学报《北京大学学报》共有三个分版，即《自然科学版》、《人文科学》（后改为哲学社会科学版）和《医学版》，历史悠久，其中，自然科学版创建于1955年12月，哲学社会科学版创刊于1955年，医学版创刊于是1959年，在国内外均有重大影响力。
北京大学学报：哲学社会科学版
主管单位：教育部
主办单位：北京大学
主 编：程郁缀
刊 期：双月刊
北京大学学报(医学版)杂志编辑部
主办：北京大学
出版周期：双月刊出版地：北京市
语种：中文
ISSN：1671-167X
北京大学学报：自然科学版
主管单位：教育部
主办单位：北京大学
主 编：赵光达
《北京大学学报（自然科学版）》（双月刊）创建于1955年12月，是北京大学主办的自然科学（包括技术科学）综合类学术性刊物。主要刊登北京大学教师、研究生及海内外校友在基础科学、技术科学和边缘科学等领域的研究成果及综述性文章。由北京大学18个理科院、系、所的30名教授组成学报编委会，负责确立学报的办刊宗旨及审定论文的学术质量。学报被国际权威检索文献数据库CA，SA，MR，GR以及EI等收录，是国内自然科学综合类学科的核心期刊，在国内的被引用率、因子影响等在综合类学术期刊中都名列前茅）。
北京大学学报(自然科学版)》创建于1955年12月, 是北京大学主办的自然科学(包括技术科学)综合类学术性刊物。主要刊登基础科学、应用科学及交叉科学等领域的研究成果及综述性文章。由北京大学理工科的40名教授组成编委会, 负责确立学报的办刊宗旨及审定论文的学术质量。
自1995年以来, 《北京大学学报(自然科学版)》获得国家级、教育部、北京市及其他奖励若干项:
·1995年7月获北京市高校系统自然科学学报“三优”评比一等奖；11月获国家教委“全国高校自然科学学报系统优秀学报二等奖”
·1996年11月获国家教委“国家教委系统优秀科技期刊一等奖”
·1997年3月获中宣部、新闻出版署、国家科委联合颁发的“第二届全国优秀科技期刊一等奖”
·1999年5月获教育部“全国高校优秀科技期刊一等奖”
·1999年10月获国家首届“国家期刊奖”
·2001年11月经新闻出版总署和科技部等有关部委选定, 进入国家“期刊方阵”中最高一层的“双高”(高水平、高知名度)期刊阵列, 成为教育部主管的综合性大学自然科学学报唯一入选者
·2002年12月获第二届“国家期刊奖”提名奖
·2004年9月获教育部“全国高校优秀科技期刊一等奖”
·2005年1月获第三届“国家期刊奖”提名奖
·2009年获中国期刊协会“新中国60年有影响力的期刊”奖
·2010年12月获第二届中国出版政府奖期刊奖提名奖
·2010年以来历年获得教育部科技发展中心“中国科技论文在线优秀期刊”一等奖
·2006年以来获教育部历届“中国高校精品期刊奖”和“中国高校杰出科技期刊奖”
·入选中国科学技术信
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