细胞凋亡领域Programmed cell death (apoptosis) Shiqian Qi, Yuxun Pang, Qi Hu, Qun Liu, Hua Li, Yulian Zhou, Tianxi He, Qionglin Liang, Yexing Liu, Xiaoqiu Yuan, Guoan Luo, Huilin Li, Jiawei Wang, Nieng Yan, and Yigong Shi (2010). Crystal structure of the Caenorhabditis elegans apoptosome reveals an octameric assembly of CED-4. Cell 141, 446-457. Jong W. Yu, Philip D. Jeffrey, and Yigong Shi (2009). Mechanism of procaspase-8 activation by c-FLIPL. Proc Natl Acad Sci USA 106, 8169-8174. Epub 2009 May 4. Nieng Yan, Jijie Chai, Eui Seung Lee, Lichuan Gu, Qun Liu, Jiaqing He, Jia-Wei Wu, David Kokel, Huilin Li, Quan Hao, Ding Xue, and Yigong Shi (2005). Structure of the CED-4/CED-9 complex provides insights into programmed cell death in Caenorhabditis elegans. Nature 437, 831–837. Stefan J. Riedl, Wenyu Li, Yang Chao, Robert Schwarzenbacher, and Yigong Shi (2005). Structure of the apoptotic protease activating factor 1 (Apaf-1) bound to ADP.Nature 434, 926–933. Nieng Yan, Lichuan Gu, David Kokel, Jijie Chai, Wenyu Li, Aidong Han, Lin Chen, Ding Xue, and Yigong Shi (2004). Structural, Biochemical and Functional Analyses of CED-9 Recognition by the Pro-apoptotic Proteins EGL-1 and CED-4.Mol. Cell 15, 999–1006. Stefan J. Riedl and Yigong Shi (2004). Molecular mechanisms of caspase regulation during apoptosis.Nature Review – Mol. Cell. Biol. 5, 897–907. Nieng Yan, Jia-Wei Wu, Jun R. Huh, Jijie Chai, Wenyu Li, Bruce A. Hay, and Yigong Shi (2004). Molecular mechanisms of DrICE inhibition by DIAP1 and removal of inhibition by Reaper, Hid, and Grim. Nature-Structural & Molecular Biology 11 (5), 420–428. Yigong Shi (2004). Caspase Activation: Revisiting the Induced Proximity model.Cell 117, 855–858. Jijie Chai, Nieng Yan, Jun R. Huh, Jia-Wei Wu, Wenyu Li, Bruce A. Hay, and Yigong Shi (2003). Molecular mechanism of Reaper/Grim/Hid-mediated suppression of DIAP1-dependent Dronc ubiquitination. Nature-Structural Biology 10, 892-898. Eric N. Shiozaki, Jijie Chai, Daniel J. Rigotti, Stefan J. Riedl, Pingwei Li, Srinivasa M. Srinivasula, Emad S. Alnemri, Robert Fairman, and YigongShi (2003). Mechanism of XIAP-mediated Inhibition of Caspase-9. Mol. Cell 11, 519-527. Yigong Shi (2002).Mechanisms of Caspase Activation and Inhibition During Apoptosis (commissioned review article).Mol Cell 9, 459-470. Jijie Chai Qi Wu, Eric Shiozaki, Srinivasa M. Srinivasula, Emad S. Alnemri, and YigongShi (2001). Crystal Structure of a Caspase Zymogen: Mechanisms of Activation and Substrate Binding. Cell107, 399-407. Jia-Wei Wu, Amy Cocina, Jijie Chai, Bruce Hay, and Yigong Shi (2001). Structural Analysis of a Functional DIAP1 Fragment Bound to Grim and Hid Peptides.Mol. Cell 8, 95-104. Jijie Chai, Eric Shiozaki, Srinivasa M. Srinivasula, Qi Wu, Pinaki Datta, Emad S. Alnemri, and Yigong Shi (2001).Structural Basis of Caspase-7 Inhibition by XIAP. Cell 104, 769-780. Stephen W. Fesik and Yigong Shi (2001).Controlling the Caspases.Science 294, 1477-1478. Geng Wu, Jijie Chai, Tomeka Suber, Jia-Wei