南京医科大学学报（社会科学版）已收入《高等学校文科学报文摘》和中国学术期刊（光盘版）全文检索系统。
南京医科大学第一附属医院（江苏省人民医院）南京医科大学第二附属医院（南医大二附院）南京医科大学附属口腔医院南京医科大学附属南京医院南京医科大学附属南京儿童医院附属南京脑科医院附属南京妇幼保健院附属无锡市人民医院附属无锡第二医院附属无锡妇幼保健院附属无锡市精神卫生中心附属常州二院附属淮安第一医院附属眼科医院附属苏州医院附属杭州医院附属江宁医院附属上海松江中心医院附属常州市妇幼保健院附属江苏省肿瘤医院附属明基医院 根据2015年1月学校官网显示，学校拥有1个国家重点实验室、4个部级重点实验室、15个省级重点实验室（工程中心）。 国家重点实验室 南京医科大学生殖医学国家重点实验室 教育部重点实验室 现代毒理学教育部重点实验室 卫生部重点实验室 卫生部抗体技术重点实验室卫生部活体肝脏移植重点实验室 其他部委实验室 国家人口与计划生育委员会生殖医学重点实验室 江苏省重点实验室 江苏省心血管病分子干预重点实验室江苏省恶性肿瘤生物标志物与防治重点实验室江苏省神经退行性疾病重点实验室江苏省现代病原生物学重点实验室江苏省生殖医学重点实验室江苏省应用毒理学重点实验室江苏省人类功能基因组学重点实验室江苏省异种移植重点实验室 江苏省工程(技术)研究中心 江苏省基因表达工程研究中心江苏省区域卫生信息化工程中心江苏省基因药物技术中心 其他科研机构 江苏省医药动物实验基地江苏省医药、农药、兽药安全性评价与研究中心南京医科大学分析测试中心南京医科大学医患沟通研究中心南京医科大学中西医结合研究所 省级协同创新中心 江苏省心血管病转化医学协同创新中心 南京医科大学学报 南京医科大学学报（自然科学版）《南京医科大学学报（自然科学版）》创刊于1956年，月刊，ISSN1007-4368，CN32-1442/R，连续进入《中文核心期刊要目总览》第3、4、5、6版，为中国科学引文数据库（CSCD）来源期刊、中国科技论文统计源期刊（中国科技核心期刊），同时被美国《化学文摘》（CA）、美国《乌利希期刊指南》（Ulrich's Periodicals Directory ）、波兰《哥白尼索引》（IC）、《日本科学技术振兴机构中国文献数据库》（JSTChina）等著名检索工具收录。南京医科大学学报（社会科学版）创刊于2000年底，双月刊，ISSN1671-0479，CN32-1606/C，秉承为医疗卫生事业服务的办刊宗旨，本着学术无禁区，宣传有纪律的原则，刊登与医疗卫生事业相关的社科类学术论文，如卫生服务、社会医学、生命伦理、健康管理、医学教育等领域，结合地域历史和文化特色以及当前社会关注的热点问题设立重点栏目为卫生服务、金陵医史和医患沟通，为全国各级医药类高等院校师生及全国各级各类医疗机构的医务人员提供学术交流的平台。Journal of Biomedical Research前身为Journal of Nanjing Medical University（南京医科大学学报-英文版），创刊于1987年，2010年改刊名为此，双月刊，ISSN1674-8301，CN32-1810/R。 图书馆藏 根据2015年1月学校图书馆官网显示，馆藏书刊以基础医学、临床医学、口腔医学、预防医学、药学、生物学为收藏重点，同时收藏化学、数学、物理学、计算机、管理学、社会科学及文艺类书刊等。图书馆拥有纸质文献95万余册，数据库62个，中、外文电子图书156万余册，中、外文全文电子期刊约 38000余种。
南京医科大学学报(自然科学版)是北大核心（2019最新）南京医科大学学报(自然科学版)同时也是CSCD，也是科技核心月刊，影响因子0.58，主办是南京医科大学收录文章以本单位为主
南京药科大学不是211。
南京医科大学是江苏省属重点高校。学校始建于1934年，时名江苏省立医政学院。1942年8月，由国际著名人体寄生虫学家、中国人体寄生虫学奠基人洪式闾教授领导成立的寄生虫学部开始招收研究生。1957年，学校由镇江迁至南京，正式更名为南京医学院。1962年，学校被列为全国首批改为六年制的医药院校之一。1981年，学校被批准为首批博士、硕士学位授予单位。1993年，经国家教委批准，学校更名为南京医科大学。如今，南京医科大学已经成为一所拥有医、药、理、管、法学等学科，并在国内外具有较高知名度的高等医学院校。
学校图书馆文献累积总量达94万余册，有中外文期刊5600余种，是江苏省医学图书中心馆和高校文献保障系统医学文献中心。学校主办有《南京医科大学学报》(含自然科学版、英文版、社会科学版)、《临床皮肤病学》、《临床神经病学杂志》、《江苏医药》等11种学术期刊。
南京医科大学有两个校区(五台校区和江宁校区)。全校各类全日制在校生已达1万多人。江宁校区位于南京市江宁大学城，总占地面积近1500亩。二期工程已基本完成，校区内教学设备一流，生活设施完善，部分本科生和研究生已经入住。江宁校区的建成标志着学校向实现教育现代化、争创高水平医科大学的目标又迈进了重要的一步。
