《安徽医科大学学报》是安徽医科大学主办的医学综合类学术期刊。主要刊登医学科研、医疗成果和进展的学术性期刊，国内外公开发行。主办单位为安徽医科大学，主管单位为安徽省教育厅。主编是著名妇产科学和生殖医学专家曹云霞教授。
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该刊被美国《化学文摘》（CA）收录、利用，化学文摘服务社给予CODEN码为AIHPD5。 为中国科技论文统计源期刊即中国科技核心期刊，被中国医学文摘（基础医学、外科学、内科学、儿科学、皮肤科学、肿瘤学、放射诊断、眼科学、耳鼻咽喉科学、口腔医学、检验与临床、护理学、中医、老年学等）、中国药学文摘（CPA）、中国生物学文摘、中文科技资料目录、CSTA、CD-CMCC、Abstracts of Chinese Medicine、中国学术期刊光盘版、中文科技期刊数据库、万方数据库、中国生物医学光盘数据库等20多种国内外检索期刊和数据收录。
1985年，我校改为安徽医科大学，该刊更名为《安徽医科大学学报》，徐叔云同志任编委会主任委员。1988年报刊重新登记，该刊国内统一刊号：CN34-1065,主编为龚西瑜同志。1989年7月增补黄河胜同志为编辑部副主任。1990年12月，学报调整编委会，徐叔云同志任主任委员兼主编，张方正同志任副主任委员兼常务副主编，吴系科、姚立人、孙桂华同志任副主编，孙君健同志任编辑部主任，陈国安、胡茅轩、黄河胜、宣正荣（兼）同志任副主任。1992年3月，黄河胜同志任编辑部主任，1995年4月，孙勇、王立龙同志任编辑部副主任。1995年第一期起，学报改为双月刊。1997年12月，编委会调整，徐叔云同志继续任编委会主任兼主编，李宗寅同志任副主编，张学军同志任常务副主编。2001年3月学校设出版中心，负责编辑、管理和指导安徽医科大学各期刊的编辑出版工作，黄河胜同志任主任,孙勇、王立龙同志任副主任,出版中心由校长直属管理。《安徽医科大学学报》是该中心主要杂志之一，孙勇副主任分管《安徽医科大学学报》的编辑出版工作。2001年5月再次调整编委会，张学军同志任编委会主任兼主编，刘建辉同志任副主编；2007年7月调整编委会，张学军教授连任主编，李俊、曹云霞、朱启星、许戈良同志任副主编。2009年，黄河胜同志任出版中心主任，王立龙、夏青、王劲松等同志任出版中心副主任。夏青同志分管《安徽医科大学学报》的编辑出版工作，2011年改为月刊。2014年5月，曹云霞教授任编委会主编。
