1、定义不同
ISI每年出版JCR（《期刊引用报告》，全称Journal Citation Reports）。JCR对包括SCI收录的3800种核心期刊（光盘版）在内的8000多种期刊（网络版）之间的引用和被引用数据进行统计、运算，并针对每种期刊定义了影响因子（Impact Factor）等指数加以报道。
SCI论文（Scientific Citation Index）是被SCI索引收录的期刊所刊登的论文，目前我国科技界对SCI论文概念模式，小部分研究者误认为SCI是一本期刊，由南京大学引用并成为各大高校和科研机构学术评价和奖惩的一类刊物。
2、重要性不同
JCR：随着各个厂家各自的内容仓库实现数量的增长，人们越来越需要一组通用的编程接口来使用这些内容仓库，这就是JSR-170所要做的东西。它提供一组通用的编程接口来连接内容仓库。你可以把JSR-170理解为和JDBC类似的API，这样你可以不依赖任何具体的内容仓库实现来开发你的程序。
你可以直接使用支持JSR-170的内容仓库；或者如果一些厂家的内容仓库不支持JSR-170则可以通过这些厂家提供的JSR-170驱动来完成从JSR-170与厂家特定的内容仓库的转换。
SCI：随着经济全球化，科学研究也日益全球化，SCI论文是进行国际科学交流的重要方式，也是使国际同行了解我们的主要渠道。
发表SCI论文，可以向世界显示我国基础研究的实力，提高我国在世界科学界的地位。在世界著名刊物如Nature和Science上发表一篇重要文章，对于某一学科而言，其意义不亚于在国际体育比赛中取得一块金牌。
发表SCI论文的多少和论文被引用率的高低，是国际上通用的评价基础研究成果水平的标准。是招聘、提升、考核、评奖的重要指标。
就基础研究而言，在什么样档次的刊物上发表的论文，便具有什么样档次的水平，一目了然，一般不再需要鉴定。成果不是在国际知名的SCI刊物上发表，便很难被认为是国际水平的。
发表SCI或SSCI论文是地理与资源所基础研究领域博士生取得博士学位的必要条件。也是联系出国深造时使国外导师了解自己的最好方式。
3、期刊收录不同
SCI：印刷版、光盘版从全球数万种期刊中选出3300种科技期刊，涉及基础科学的100余个领域。每年报道60余万篇最新文献，涉及引文900万条。进入SCI这一刊物的论文即为SCI论文。
JCR：JCR对包括SCI收录的3800种核心期刊(光盘版)在内的8000多种期刊(网络版)之间的引用和被引用数据进行统计、运算，并针对每种期刊定义了影响因子（Impact Factor）等指数加以报道。
参考资料：百度百科-SCI论文
参考资料：百度百科-JCR
SCI和SCIE的区别如下：
1 SCI-科学引文索引（Science Citation Index, SCI ）。SCIE科学引文索引扩展版（Science Citation Index Expanded, SCIE ），也即网络版。
2 SCI收录期刊3600多种，SCIE收录期刊6000多种。
3 SCI相当于EI核心，而SCIE相当于EI非核心。虽然偶尔可发现SCIE的影响因子可能比SCI还高，但就其影响价值仍不如SCI。ISI通过它严格的选刊标准和评估程序挑选刊源，而且每年略有增减，从而做到其收录的文献能全面覆盖全世界最重要、最有影响力的研究成果。办的比较好SCIE杂志可能成为SCI杂志，而办的较差的SCI杂志可能变为SCIE，甚至被SCI和SCIE所放弃。
拓展资料：
美国《科学引文索引》（Science Citation Index, 简称 SCI ）于1957 年由美国科学信息研究所（Institute for Scientific Information, 简称 ISI）在美国费城创办，是由美国科学信息研究所（ISI）1961 年创办出版的引文数据库。SCI（科学引文索引）、EI（工程索引）、ISTP（科技会议录索引）是世界著名的三大科技文献检索系统，是国际公认的进行科学统计与科学评价的主要检索工具，其中以 SCI 最为重要。SCI创办人为尤金·加菲尔德（Eugene Garfield, September 16,1925～2017）。
科学引文索引以布拉德福(S. C. Bradford)文献离散律理论、以加菲尔德(E. Garfield)引文分析理论为主要基础，通过论文的被引用频次等的统计，对学术期刊和科研成果进行多方位的评价研究，从而评判一个国家或地区、科研单位、个人的科研产出绩效，来反映其在国际上的学术水平。因此，SCI是目前国际上被公认的最具权威的科技文献检索工具。
科学引文索引以其独特的引证途径和综合全面的科学数据，通过统计大量的引文，然后得出某期刊某论文在某学科内的影响因子、被引频次、即时指数等量化指标来对期刊、论文等进行排行。被引频次高，说明该论文在它所研究的领域里产生了巨大的影响，被国际同行重视，学术水平高。由于SCI收录的论文主要是自然科学的基础研究领域，所以SCI指标主要适用于评价基础研究的成果，而基础研究的主要成果的表现形式是学术论文。所以，如何评价基础研究成果也就常常简化为如何评价论文所承载的内容对科学知识进展的影响。
科学引文索引是当今世界上最著名的检索性刊物之一 ，也是文献计量学和科学计量学的重要工具。通过引文检索功能可查找相关研究课题早期、当时和最近的学术文献，同时获取论文摘要；可以看到所引用参考文献的记录、被引用情况及相关文献的记录。
SCI从来源期刊数量划分为SCI和SCI-E。SCI指来源刊为3700多种的SCI印刷版和SCI光盘版（SCI Compact Disc Edition, 简称SCI CDE），SCI-E（SCI Expanded）是SCI的扩展库，收录了5600多种来源期刊，可通过国际联机或因特网进行检索。截止至2006年6月，耳鼻咽喉头颈外科领域SCI 期刊共收录30种，其中核心期刊（印刷版/光盘版）16种。
被耳鼻喉科专业这30种SCI-E杂志收录都可以称作被SCI收录。可能通过直接进入SCI- E数据库检索来确定。如查某人第一作者发表的所有论文，可以直接用其姓名查找，遵照姓全称，名首字母缩写的原则，如韩德民则输入 han d m (姓和名，名和名之间有空格)。科学引文索引（SCI）收录期刊，可以点以下链接查询，Science Citation Index JOURNAL LIST（按字顺排） ；Science Citation Index SUBJECT CATEGORIES（按分类排）科学引文索引扩展版（SCI Expanded）收录期刊，可以点以下链接查询：Science Citation Index Expanded JOURNAL LIST（按字顺排） ；Science Citation Index Expanded SUBJECT CATEGORIES（按分类排）
