一、主体不同
1、万方期刊：是由万方数据公司开发的，涵盖期刊、会议纪要、论文、学术成果、学术会议论文的大型网络数据库。
2、中国知网：是国家知识基础设施的概念，由世界银行于1998年提出。
3、重庆维普期刊：是一系列的学术期刊杂志，均是经国家新闻出版广电总局批准，由科技部西南信息中心主管，重庆维普资讯有限公司主办的国家级电子学术期刊。
二、内容不同
1、万方期刊：集纳了理、工、农、医、人文五大类70多个类目共7600种科技类期刊全文。
2、中国知网：实现全社会知识资源传播共享与增值利用为目标的信息化建设项目。由清华大学、清华同方发起，始建于1999年6月。
3、重庆维普期刊：是为了推动中国学术产业健康发展，响应国家新闻出版总署关于学术期刊要向集团化、产业化、电子化方向发展，进一步净化学术空气，浓厚学术氛围，而搭建的广大学术工作者有效的学术交流平台。
三、特点不同
1、万方期刊：国内唯一的学术会议文献全文数据库，主要收录1998年以来国家级学会、协会、研究会组织召开的全国性学术会议论文，数据范围覆盖自然科学、工程技术、农林、医学等领域，是了解国内学术动态必不可少的帮手。
2、中国知网：采用自主开发并具有国际领先水平的数字图书馆技术，建成了世界上全文信息量规模最大的"CNKI数字图书馆"，并正式启动建设《中国知识资源总库》及CNKI网格资源共享平台。
3、重庆维普期刊：分教育、医药、经济、商业、科研、农业、工业等9本期刊，维普网全文收录，月刊，国家级刊物。
参考资料来源：百度百科-万方数据库
参考资料来源：百度百科-中国知网
参考资料来源：百度百科-维普学术期刊
简单来说区别有这几点：1、从收录情况来看，万方收录时间最短，但是现刊万方收录最好，前者是是医学类的。2、文档的清晰度：万方最高。3、使用方便性：知网和万方差不多。4、其它：万方的期刊浏览功能做的很好。5、前者主要收录的是生物和医学相关文献，后面两个这方面也有，但不多，主要在于其他方面的，比如工程、材料、化学、地质、文学等。。——威斯腾生物百度知道
其实大体是没有什么本质性区别的，只能说她们收录的期刊不是全部一样的，比如中华医学会系列期刊的收录权已经卖给万方数据库，万方属于独家收录中华牌的系列期刊，那么在检索的时候中国知网是检测不到之前中华医学会系列期刊收录的文章的，所以在这块无法查重（学术不端检索）。其他大体基本都是一样的。
中国知网，万方，维普区别在于数据库、收录年限、数据处理效率的不同。具体如下：
1、数据库内容不同：
知网从1994年起，收录了6000多种期刊，其中有5400多种是全文期刊，约664万篇全文。以收录核心期刊和专业期刊为主，共9大系列126个专题。
维普1989年至1999年收录期刊达7000余种，2000年以来达到12000余种，几乎涵盖全部国内中文出版物。内容以自然科学和工程技术为主。
万方1998年以来共收录期刊2700余种，约30余万篇全文。学科分为基础科学、人文科学、医药卫生、工业技术。核心期刊比例高。内容以科技信息为主，兼顾人文，适合工科或理工科院校。
2、收录年限不同：
知网：主要为1994年至今，但有3500余种期刊回溯至创刊年。
维普：收录期刊的年限为1989年至今。
万方：收录期刊的年限1998年。
3、数据处理效率不同：
知网：论文类“每日更新”，其他大多数资料每月更新，针对全库更新。
万方：不定期更新，更新量不定。
维普：半月更新。