Wu, Chunying Du, Xiaodong Wang, and Yigong Shi (2000).Structural Basis of IAP Recognition by Smac/DIABLO. Nature408, 1008-1012. Jijie Chai, Chunying Du, Jia-Wei Wu, Saw Kyin, Xiaodong Wang, and Yigong Shi (2000).Structural and Biochemical Basis of Apoptotic Activation by Smac/DIABLO. Nature 406, 855-862. Hongxu Qin, Srinivasa M. Srinivasula, Geng Wu, Emad S. Alnemri, Yigong Shi (1999). Structural Basis of Procaspase-9 Recruitment by the Apoptotic Protease Activating Factor 1. Nature 399, 549-557. 膜蛋白结构与功能领域Membrane protein structure and function Peng Zhang, Jiawei Wang, and Yigong Shi (2010). Structure and mechanism of the S component of a bacterial ECF transporter. Nature 468, 717-720. Epub 2010 Oct 24. Xiang Gao, Lijun Zhou, Xuyao Jiao, Feiran Lu, Chuangye Yan, Xin Zeng, Jiawei Wang, and Yigong Shi (2010). Mechanism of substrate recognition and transport by an amino acid antiporter. Nature 463, 828-832.Epub 2010 Jan 20. Yi Wang, Yongjian Huang, Jiawei Wang, Chao Cheng, Weijiao Huang, Peilong Lu, Ya-Nan Xu, Pengye Wang, Nieng Yan, and Yigong Shi (2009). Structure of the formate transporter FocA reveals a pentameric aquaporin-like channel. Nature 462, 467-472. Xiang Gao, Feiran Lu, Lijun Zhou, Shangyu Dang, Linfeng Sun, Xiaochun Li, Jiawei Wang, and Yigong Shi (2009). Structure and Mechanism of an Amino Acid Antiporter. Science 324, 1565-1568. Epub 2009 May 28. Xiaochun Li, Boyuan Wang, Lihui Feng, Hui Kang, Yang Qi, Jiawei Wang, and Yigong Shi (2009). Cleavage of RseA by RseP requires a carboxyl-terminal hydrophobic amino acid following DegS cleavage. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 106, 14837-42 [Epub 2009 August 18]. Liang Feng, Hanchi Yan, Zhuoru Wu, Nieng Yan, Zhe Wang, Philip D. Jeffrey, and Yigong Shi (2007). Structure of a Site-2 Protease Family Intramembrane Metalloprotease. Science 318, 1608-1612. Zhuoru Wu, Nieng Yan, Liang Feng, Adam Oberstein, Hanchi Yan, Rosanna P. Baker, Lichuan Gu, Philip D. Jeffrey, Sinisa Urban, and Yigong Shi (2006). Structural analysis of a rhomboid family intramembrane protease reveals a gating mechanism for substrate entry. Nature Structural & Molecular Biology 13, 1084-1091. 2006 Nov 10; [Epub ahead of print].
上半年中国科学家的科研成果屡登国际著名期刊,韩春雨今年5月在《Nature Biotechnology》上发表一篇重磅研究,发明出一种新的基因编辑技术(NgAgo-gDNA);近日施一公研究组于《科学》杂志就剪接体的结构与机理研究发表两篇长文,而且这是施一公团队第二次在《科学》上同时发表两篇论文。
中国科学家的在一些领域的研究已走在世界的前沿,生命科学领域由是如此。下面生物谷小编整理了2016年以来部分中国科学家的重磅研究,供大家参考:
颜宁、高福:NPC1蛋白介导胆固醇转运和埃博拉病毒入侵的分子机制--《细胞》
(清华大学;中国疾控中心、中科院微生物组)
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6月2日《细胞》发表了一篇题为《NPC1蛋白介导胆固醇转运和埃博拉病毒入侵的分子机制》的研究论文,此研究系清华大学颜宁课题组与中国疾控中心、中科院微生物组高福院士课题组合作的一项最新成果,在世界上首次解析出NPC1蛋白的清晰结构,并初步揭示了它的工作过程,从而为干预、治疗罕见遗传疾病"尼曼-皮克病"和埃博拉病毒打开了新大门。
NPC1是一个由1278个氨基酸组成并含有13次跨膜螺旋的膜蛋白,该论文在国际学术界首次报道了人源胆固醇转运蛋白NPC1的4.4埃分辨率冷冻电镜结构。并分析探讨了NPC1和NPC2两个蛋白协作介导细胞内胆固醇转运的分子机制,同时为理解NPC1介导埃博拉病毒入侵的分子机制提供了分子基础。
曹雪涛:找到抗病毒免疫细胞"开关"--《自然-免疫学》
(中国工程院)
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免疫系统作为机体的自卫系统,主要是依靠免疫细胞的防御功能,但免疫细胞又是如何识别外来病毒,如何自主进行防御工作的呢?
