2002年11月21日的《自然》杂志封面讲述了大米的故事。中国科学院的冯琦及其同事发表了一篇关于栽培水稻品种水稻4号染色体测序的论文。有3500万个碱基对，占4号染色体的97.3%；对水稻4号染色体所含基因进行了预测和分析，共鉴定出4658个基因；水稻4号染色体的着丝粒序列已完全确定；对水稻亚种间的比较、重复序列和基因簇进行了研究。
这是中国首次完成大基因组中单个染色体的精确测序。2003年1月23日，《自然》杂志的封面刊登了中国科学院徐星等人对“古氏小猛禽”化石的研究成果，证明它是四翼动物，可能会滑翔，代表着飞行进化向活跃的拍打飞行阶段，为鸟类恐龙起源理论提供了新的证据。
2004年3月18日，中国科学院的刘振峰和他的同事成功地确定了菠菜主要采光复合体的分辨率X射线晶体结构，这张照片成为了《自然》杂志的封面。这一结果将人们对光合作用中光能收集和能量转移过程的认识提升到了原子数据的水平。2006年12月14日，中国科学家关于恐龙进化的研究再次出现在《自然》杂志的封面上。
中国科学院古脊椎动物与古人类学研究所的孟进及其同事报道了来自中国内蒙古的中生代新哺乳动物，它将哺乳动物滑翔的历史向前推进了至少7000万年，并进一步证实了中生代哺乳动物在形态上的分化，分类和生活习惯远远超出了我们之前的理解。由于更准确的同位素“年龄”最终确定，北京周口店出土的北京猿人头骨于2009年3月12日登上了《自然》杂志的封面。
