根据2015年8月学院官网，学院获得国家“973”牵头项目2项（首席），“国家杰出青年基金”项目4项，国家“973”二级课题、“863”计划10余项，国家自然科学基金重点项目、重大国际合作项目、面上项目150余项，省部级项目100 余项。2012年至2015年获得国家科技进步二等奖1项，中华医学一等奖1项，教育部自然科学/科技进步一等奖3项，江苏省科技进步奖10项；发表SCI论文300余篇，申请并获得授权专利30多项。根据国际权威基本科学指标数据库（Essential ScienceIndicators，简称ESI） 排名，2011年东南大学临床医学进入世界科研机构的前1%，排名持续上升。 滕皋军教授及其团队经过十余年的不懈努力，成功创制出第二代、第三代新型消化道支架，为消化道梗阻病人找到了更为有效的治疗方法，取得了极佳的经济效益与社会效益，成果获得了2011 年度国家科技进步二等奖。 根据2015年8月学院官网，学院拥有15个研究中心或研究所，1个教育部重点实验室，2个江苏省重点实验室。教育部重点实验室：发育与疾病相关基因教育部重点实验室江苏省重点实验室：分子影像与功能影像实验室、江苏省生物药物高技术研究重点实验室 东南大学学报（医学版）《东南大学学报（医学版）》前身为《南京铁道医学院学报》，1960年创刊，1964年停刊，1983年复刊。复刊前学报作为第1卷，复刊后从第2卷起连续出刊，为半年刊。1987年起为季刊，1989年获准公开发行。随着南京铁道医学院与东南大学合并，原刊于2001年9月更名为《东南大学学报（医学版）》，2003年改为双月刊。学报由教育部主管、东南大学主办，为综合性医学学术期刊，主要刊登基础医学、临床医学、公共卫生与预防医学、中西医结合、药学等方面的研究成果及新技术新方法，病例报告以及综述等；并以分子遗传、影像医学、心脏介入、急诊医学为办刊特色。《东南大学学报（医学版）》为中国科技论文统计源期刊，即中国科技核心期刊，该刊一直被《中国核心期刊（遴选）数据库》、《中国学术期刊综合评价数据库》、《中国科学引文数据库》、《中国期刊网》、《中国学术期刊（光盘版）》、《中文科技期刊数据库》、《万方数据资源系统》、《天元数据网》全文收录，同时被《中国药学文摘》、《中国医学文摘》各分册收录。2000年在首届《CAJ-CD规范》执行评优活动中获“执行优秀奖”。
Journal of Southeast University(English Edition)是东南大学主办的以机械动力、能源环境、材料科学、电力电气、通信工程、电子工程、计算机工程、自动控制、仪器科学、土木交通和生物医学等专业学科为主的学术期刊。2.期刊信息主管单位：中华人民共和国教育部主办单位：东南大学主编：毛善锋ISSN：1003-7985CN：32-1325/N地址：南京四牌楼2号邮政编码：210096
建筑学研究前沿（Frontiers of Architectural Research）是由教育部主管、高等教育出版社有限公司和东南大学联合主办、高等教育出版社有限公司出版、Elsevier B.V. 负责生产与托管服务的Frontiers系列英文学术期刊之一，以网络版和印刷版两种形式出版，于2012年1月创刊，全英文季刊。该刊主编是东南大学建筑学院王建国教授。该刊是一本发表原创的研究论文、综述和案例分析的国际学术刊物，旨在促进建筑领域的学者、建筑师和工程师之间的快速学术交流。覆盖的主题包括但不局限于：建筑设计与理论、建筑技术科学、城市规划与设计、风景园林、建筑更新与遗产保护等。本刊优先发表采用严格科学方法和使用前沿技术进行研究的论文，同时也欢迎探讨建筑社会属性的高水平论文。对所有论文将严格进行同行评议并只接受英文投稿。
《东南大学学报. 哲学社会科学版》 是北大中文核心期刊，算是国家级核心期刊。
《岩土工程学报》（EI，CSCD核心，全国中文核心）
《土木工程学报》（EI，CSCD核心，全国中文核心）
《建筑结构学报》（EI，CSCD核心，全国中文核心）
《岩土力学》（EI，CSCD核心，全国中文核心）
《重庆大学学报》（EI，CSCD核心，全国中文核心）
《煤炭学报》（EI，CSCD核心，全国中文核心）
《中国矿业大学学报》（EI，CSCD核心，全国中文核心）
《中南大学学报》（EI，CSCD核心，全国中文核心）
《东南大学学报》（EI，CSCD核心，全国中文核心）
《同济大学学报》（EI，CSCD核心，全国中文核心）
《矿业研究与开发》（全国中文核心）
《采矿与安全工程学报》（EI，全国中文核心）
《岩石力学与工程学报》（EI，全国中文核心）
《工业建筑》（CSCD核心，全国中文核心）
《混凝土》（全国中文核心）
《水文地质工程地质》（CSCD核心，全国中文核心）
《水利学报》（EI，全国中文核心）
《人民长江》（CSCD核心，全国中文核心）
《长江科学院院报》（全国中文核心）
《矿业安全与环保》（全国中文核心）
《中外公路 》
《现代隧道技术》
《科技导报》（《科技导报》曾获全国科技期刊（综合类）一等奖、国家期刊奖、全国百强期刊奖。现为中文核心期刊、“中国科技论文统计源期刊（中国科技核心期刊）”、“中国科学引文数据库源期刊”，并已被美国《化学文摘》（CA）、《剑桥科学文摘》（CSA）、《乌利希国际期刊指南》（Ulrich），英国SA/INSPEC、英国国际农业与生物科学研究中心数据库（CABI），波兰《哥白尼索引》（IC）收录，入选 “国家期刊方阵”、全国“百刊工程”和 “中国核心期刊（遴选）数据库”、“中国学术期刊（光盘版）”、中国精品科技期刊等。）
《工程爆破》（全国中文核心）
《有色金属》（全国中文核心）
《现代矿业》 （中国核心期刊，国家级普通期刊）
《建筑工业》 （CSCD核心，全国中文核心）
