毕业论文被上传到百度文库

是的，涉嫌侵权，与侵权方协商或诉讼解决了。

自己写的毕业论文自己蠢传上了百度文库，现在发表是不是不可以了

可以发表，但发表前需备好，整理好原论文草稿，以防止以后别人跟你打知识侵权官司，有备无患嘛！

如果论文只是上传到网上，并没有对外公开，这种情况下是不会影响学校论文查重的，除非有人恶意将你的论文四处传播。如果论文是被上传到百度文库等开放平台，正好又能被大家检索到，这样查重系统在比对网络资源时，很可能会把你的论文当成重复内容来进行过判定。

你描述的这种情况，论文提交查重，重复率会非常高的，这种情况下没有特别好的办法，自己的论文一定要保护好不要泄露，以后工作中的职称评审等也是有作用的。