中国工程院院士曹雪涛团队发现DNA甲基化酶Dnmt3a能够使天然免疫细胞针对病毒感染处于高敏感状态,一旦识别病毒入侵就可以显着产生干扰素和启动抗病毒天然免疫反应。此研究结果发表在英国《自然-免疫学》杂志上。
研究人员选择能够通过调控DNA甲基化来决定基因表达的"表观遗传调控分子"为观察点,经筛选发现DNA甲基化酶Dnmt3a能够促进天然免疫细胞高效释放I型干扰素。研究结果表明,DNA甲基化能够维持抗病毒信号转导通路的关键分子高表达,为天然细胞在病毒入侵时及时高效启动抗病毒免疫反应做充分准备。该发现揭示了抗病毒免疫应答新型表观遗传机制,也为病毒感染性疾病防治提供了新的分子靶点。
谢晓亮、白凡:揭示细菌耐药性产生分子机制--《Molecular Cel》
(北京大学生物动态光学成像中心)
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国际顶级学术期刊Cell子刊Molecular Cell于4月21日以长文在线发表了北京大学生物动态光学成像中心谢晓亮、白凡课题组的研究成果。研究人员采用综合应用单分子荧光成像技术和高通量基因测序技术,深入探究了细菌耐药性产生的机制,揭示了耐药性持留菌在大部分生理活动都静止的情况下而外排系统却在活跃地工作的原理,其不断地排出持续进入的药物分子,为耐药性细菌的存活添加安全屏障。
外排系统越活跃体内的抗生素浓度就越低,在含有抗生素的环境中持留菌才得以生存。之前的理论认为持留菌形成一般是通过"消极的被动防御战略",最新的研究结果显示,增强外排活动将抗生素泵出从而减少细胞内药物浓度这种"积极的主动防御战略"同样起着重要的作用。这一重要发现完善了现有的关于持留菌形成的生物学机制的认识。
王韫芳、裴雪涛:首次将胃细胞转变成肝和胰腺细胞--《细胞-干细胞》
(军事医学科学院野战输血研究所 )
Doi:10.1016/j.stem.2016.06.006
王韫芳和裴雪涛两人的研究团队在前几日取得了一项革命性研究成果,他们利用小分子化合物技术,在国际上首次实现了利用小分子化合物诱导人体胃上皮细胞直接转换为内胚层祖细胞。内胚层祖细胞可以被诱导分化为成熟的肝细胞、胰腺细胞和肠道上皮细胞等,为将来利用干细胞技术治疗终末期肝病、糖尿病等带来新的希望。7月21日,国际著名学术期刊《细胞-干细胞》杂志在线发表了这一重要成果,覃金华、王术勇、张文成三位博士是该论文的共同第一作者。
该研究突破了经典重编程对转录因子的依赖,丰富了干细胞再生生物学的理论体系,为成熟肝细胞、胰腺细胞等内胚层来源的功能性细胞提供了安全、可控、有效的细胞来源,在个性化再生医学治疗、药物筛选等方面具有广阔的应用前景。利用该技术在医学上可以进行个性化组织培养,解决器官移植的难题,改善消化系统疾病的治疗情况。
刘兵、汤富酬、袁卫平:造血干细胞起源获单细胞尺度解析--《自然》
(军事医学科学院附属医院 ;北京大学生物光学动态成像中心 ;中国医学科学院天津血液病医院 )
原始出处:http://
《自然》杂志于5月19日以长文形式在线发表中国科学家刘兵课题组、汤富酬课题组和袁卫平课题组合作在造血干细胞起源研究中取得的重要突破。其通过单细胞转录组分析、单细胞诱导移植、组织特异性基因敲除等多种研究手段,首次在单细胞尺度实现小鼠造血干细胞发育全过程的深度解析。
