一、主体不同
1、万方期刊：是由万方数据公司开发的，涵盖期刊、会议纪要、论文、学术成果、学术会议论文的大型网络数据库。
2、中国知网：是国家知识基础设施的概念，由世界银行于1998年提出。
3、重庆维普期刊：是一系列的学术期刊杂志，均是经国家新闻出版广电总局批准，由科技部西南信息中心主管，重庆维普资讯有限公司主办的国家级电子学术期刊。
二、内容不同
1、万方期刊：集纳了理、工、农、医、人文五大类70多个类目共7600种科技类期刊全文。
2、中国知网：实现全社会知识资源传播共享与增值利用为目标的信息化建设项目。由清华大学、清华同方发起，始建于1999年6月。
3、重庆维普期刊：是为了推动中国学术产业健康发展，响应国家新闻出版总署关于学术期刊要向集团化、产业化、电子化方向发展，进一步净化学术空气，浓厚学术氛围，而搭建的广大学术工作者有效的学术交流平台。
三、特点不同
1、万方期刊：国内唯一的学术会议文献全文数据库，主要收录1998年以来国家级学会、协会、研究会组织召开的全国性学术会议论文，数据范围覆盖自然科学、工程技术、农林、医学等领域，是了解国内学术动态必不可少的帮手。
2、中国知网：采用自主开发并具有国际领先水平的数字图书馆技术，建成了世界上全文信息量规模最大的"CNKI数字图书馆"，并正式启动建设《中国知识资源总库》及CNKI网格资源共享平台。
3、重庆维普期刊：分教育、医药、经济、商业、科研、农业、工业等9本期刊，维普网全文收录，月刊，国家级刊物。
参考资料来源：百度百科-万方数据库
参考资料来源：百度百科-中国知网
参考资料来源：百度百科-维普学术期刊
万方数据库、中国知网的区别如下：
简单比较：
1、从收录情况来看，维普收录最久，万方收录时间最短，但是现刊万方收录最好，维普最近两年的很多期刊都没有了，特别是医学类的。
2、文档的清晰度：万方最高，维普最差。
3、使用方便性：知网和万方差不多，维普最差。
4、其它：万方的期刊浏览功能做的很好。
更加深入比较：
中国知识资源总库（CNKI）《中国知识资源总库》是由清华大学主办、中国学术期刊（光盘版）电子杂志社出版、清华同方知网（北京）技术有限公司发行、数百位科学家、院士、学者参与建设，精心打造的大型知识服务平台和数字化学习系统。
目前，《总库》囊括了自然科学、人文社会科学及工程技术各领域知识，拥有期刊、报纸、博硕士培养单位的博士和优秀硕士学位论文、全国重要会议论文、中小学多媒体教辅以及1000多个加盟数据库。全文采用CAJ和PDF格式，必须下载专门的CAJ和PDF浏览器才可阅读。
中国知识资源总库的重点数据库有：
《中国期刊全文数据库（CJFD）》截至2007年3月共收录了国内8127种期刊，全文文献总量已达2272万多篇，收录起始时间一般为1994年，个别追溯到1979年或创刊年，按学科分126个专题，内容每日累增。产品形式有网络形式、光盘形式、《中国期刊专题全文数据库光盘版》。
《中国优秀博硕士学位论文全文数据库（CDMD）》收录2000年至今300多个博硕士培养单位的学位论文，内容每日累增。
《中国重要报纸全文数据库（CCND）》收录2000年至今1000多种重要报纸，内容每日累增。
《中国重要会议论文集全文数据库》（CPCD）收录2000年至今400家学术团体的会议论文，内容每日累增。
《中国企业知识仓库（CEKD）》收录国内5400余种核心与专业特色期刊、博硕论文、报纸、行业标准、法律法规、行业经济数据统计、行业深度研究报告、技术发展动态、国外经济发展动态等信息，涵盖企业技术创新、经营决策、企业管理、WTO、行业动态等专业资料信息。
《中国图书全文数据库》《中国年鉴数据库》《各行业百科数据库》《声像资料数据库 》《《保持共产党员先进性教育》专题数据库》等。
以中国期刊全文数据库为例讲解CNKI的检索方式。中国期刊全文数据库有分类检索、初级检索、高级检索和专业检索四种方式。在每种方式的检索结果（包括二次检索的检索结果）里都可以进行二次检索，可以无数次的进行，逐步缩小检索范围，直至检索结果为零。
万方数据库收录了理、工、农、医、人文五大类70多个类目共4529种科技期刊全文。 在百度里搜索“万方数据库”，打开网站。万方数据库中论文检索分简单检索和高级检索。 一、万方数据库中简单检索的操作步骤： 1、 万方数据库网站上方的检索框如下图。
