免疫程序要根据当地鸡病流行情况、雏鸡母源抗体水平等实际情况来制定。以下是商品蛋鸡的一个参考免疫程序：
1日龄：注射马立克疫苗；
7日龄：新、支（H-120）二联苗滴鼻、点眼或饮水；
14日龄：法氏囊苗饮水、点眼或滴鼻；
24日龄：新、支、法（小三联）苗饮水，小三联油苗胸肌注射（0.3毫升/只）；
35日龄：鸡痘苗刺种（需两针约0.01毫升/只）；
50日龄：慢呼（鸡毒支原体）苗点眼；
80日龄：Ⅰ系苗、新城疫油苗同时肌注；
110日龄：注射新、支、减（大三联）苗（0.8毫升/只）；
125日龄：注射鼻炎苗（0.5毫升/只）；250日龄：大三联油苗胸肌注射（0.8毫升/只）。
如受禽流感威胁，安排7～10日龄首免禽流感，30日龄左右二免，开产前和300日龄分别追加1次禽流感多价灭活苗。
免疫过程是动物体在抗原刺激下发生的极为复杂的反应，它受到诸多因素的影响。所以，制定免疫程序时，一定要根据各自的实际情况，统筹兼顾，周密安排。
第一，根据本场、本地区疾病发生的实际情况，确定所需接种的疫苗。一般说，当地有该病流行或可能受威胁时，才进行该种病的免疫接种，没有威胁的可不接种；否则，不仅浪费了人力、物力，还会使疫病的血清学诊断复杂化，甚至因接种的各个环节处理不当，引起鸡群感染发病。
第二，疫苗接种的时间、用量、次数等与免疫效果有着十分紧密的联系。要根据鸡的日龄、免疫状态、饲养周期、疫病流行病学特点等确定适宜的免疫日期和次数。比如说，对雏鸡初次免疫时，要考虑母源抗体的水平。过早接种，可能会因体内母源抗体的中和作用而使疫苗失效或减效；过迟接种，则又会增加感染的危险。同样，如需强化免疫时，也必须注意到体内抗体的残存量。一般疫苗需间隔7～10天，类毒素需间隔6周以上；使用弱毒活苗时，常常只需一次接种，蛋鸡所有的免疫接种最好都安排在开产前进行，以免影响产蛋。
第三，确定合适的接种剂量和方法。剂量过小，不能有效地刺激机体产生免疫反应；剂量过大，则又会抑制免疫反应，引起所谓免疫麻痹。接种剂量一定要根据产品说明书确定，不能随意增减。免疫方法要根据养鸡规模、疫苗特性及使用要求决定，尽量做到方便、易行、保证效果确实。
第四，分别使用几种疫苗时，应安排适当间隔时间，以防止相互干扰作用，影响免疫效果。按目前的常用疫苗，现列举蛋鸡的免疫程序供参考：
出壳后24小时内：鸡马立克氏病疫苗，皮下注射。
7～10日龄：鸡新城疫Ⅱ系或Ⅳ系苗，滴鼻、点眼或饮水免疫。
10～14日龄：鸡传染性法氏囊弱毒苗，饮水。
20～24日龄：鸡传染性支气管炎H120苗，饮水或滴鼻；鸡痘弱毒苗，刺种；传染性喉气管炎弱毒苗，饮水或点眼（疫区使用）。
25～30日龄：鸡新城疫Ⅳ系油苗，肌肉注射或皮下注射；鸡传染性法氏囊弱毒苗，饮水。
50～60日龄：鸡传染性支气管炎H120，饮水；鸡传染性喉气管炎弱毒疫苗，饮水（疫区使用）。
110～120日龄：鸡新城疫油苗，皮下注射或肌肉注射；产蛋下降综合征油苗，皮下注射或肌肉注射；传染性支气管炎H52，饮水；鸡痘弱毒苗，刺种。