研究针对HSC发育过程中具有代表性的5类细胞进行单细胞转录组测序,揭示了pre-HSC在转录活性、代谢状态、动脉基因表达、信号通路和转录因子网络等方面的突出特征。利用血管内皮细胞和造血细胞特异性的两种基因敲除小鼠,阐明Rictor基因在HSC发生过程中的特异性调控作用。此外,测序数据挖掘和功能实验证实pre-HSC具有细胞周期状态的异质性,部分细胞增殖活跃。最后,通过与更多细胞群体测序数据的比对分析,发掘出pre-HSC的98个特征基因。
邵一鸣:首次从中国病人体内分离出"青少年"HIV中和抗体--《Immunity》
(中国疾病预防控制中心)
Doi:10.1016/j.immuni.2016.03.006
在一项新的研究中,来自中国疾病预防控制中心、北京大学、南开大学和美国斯克利普斯研究所(TSRI)等机构的研究人员描述了有史以来首个在一类强效地抵抗HIV的免疫分子中发现的未成熟的或者说"青少年"抗体。论文通信作者为TSRI生物学家Jiang Zhu和中国疾病预防控制中心艾滋病首席专家邵一鸣。相关研究结果于2016年4月5日在线发表在Immunity期刊上。
这项研究开始于2006年,Zhu和他的同事们吃惊地发现这种抗体在2006年到2008年期间快速地进化,获得抵抗HIV所需的很多特征。之前的研究提示着VRC01级别抗体需要花费长达10到15年的时间产生有用的特征,而这一发现有力地反驳了这一点。研究人员也注意到这是首次从一名亚洲病人体内分离出VRC01级别抗体,之前的VRC01级别抗体来自非洲人或白种人病人。这意味着不同遗传背景的人们可能受益于一种利用人体制造VRC01级别抗体能力的疫苗。
刘光慧:抑制引起早衰的NRF2抗氧化通路--《Cell》
(中国科学院生物物理研究所)
原始出处:http://
中国科学院生物物理研究所刘光慧实验室与美国国立卫生研究院(NIH)国家癌症研究所Tom Misteli研究组合作,通过筛选具有逆转人类细胞衰老潜能的基因,发现转录因子NRF2(NF-E2-related factor 2)介导的细胞抗氧化通路的紊乱是导致细胞衰老的驱动力。此外,通过筛选具有激活NRF2通路功能的小分子化合物,发现一种用于治疗脂肪肝的NRF2激动剂奥替普拉可以延缓间充质干细胞衰老的进程,并提高其体内活性。该研究成果于6月2日发表在Cell杂志上。
研究表明,异常表达的progerin与转录因子NRF2结合,并将其捕获锁定在细胞核膜上,使之无法正常激活下游抗氧化基因的表达,引起细胞的慢性氧化应激。在年轻的正常间充质干细胞中抑制NRF2的活性可以模拟儿童早衰症的多种加速衰老的细胞缺陷,而在儿童早衰症患者诱导多能干细胞(iPSC)衍生的间充质干细胞中重新激活NRF2可以有效逆转细胞加速衰老的表型。这些研究结果不仅有助于加深人们对于人类衰老的认识,而且为延缓衰老及防治衰老相关疾病提供了新的靶标和策略。
周永胜:找到利用脂肪干细胞治疗骨缺陷疾病的新靶点--《Stem Cell Reports》
(北京大学口腔医学院)
Doi:10.1016/j.stemcr.2016.06.010 ?
