《微生物学报》在我国生物类期刊中的地位在“中文核心期刊要目总览”中，排生物类核心期刊第4～6位（1992、1996、2000、2004年的4个版本）2004年最新版中，位居第6位。在“中国科技期刊引文数据库” 2001年中国主要生物学期刊15名排行表中，总被引频次为470，排在第9位；影响因子为0.443，排在第13位；基金论文比为81%排在第9名。入选前100 名。在“中国科学引文数据库”排出的前500名核心期刊中，本刊居第63位。
