1985年，我校改为安徽医科大学，该刊更名为《安徽医科大学学报》，徐叔云同志任编委会主任委员。1988年报刊重新登记，该刊国内统一刊号：CN34-1065,主编为龚西瑜同志。1989年7月增补黄河胜同志为编辑部副主任。1990年12月，学报调整编委会，徐叔云同志任主任委员兼主编，张方正同志任副主任委员兼常务副主编，吴系科、姚立人、孙桂华同志任副主编，孙君健同志任编辑部主任，陈国安、胡茅轩、黄河胜、宣正荣（兼）同志任副主任。1992年3月，黄河胜同志任编辑部主任，1995年4月，孙勇、王立龙同志任编辑部副主任。1995年第一期起，学报改为双月刊。1997年12月，编委会调整，徐叔云同志继续任编委会主任兼主编，李宗寅同志任副主编，张学军同志任常务副主编。2001年3月学校设出版中心，负责编辑、管理和指导安徽医科大学各期刊的编辑出版工作，黄河胜同志任主任,孙勇、王立龙同志任副主任,出版中心由校长直属管理。《安徽医科大学学报》是该中心主要杂志之一，孙勇副主任分管《安徽医科大学学报》的编辑出版工作。2001年5月再次调整编委会，张学军同志任编委会主任兼主编，刘建辉同志任副主编；2007年7月调整编委会，张学军教授连任主编，李俊、曹云霞、朱启星、许戈良同志任副主编。2009年，黄河胜同志任出版中心主任，王立龙、夏青、王劲松等同志任出版中心副主任。夏青同志分管《安徽医科大学学报》的编辑出版工作，2011年改为月刊。2014年5月，曹云霞教授任编委会主编。
