结构导致该物质具有某种化学性质。比如磷脂分子，每个分子的结构中都有脂肪酸链，排斥水（就象油水不能溶在一起），还有磷酸基团，是亲水的（可以溶于水），因此所有的磷脂分子就全部排列成磷酸基团靠在一起，脂肪酸链靠在一起。细胞膜是磷脂双分子层，其排列方式外亲水的磷酸基团在外，疏水的脂肪酸链在中央。这样的结构造成物质出入细胞膜时是受到控制的。溶于有机溶剂的小分子如酒精等可以轻易穿过细胞膜，CO2,O2等也容易穿过，但离子和大分子物质就不能轻易穿入细胞膜，这就是细胞膜的选择透过性。而这种选择透过性是因为膜的结构而造成的。因此说结构决定功能。
上述所说只是帮助理解“结构决定功能”，实际情况要复杂得多，特别是蛋白质的影响就更大了。