近日,北京大学口腔医学院周永胜研究小组在《Cell》子刊Stem Cell Reports上发表了一项最新研究进展,他们发现一种microRNA能够通过影响脂肪干细胞的信号调控网络促进骨生成,该研究为利用脂肪干细胞治疗骨质疏松等疾病提供了新的方向。
组织工程技术已经成为骨再生医学领域最具治疗前景手段之一。人类脂肪来源干细胞作为一种间充质干细胞在组织工程领域得到越来越多的关注。深入了解脂肪干细胞向骨方向分化的分子调控网络是开发干细胞治疗方法的重要基础。
该研究发现MiR-34a在人类脂肪来源干细胞(hASC)向骨方向分化的过程中会出现表达上调。在体外过表达MiR-34a能够显着增加hASC的碱性磷酸酶活性,矿化能力同时还会促进骨生成相关基因的表达。在hASC中过表达MiR-34a再进行异位移植也会观察到骨形成能力增强。
中国研究人员:发现遏制乳腺癌进展的重要microRNA--《cancer research》
(广州中山大学)
Doi:10.1158/0008-5472.CAN-15-1770?
许多研究表明转录因子NF-kB在肿瘤细胞中存在异常激活,是导致许多肿瘤发生的一个重要驱动因素。在正常的生理条件下,NF-kB信号的表达强度和持续时间会在多个水平上得到严格调控,但NF-kB信号途径在癌症中持续激活的机制究竟是什么一直没有得到完全阐述。
最近来自广州中山大学的研究人员在国际学术期刊cancer research上发表了一项最新研究进展,他们发现了一种microRNA发生沉默可能参与癌细胞内NF-kB信号的异常激活。
在这项研究中,研究人员在乳腺癌细胞中研究了microRNA介导的NF-kB信号级联调控,并发现miR-892b表达在人类乳腺癌标本中显着下调,同时该microRNA的表达情况与病人生存期存在相关性。
研究人员通过体外实验和体内实验证明,在乳腺癌细胞中过表达miR-892b能够显着抑制肿瘤细胞生长,转移能力以及诱导血管生成的能力,而删除细胞中的miR-892b则会增强上述特性。实验表明miR-892b能够通过直接靶向抑制NF-kB的多个调节蛋白的表达,抑制NF-kB信号途径,其靶向目标包括TRAF2, TAK1以及TAB3,因此乳腺癌细胞中的miR-892b发生沉默会维持NF-kB活性,导致该信号通路持续激活,进而增强肿瘤细胞生长和转移能力。
中国研究人员:解答钠盐摄入如何影响血糖平衡--《cell metabolism》
(中国第三军医大学)
Doi:http://dx.doi.org/10.1016/j.cmet.2016.02.019?
来自中国第三军医大学的研究人员在国际学术期刊cell metabolism上发表了一项最新研究进展,他们发现钠盐的摄入能够通过一条由脂肪组织PPARδ介导的信号途径调节血糖平衡。这项研究对于指导人们健康饮食,帮助糖尿病病人预防心血管代谢病变具有重要意义。
高钠盐摄入是糖尿病患者发生高血压的一个主要风险因素,促进钠的排泄能够降低糖尿病患者出现心血管代谢病变的风险。但是目前关于钠盐的摄入与葡萄糖平衡之间的关系了解得仍然不够深入。
在这项最新研究中,研究人员报告称高钠盐摄入能够显着增加野生型小鼠的尿钠排泄,但是这种作用在脂肪组织特异性敲除了PPARδ的小鼠和糖尿病小鼠模型中受到了阻断。与此同时,研究人员发现使用激动剂或高钠盐摄入激活肾周脂肪的PPARδ能够调节脂肪组织adiponectin的水平,进而抑制肾脏钠-葡萄糖协同转运蛋白2(SGLT2)的功能,SGLT2是肾脏进行葡萄糖重吸收的一种主要转运蛋白,SGLT2抑制剂是一类重要的糖尿病治疗药物。上述结果表明高钠盐诱导的尿钠排泄过程受到脂肪组织PPARδ的调节作用,而PPARδ的这种调控作用需要adiponectin介导,并通过调节SGLT2 的功能来实现。
