1、组织评价的单位不同
中国科学技术信息研究所出版的“中国科技论文统计源期刊”，又称“中国科技核心期刊”，学科范畴主要为自然科学领域，是目前国内比较公认的科技统计源期刊目录。受科技部委托，权威性名列国内首位。
中文核心期刊是北京大学图书馆联合众多学术界权威专家鉴定，目前受到了学术界的广泛认同。从影响力来讲，其等级属同类划分中较权威的一种，是除南大核心、中国科学引文数据库（cscd）以外学术影响力最权威的一种。
2、评选方法不同
根据来源期刊的引文数据，进行规范化处理，计算各种期刊总被引频次、影响因子、即年指标、被引半衰期、论文地区分布数、基金论文数和自引总引比等项科技期刊评价指标，并按照期刊的所属学科、影响因子、总被引频次和期刊字顺分别进行排序。
核心期刊定量评价，采用了被索量、被摘量、被引量、他引量、被摘率、影响因子、被国内外重要检索工具收录、基金论文比、Web下载量等9个评价指标，选作评价指标统计源的数据库及文摘刊物达60余种，统计文献量达221177余万篇次（2006至2008年），涉及期刊14400余种。
3、领域不同
中文核心：《中文核心期刊目录总览》由北京大学图书馆和北京高校图书馆期刊工作研究会主持。包括各个学科领域。
中国科技核心：中国科学技术信息研究所出版的“中国科技论文统计源期刊”，又称“中国科技核心期刊”，学科范畴主要为自然科学领域，是目前国内比较公认的科技统计源期刊目录。因其受科技部委托，带有官方色彩，权威性名列国内首位。
参考资料来源：百度百科-中国科技核心期刊
参考资料来源：百度百科-中文核心期刊
1、出版社不同
中文核心期刊：是北京大学出版社发行部出版的图书。
中国科技核心期刊：中国科学技术信息研究所出版的中国科技论文统计源期刊。
2、涵盖范围不同
中文核心期刊：包括各个学科领域。
中国科技核心期刊：学科范畴主要为自然科学领域，是目前国内比较公认的科技统计源期刊目录。受科技部委托，权威性名列国内首位。
中国科技核心期刊遴选指标体系建设
1、定量指标：根据来源期刊的引文数据,进行规范化处理,计算各种期刊总被引频次、影响因子、即年指标、被引半衰期、论文地区分布数、基金论文数和自引总引比等项科技期刊评价指标，并按照期刊的所属学科、影响因子、总被引频次和期刊字顺分别进行排序。
2、定性指标：一是编辑队伍考核。对编辑人员从数量到质量进行严格审核，这是保证期刊质量的持续提升的基础。执行主编或常务副主编必须具备该专业期刊高级职称或相当于该职称的学术水平，并在本专业有持续的在研项，使其学术水平有不断的提高。
期刊编辑部要有良性的经济循环和较高的社会效益考核；期刊在评定期内的获奖情况,以及期刊中论文获奖情况 。
以上内容参考：百度百科——中国科技核心期刊
