据2016年3月学校官网显示，学校科研立项数量和经费大幅增长，年增幅均达30%以上，获973课题、863课题、国家社会科学基金重大委托项目等国家级项目700余项，获得授权专利800余项，育成动植物新品种30个，出版专著600余部，发表各类论文13000余篇。十二五以来获国家科技进步二等奖2项、国家自然科学二等奖1项、中国专利优秀奖1项、教育部普通高校科学研究优秀成果奖（人文社会科学）20余项。 国家科技进步二等奖柑橘良种无病毒三级繁育体系构建与应用 教育部科技进步奖超高产人工三倍体新桑品种“嘉陵20号中国魔芋产业关键技术的研究和推广应用重庆市度科技进步奖大足黑山羊遗传资源保护与利用短流程制备大规格铝扁锭及其深加工技术开发高产广适杂交稻富优1号的选育及应用超高产人工三倍体新桑品种“嘉陵20号重庆市自然科学奖“鱼类发育的形态学和分子机制研究”项目重要肿瘤标志物蛋白电化学免疫生物传感器研究中国魔芋产业关键技术的研究和推广应用 馆藏资源 截止2012年，图书馆纸质文献累积417万余册，电子文献累积705万余册；磁盘阵列达到238TB，拥有服务器62台，其中IBM机架服务器31台。藏书涵盖社会科学和自然科学多学科、多专业领域，其中尤以古籍善本、抗战文献资料及教育学、心理学、农业经济管理等藏书为特色，特别是抗战时期大后方出版物为海内外珍本，现馆藏古籍14万余册，民国文献4万余册。 学术期刊 《西南大学学报（社会科学版）》《西南大学学报（社会科学版）》是中华人民共和国教育部主管、西南大学主办的综合性学术理论双月刊。该刊是CSSCI（中文社会科学引文索引）来源期刊，是《新华文摘》、《中国社会科学文摘》、《高等学校文科学术文摘》、中国人民大学书报资料中心、中国学术期刊全文数据库、万方数字资源系统等的来源期刊。 《教师教育学报》经新闻出版广电总局批准，《教师教育学报》自2014年1月起正式创刊。该刊由中华人民共和国教育部主管，西南大学主办，西南大学期刊社编辑出版。 《西南大学学报（自然科学版）》《西南大学学报（自然科学版）》是教育部主管，西南大学主办，国内外公开发行的综合性学术期刊。是中国中文核心期刊，中国科技核心期刊，中国高校精品科技期刊，重庆市一级期刊。
本刊主要刊登农业类、生物学类及相关学科的科研新成就等。《西南大学学报》(自然科学版)的前身是《西南农业大学学报》(自然科学版)，创刊于1959年，到2005年，《西南农业大学学报》(自然科学版)已经是CSCD(中国科学引文数据库)核心库期刊、《中文核心期刊要目总览》入选期刊、重庆市一级期刊。