除此之外,研究人员还发现在糖尿病状态下,由于肾脏SGLT2的功能发生紊乱,高盐摄入诱导的尿钠排泄也受到了损伤。存在高血糖症的2型糖尿病病人尿钠排泄更少,这与他们血浆中的adiponectin水平有关
施一公是结构生物学家,主要研究手段——冷冻电镜。2017年诺贝尔奖化学奖就颁给了三位开发冷冻电镜技术的科学家,因为冷冻电镜将生命科学带入了新纪元,让大家看清了以往看不见的蛋白。施一公就是在这个新纪元中走在世界前列的学者。
他在细胞凋亡、大分子机器、膜蛋白研究领域国际领先,曾获国际赛克勒生物物理学奖、香港求是基金会杰出科学家奖、谈家祯生命科学终身成就奖、瑞典皇家科学院爱明诺夫奖等多个国内外大奖。他“一身三院士”--中国科学院院士、美国科学院外籍院士和美国艺术与科学院外籍院士。
2008年,施一公辞去美国普林斯顿大学终身讲席教授的工作,全职回到国内,2009~2016年期间担任清华大学生命科学学院院长,2015年起出任清华大学副校长至今。
在他的治下,清华生科院有了长足进步,在结构生物学领域居于世界领先地位,清华大学的生命科学学科独立实验室从40多个增加到了100多个。同时,他的学生一个个在国际生物学界崭露头角。
在施一公之前,发国际顶级期刊CNS(Cell,Nature和Science)对于中国学者来说是“鱼跃龙门”。到了施一公,发CNS易如反掌。不仅一年能发很多篇,能在2016年8月26日同期发两篇姊妹论文在Science上,还能在这些期刊上发一个主题(剪接体)的连载。
施一公告诉年轻人,想真正做到拔尖创新、立志将研究做到世界前沿,所有的知识内容都用得上。比如2013年的他还在看中学物理。木瓜君也是经历了多年的科学研究才体会到这一点。无奈作为综合大学标准生科院的配置,当年高等数学和大学物理从内容到师资,都是最低“版本”。
这样培养的科研人员如果想做交叉学科的研究,会发现本科低年级学的课程不对路。而一些世界名校的课程设置却能让学生融会贯通。他们为更高深的科研,打好了基础。其实当初为中国高等教育设置课程的也都是学界泰斗,但往往只局限于本领域。能够跨界看到这种缺陷的,也就是施一公。
扩展资料:
施一公的人物评价:
2008年2月,已成为美国普林斯顿大学终身讲席教授的施一公,毅然辞职回到母校清华大学,在海外华人界引起了不小的震动。美国国立健康研究院研究室主任、国际知名神经科学家鲁白说:“他是海外华人归国的典范和榜样”。
由中国科学报社、中国科协科普部、中国科技新闻学会等主办的“2013中国科学年度新闻人物”推选活动2014年1月24日晚正式揭晓,施一公为10位获奖者之一。
“他是闻名世界的结构生物学家,曾是美国普林斯顿大学分子生物学系建系以来最年轻的终身教授。2013年,他的科研小组研究进展不断:首次在RNA剪接通路中取得重大进展,为揭示生命现象的基本原理奠定了扎实的理论基础;
他运用X-射线晶体学手段在细胞凋亡研究领域做出突出贡献,为开发新型抗癌、预防老年痴呆的药物提供了重要线索……2013年也是他收获荣誉的一年,他当选为中国科学院院士和美国科学院、美国艺术与科学院双院外籍院士。他在科研中不忘育人之心,他深受学生爱戴。他就是清华大学生命学院院长施一公。”
在美国生活了18年的施一公,2008年初全职回到清华大学工作,后来还放弃了美国国籍。他的归来被认为是中国科技界吸引力增强的标志之一。
参考资料来源:百度百科—施一公
施一公大师的博客内容总是每次读起来都有新的感悟,总结起来:“要写好科研论文,必须先养成读英文文章的习惯,”“写科研论文,最重要的是逻辑。”
作为一个科研工作者,在国际学术期刊上发表科研论文是与同行交流、取得国际影响的必经之路。有些国内的科学家,实验做得很漂亮,但常常苦恼于论文的写作力不从心,成为国际交流的一大障碍。本文从博主的亲身体验出发,给博士生、博士后、以及年轻的PI提供一个借鉴。文章最后做简短总结。
