《生物医学工程学杂志》被国外《医学索引》（IM）、MEDLINE及《化学文摘》（CA）收录；被国内《中文核心期刊（北京大学图书馆）》、《中文生物医学核心期刊》、《中国科技论文统计源期刊》（是CSCD核心）、《中国期刊网》、《中国学术期刊》等多家检索机构收录。
