因为JCR是Q4均分法，也就是按照25%一栏的分区方式。而中科院分区不一样，他采用的是大类套小类的分区方式，先分大区，然后再看小区，突出一个顶端优势。
每个大类前5%的期刊设定为一区期刊，同时为了增加TOP期刊的容量，一区期刊都是TOP。而二区期刊不仅仅要看影响因子，还要看引用频次，在小区内的影响力，所以即便影响因子高，也未必是TOP（引用频较高的前10%的期刊，会被列为TOP）。
扩展资料：
期刊分期方法如下：
1、把每一个学科的期刊集合（数量为n本）按照3年平均IF降序排列，以下各步计算，均基于此顺序。
2、前5%期刊（该学科期刊总数量的5%，即5%*n）为1区期刊。
3、剩下的95%期刊中，计算它们的3年平均IF的总和（S），然后求总和的1/3（S/3），剩下3个区的每区的期刊影响力累积和各为S/3。
4、上一步的期刊集合（也即除1区期刊外的期刊集合）中，从第1本期刊往后计数，如果它们的3年平均IF的总和(S2)等于上个步骤计算出的总和S/3，那么这些期刊就是2区期刊；相同的方式可以划分出3区期刊，剩下所有期刊为4区期刊（S2=S3=S4= S/3）。
5、最终划分出来的1、2、3、4个区期刊数量分布。
参考资料来源：绍兴文理学院图书馆-中科院JCR期刊分区介绍
参考资料来源：百度百科-中科院JCR期刊分区
中科院sci分区和JCR分区是不同的。
JCR分区：
JCR分区是把某一个学科的所有期刊的上一年的影响因子按降序排列，然后进行等分，分为四个区，每个区所占的比例是相等的，均为25%，一区：前25%；二区25%~50%；三区50%~75%；四区75%~100%。
中科院SCI分区：
中科院SCI分区是按期刊的三年的平均影响因子来划分的，一区：前5%；二区：6%~20%；三区：21%~50%；四区：后50%；
二者的区别：
1、两种分区方式参考的期刊影响因子的年限不同，JCR分区参考的是各个期刊上一年度的影响因子，而中科院SCI分区参考的是期刊前三年的平均影响因子。
2、对期刊的分区阈值选取不同，JCR是按等比例划分的，中科院SCI则是指定阈值，中科院SCI分区的一区、二区和三区的影响因子均高于JCR分区。
3、期刊学科分类存在差异，JCR分区按照小类的专业划分，共有176个，而中科院SCI分区是基于JCR分区，将176个小类专业合并为了医学、生物学等14个学科。
在说两种分区前，首先说说什么是影响因子。
影响因子，英文：Impact Factor，简称IF，是汤森路透（Thomson Reuters）出品的期刊引证报告（Journal Citation Reports，JCR）中的一项数据，即某期刊前两年发表的论文在该报告年份（JCR year）中被引用总次数除以该期刊在这两年内发表的论文总数，是国际上通行的期刊评价指标。
通俗地讲，影响因子就是衡量期刊质量和影响力大小的评价指标，一般影响因子越高，期刊越好。
而SCI的两种分区都是基于SCI 收录的期刊影响因子基础之上进行的——
一种是科睿唯安（Clarivate Analytics，原汤森路透知识产权与科技事业部）公司制定的分区，即JCR分区，一种是中国科学院国家科学图书馆制定的分区，简称中科院分区。
科睿唯安每年出版JCR《期刊引用报告》，JCR将收录期刊分为176个不同学科类别，每个学科分类按照期刊的影响因子高低，平均分为Q1、Q2、Q3和Q4四个区：各学科分类中影响因子前25%(含25%)期刊划分为Q1区，前25%～50% (含50%)为Q2区，前50%～75% (含75% )为Q3区， 75%之后的为Q4区。这就是JCR分区。
在JCR分区中，期刊的数量平均分为四个部分。
中科院分区是将JCR中所有期刊分为数学、化学、生物、地学、天文、工程技术、医学、环境科学、农林科学、社会科学、管理科学以及综合性期刊13大类，然后按照各类期刊影响因子分别将每个类别划分为以下4个区：前5%的期刊为1区，6%-20%的期刊为2区，21%-50%的期刊为3区，剩下的就是4区期刊。
在中科院的分区中，期刊数量呈金字塔状分布。
由此可以总结出两种分区的区别：
1.学科类别上的，JCR划分了176个具体的学科，中科院只划分了13个大类；
2.分区的比例不一样，中科院一区的期刊是在13个类别中，选取其中的5%，这样一区的期刊就很少，导致有些期刊再JCR上能排到Q1，但是在中科院分区中，只能处于2区或3区。
尽管两种分区方式都比较权威，但是国际上普遍认可JCR分区，而国内则更倾向于中科院分区。当然，实际生活中，不同机构对两种分区认可度不同，有的单位甚至还有自己的分区，因此，作者投稿前最好先确认自己单位认可哪个分区，或者究竟是怎么分区的，避免出错。
目前，我国采用的两种主流分区方式为：一是中国科学院国家科学图书馆制定的分区（简称中科院分区），二是科睿唯安公司制定的分区（也就是我们常说的JCR分区，原来是汤森路透，后改由科睿唯安发布）。SCI分区的主要依据是影响因子，影响因子的高低，在一定程度上可以反映一个期刊的影响力。“影响因子，是汤森路透出品的期刊引证报告中的一项数据。影响因子现已成为国际上通用的期刊评价指标。因每年期刊的影响因子会有所浮动，将影响因子定值作为学术评价指标也不够客观，且不同学科之间的影响因子差异较大，无法进行对比，
按影响因子大小排序，进行等级划分？
1、JCR分区：汤森路透每年会出版一本《期刊引用报告》（简称JCR），对86000多种SCI期刊的影响因子（Impact Factor）等指数加以统计。JCR将收录期刊分为178个不同学科类别。每个学科分类按照期刊的影响因子高低，分为Q1、Q2、Q3和Q4四个区，每个区占比25%。
2、中科院分区：中科院是将JCR中所有期刊分为18个大类，小类按照JCR的178个学科分布。然后将18个大类期刊按照各类期刊影响因子划分为4个区。即1区、2区、3区和4区，每个区占比不同。而我们国内常说的一区二区，指的就是中科院的分区。
3、ISSN刊物，是指在我国境地外注册，国内、外公开发行的刊物。该类刊物的刊号前标注有ISSN字母。现在许多杂志则同时具有CN和ISSN两种刊号。
法律依据：《科学技术期刊管理办法》 第十六条 正式期刊每年只允许出版一期增刊。全国性期刊增刊由国家科委核批；地方性期刊增刊由省、自治区、直辖市科委商新闻出版局核批。批准件报国家科委、新闻出版署和当地新闻出版局备案。凡经批准出版的增刊，均需到省、自治区、直辖市新闻出版局办理“期刊增刊许可证”。
