式不正确的前提下，就会被检测，从而导致重复率升高。
学校除了对论文的重复性有要求外，还会规定论文的格式，一篇合格的论文需要符合以下两个方面的要求。所以，当我们进行论文查重的时候，格式是否会影响检测结果呢？
1、影响论文查重的结果
论文查重系统在检测论文时，会根据论文的格式对内容进行分割，将论文分成大小不同的片断进行查重，不计算重复率的内容在检测时会自动剔除。若论文的格式不正确，则论文查重系统可能会将一些原本不算重复的内容判定为重复，导致重复率过高。
2、影响检测报告
论文格式正确，查重系统能自动识别目录、参考文献等内容，并将这些内容排除在外，论文查重报告更清晰、更准确地显示各部分的重复率，有利于我们以后的论文修改。相反，如果格式不对，会导致论文查重报告中的数据混乱甚至丢失。
3、影响论文的字数
论文的格式错误会导致论文查重系统无法准确地识别文章内容，从而无法准确地计算论文字数，在计算重复率时，会出现字数过多，导致查重结果不准确。
4、影响引用率
论文中引用的参考文献一般不计算重复率，但这是在论文格式正确的前提下，若有错误，查重系统将无法区分引用与正文。这就产生了两种情况，一是引用率低，但重复率很高；二是引用率高，重复率也很高。
如果因为论文的格式出现了错误从而导致论文查重系统无法准确的识别到正确格式，可能会错误地把论文中非正文的内容，其中包含目录、参考文献等内容都误以为是正文部分进行检测，这样重复率就可能会受到影响。如果这些部分被判断为重复的话，那么我们的毕业论文的重复率肯定会增加很多很多，这样也会导致我们的论文格式出现一系列的问题。
一般来说论文格式是会影响到重复率的，如果引用格式错误，会导致知网查重系统无法识别出引用部分，并会计算引用部分的重复率；如果目录格式错误，也会导致知网查重系统对目录部分进行检测；如果内容格式排版错误，在审核老师检测环节中可能会被发现错误所在，严重的会影响论文最终评分。因此论文格式十分重要，建议学生在写作论文之前，仔细查看学校公布的格式要求。
如果论文的格式不正确，那么在我们查重论文的时候会对我们的论文查重率影响特别大。比如论文中有一些不需要查重的部分，如果在写这些部分的时候，格式是不对的，系统又不能识别出来，那么在查重时论文查重系统就可能会把这些部分的内容当作是论文的正文来查重，那么自己论文的查重率就会有大幅度的升高。所以说论文的格式会影响到论文的查重的，所以写论文的时候论文的格式也是非常重要的，是不可忽视的。
