有本质的区别，期刊是指正式发行的出版物，论文一般在期刊上发表，但是，也可以不发表。
毕业论文是上万字的论文，而期刊论文只是学术论文，只需要字数在3000左右就行。
格式上都一样。只是内容的详细。
可以偷懒的把毕业论文里的一部分摘出来发期刊论文
关于定向遗忘研究中的期刊与论文结构的不同：
1.就摘要而言，期刊的摘要比较简短，在正文前的摘要只有中文版，没有英文版，期刊的英文版摘要在参考目录后面。而硕士论文的中英文摘要均在正文前，而且较期刊篇幅较长。
2.关键词，在正文前的关键词只有中文版，没有英文版，期刊的英文版关键词在参考目录后面。而硕士论文的中英文摘要均在正文前，中英文摘要之后。
3.目录，期刊中没有目录。而硕士论文在中英文的关键词之后有目录，目录内容包括摘要、Abstract以及目录(各章节内容)，讨论与结论等。
4.文献综述，期刊中并没有文献综述部分，在硕士论文中有大篇幅的文献综述，包括定向遗忘的概念界定，常用的定向遗忘的研究范式、影响因素，以往研究中遗漏的问题等等，针对文献综述引导读者发现问题，进而开展自己的研究。期刊中也有对所要研究的问题的概念界定，更多的是对以往研究的经典范式的介绍和分析。
5.问题提出与研究意义，期刊中并没有问题提出，对于研究意义也是略带而过。硕士论文对将这一研究问题的背景和意义进行了详细的说明。
6.纵观全文，硕士论文篇幅长，对某一问题展开细致而深入的挖掘与研究，包括摘要、目录、文献综述、问题提出与研究意义、具体的实验研究(实验目的、实验方法、被试、实验设计自变量、实验材料、实验程序、数据处理、实验结果、讨论以及结论)、结论、参考文献、致谢等。
而期刊篇幅短包括中文版摘要、中文版关键词、分类号、对所要研究问题的介绍、目前的探索性研究、未来研究展望、参考文献，最后有英文版的题目、作者、摘要和关键词。
以如下两篇文献为例子：一篇是源自心理科学进展的“情绪性记忆的定向遗忘”，另一篇是上海师范大学的硕士论文“想忘就能忘？动机强度及性质对定向遗忘的影响”，两者在结构上有很大的不同，结构上的不同总结综上所述。
参考文献：
论文本身没有区别的。期刊论文只不过是被商用的论文你有稿费或者你出钱来出版（这个由你论文质量定），你导师估计是认为你打算另外写一篇作为毕业论文吧，你跟他说清楚。不过，你要注意，如果你的论文多数是你老师改的，他是不是想上期刊的时候作为合作者上名字呢？因为按毕业论文发表他只能算是指导老师，而你算独作，差很多的。为了和导师的关系，考虑清楚吧。论文本身没有差别，可是发表在一些核心期刊上就涉及到导师的论文数量和科研成功。