我大学时的同班同学都知道,那时我的英语不算好(英语四级考试仅为“良”),写作尤其糟糕。初到美国之时,对英文环境适应得很差,读一篇JBC的文章要五、六个小时,还常常不理解其中一些关键词句的意思,心里压力极大。
很幸运,我在约翰霍普金斯大学(Johns Hopkins University)攻读博士学位时,1991年4月遇到了学兄和启蒙老师John Desjarlais。听了我的苦恼后,John告诉我,“Spend 45 minutes every day reading Washington Post, and you will be cruising with your written English in two years”(每天花45分钟读《华盛顿邮报》,两年后你的写作能力会得心应手)。这条建议正合我意 - 我原本就对新闻感兴趣!于是,我每天上午安排完第一批实验后,都会在十点左右花一小时的时间阅读《华盛顿邮报》,主要看A版(新闻版)。刚开始,我一个小时只能读两、三个短消息或一个长篇报道,中间还不得不经常查字典看生词。但不知不觉间,我的阅读能力明显提高,1992年老布什与克林顿竞选总统,我跟踪新闻,常常一个小时能读上几个版面的消息或四、五个长篇报道,有时还把刚看到的新闻绘声绘色地讲给师兄师姐听。
阅读直接提升了我的英文写作能力。看完一些新闻后,我常常产生动笔写自己感想的冲动。92年巴塞罗那奥运会,中国游泳队取得了四金五银的好成绩,美国主要媒体纷纷指责这是中国运动员服用违禁药物,但没有任何检测的证据,完全凭美国运动员的感觉。此事让我很气愤,我生平第一次给《华盛顿邮报》和《巴尔的摩太阳报》(The Baltimore Sun)各写了一封信,评论报道的不公平。没想到两天后《巴尔的摩太阳报》居然原封不动的把我的信刊登在“读者来信”栏目,同事祝贺,我也洋洋得意。受到此事鼓励,我在此后三年多的日子里,常常动笔,有些文章发表在报刊上(大部分投稿石沉大海),也曾代表中国留学生写信向校方争取过中国学生的利益。有时还有意外的惊喜。95年的一天,一位朋友打电话告诉我:今天出版的《巴尔的摩太阳报》上有我的评论文章!我急匆匆赶到街头买来5份报纸,果然,在A版的倒数第二页,以15x15厘米的篇幅发表了我一个多星期前寄给报社、本以为不会发表的一篇抨击吴宏达的文章。
以上是简述我个人英文写作提升的一段过程。但是,科研论文不同于读者来信,有其专业特点、甚至是固定格式。1994年,我第一次完整地写科研论文,感觉很差。好不容易写完的文章,连我自己都不愿意读第二遍;勉强修改之后,交给了老板Jeremy Berg。他拖了三周没看我的文章,我实在忍不住了、去催他,上午9点,Jeremy告诉我:今天看!11点,我去他办公室催,秘书拦住我,说Jeremy正在办理重要事务,两点前不得打扰。我心里惴惴,不知Jeremy在干什么。下午一点半,Jeremy急匆匆过来找我,拿了一叠纸, “This is the draft. Please let me know what you think. We can aim for a Science report.”(这是初稿,你看看如何,我们可以试试《科学》)我仔细一看,天啊!一共7页,四个多小时Jeremy已经把文章的整体写完了,只是缺少Method和 references。让我郁闷的是,他根本没有用我的初稿。
【其实,写文章贵在一气呵成。我也沿袭了Jeremy的风格。2006年10月,在我们处于劣势的激烈竞争中,有两个课题面临被 scoop的危险,我曾经两次、一晚上赶一篇文章。10月15日,傍晚8点左右开始写、通宵,第二天早晨10点完成一篇按照《细胞》杂志格式的论文,包括abstract, introduction, results, discussion,仔细阅读一遍后于下午4点半完成网上投稿。这篇文章最终发表在12月份《自然》的子刊《结构与分子生物学》上(电子版于11月10日发表)。另一篇,10月18日,晚6点开始写、通宵,第二天早晨8点完成,上午9点半完成投稿,最终发表在12月15日的《细胞》上。当然,能通宵完成一篇文章,还有一个重要前提,就是对研究领域非常熟悉,对文章整体的大概思路已经深思熟虑,所有的Figures都事先做好了。这些前期工作即使全身心投入也需要3-4天。】
从1994年自己写第一篇科研论文的艰难到现在写起来得心应手、驾轻就熟,我总结出如下经验:
1.要写好科研论文,必须先养成读英文文章的习惯,争取每天30-60分钟。刚开始可以选择以读英文报纸、英文新闻为主,逐渐转为读专业杂志。我会在近期专门写一篇博客文章介绍一套行之有效的增强读专业杂志能力的办法。
2.写科研论文,最重要的是逻辑。逻辑的形成来自对实验数据的总体分析。必须先讨论出一套清晰的思路,然后按照思路来做图(Figures),最后才能执笔。
3.具体写作时,先按照思路(即Figures)写一个以subheading为主的框架,然后开始具体写作。第一稿,切忌追求每一句话的完美,更不要追求词语的华丽,而主要留心逻辑(logic flow),注意前后句的逻辑关系、相邻两段的逻辑关系。写作时,全力以赴,尽可能不受外界事情干扰(关闭手机、座机),争取在最短时间内拿出第一稿。还要注意:一句话不可太长。
4.学会照葫芦画瓢。没有人天生会写优秀的科研论文,都是从别人那里学来的。学习别人的文章要注意专业领域的不同,有些领域(包括我所在的结构生物学)有它内在的写作规律。科研文章里的一些话是定式,比如 “To investigate the mechanism of …, we performed …”, “These results support the former, but not the latter, hypothesis …”, “Despite recent progress, how … remains to be elucidated …” 等等。用两次以后,就逐渐学会灵活运用了。在向别人学习时,切忌抄袭。在美国一些机构,连续7个英文单词在一起和别人的完全一样,原则上就被认为抄袭(plagiarism)。
5.第一稿写完后,给自己不要超过一天的休息时间,开始修改第二稿。修改时,还是以逻辑为主,但对每一句话都要推敲一下,对abstract和正文中的关键语句要字斟句酌。学会用“Thesaurus”(同义词替换)以避免过多重复。第二稿的修改极为关键,再往后就不会大改了。
6.第二稿以后的修改,主要注重具体的字句,不会改变整体逻辑了。投稿前,一定要整体读一遍,对个别词句略作改动。记住:学术期刊一般不会因为具体的语法错误拒绝一篇文章,但一定会因为逻辑混乱而拒绝一篇文章。
这套方法行之有效,我对所有的学生和博士后都会如此教导。我的第一个博士后是柴继杰,1999年加入我在普林斯顿大学的实验室。继杰当时的英文阅读和写作能力很差。我对他的第一个建议就是,“每天花半小时读英文报纸”。难能可贵的是:他坚持下来了!经过几年的努力,2004年继杰已经能写出不错的grant proposal,2006年他的第一篇独立科研论文发表在《Molecular Cell》上,随后相继在《自然》发表两篇、在其它一流学术期刊发表十多篇论文。写作能力开始成熟。
发表论文是一件值得高兴的事情,但要明白:论文只是一个载体,是为了向同行们宣告你的科研发现,是科学领域交流的重要工具。所以,在科研论文写作时,一定要谨记于心的就是:用最简单的话表达最明白的意思,但一定要逻辑严谨!其实,中文和英文论文皆如此!
经验贴二:
常见的英文写作错误: